公元1288年，攘琼多吉被认定为楚布寺高僧噶玛拔希的转世，
由此开创了活佛转世制度。
攘琼多吉于公元1332年应召到元大都（今北京）拜见大元顺帝并传法，
元顺帝赐予其“圆通诸法性空佛噶玛巴”等封号，并赐敕书、国师印等。
通过封赐，其转世活佛的合法身份和合法地位得到了元朝中央政府确认，
其“噶玛巴”名号也经中央政府封赐得以使用传承，
活佛转世，也由此从民间自发性而被赋予法理意义，得以真正形成制度。
自然达赖喇嘛转世系统的形成与发展也与大明中央政府的管理密不可分。
公元1546年，年幼的索南嘉措被认定为上任住持根敦嘉措的转世。
公元1587年，万历十五年，明朝中央政府封三世达赖喇嘛索南嘉措为“朵儿只唱”，
意为“金刚持”，赐印，准许进贡。
这是达赖喇嘛转世系统，首次受到中央政府的封赐，
也标志着这一转世系统得到了中央政府的正式确认。
没有政府批准和确认，达赖喇嘛转世系统就不可能形成。
之后，黄教格鲁派寺院集团追认宗喀巴的门徒，根敦珠巴（1391—1474）为一世达赖喇嘛，
根敦嘉措为二世达赖喇嘛，
索南嘉措为三世达赖喇嘛，由此，正式形成了达赖喇嘛转世系统。
正因为达赖喇嘛转世系统，首创于明朝，且得到了大明王朝的认可，
故，后世历代达赖，皆对大明王朝心存感激！
大明万历四十四年，公元1616年，
大明万历皇帝，赐给四世达赖喇嘛云丹嘉措“恰达朵儿只唱”，“普持金刚佛”封号和印信，
进一步巩固了达赖喇嘛在格鲁派中的地位和影响。
公元1622年，明朝天启二年，
五岁的阿旺罗桑嘉措，在四世班禅的主持下，被确认为四世达赖喇嘛的转世灵童，并被迎入哲蚌寺，拜四世班禅为师，跟随其开始学习佛经。
同年，五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措，得到了来自大明天启帝的册封，
成为了新一任的“朵儿只唱”、“普持金刚佛”！
正因如此，五世达赖阿旺罗桑嘉措，乃是大明朝册封的，
故，内心之中对大明王朝，还是心存感激的，
当时才反对侍从官索南饶丹，引和硕特固始汗大军入藏，
由此，两人结下矛盾！
后来固始汗大军入藏，推翻藏巴王朝，建立和硕特王国，
并在卫藏地区，建立以五世达赖、四世班禅师徒为领袖的甘丹颇章政权，
但甘丹颇章政权的实际控制权，却被固始汗，交给了自己的儿女亲家索南饶丹，
并任命索南饶丹为甘丹颇章政权的第一任第巴！
同时规定，卫藏甘丹颇章政权的行政命令，必须经由他固始汗盖印、才能发布执行，
而执行，则由第巴索南饶丹负责！
自此，卫藏甘丹颇章政权的领袖五世达赖、四世班禅，两人彻底被架空，成为了吉祥物！
同时，固始汗为了寻求政治靠山，还派出了以伊拉古克三为首的代表团前往盛京。
公元1642年，代表团一行人始到盛京，皇太极出城亲迎，
“率众拜天，行三跪九叩之礼”，表明了后金对征取蒙藏各部的重视。
皇太极对代表团给予了优厚赏赐。
次年，皇太极遣使随同伊拉古克三一行赴藏，分别致函赏赐固始汗、达赖、班禅及第悉藏巴索南饶丹等人，
由此，固始汗所建立的和硕特汗国成为了清朝小弟！
公元1644年，清顺治元年，清朝定都北京后，与西藏地方的联系更加频繁。
翌年，固始汗派其子多尔济达赖巴图尔台吉到北京，上书顺治帝，
表示对清政府的谕旨“无不奉命”。
他还以五世达赖喇嘛的名义，遣使清朝“表贡方物”，受到清朝的赏赐。
自此之后，蒙古和硕特部汗王与西藏地方实权首领，几乎年年必遣使莅京，通贡不绝，清朝也厚给回赐。
由此，固始汗与清朝的关系，更加紧密！
为了进一步加强同清朝中央政权的政治联系，
固始汗还上书清朝，说“达赖喇嘛功德甚大，请延至京师，令其讽诵经文，以资福佑。”
同时，他又积极鼓动劝说五世达赖喇嘛接受清朝的邀请。
正在五世达赖喇嘛，动摇之时，
其出使大明朝的恩师四世班禅的书信到了，
看完恩师的书信后，加之心中对大明王朝还有感激之情，
五世达赖，立刻叫来他的亲信仲麦巴.赤列嘉措，
两人商量一番