筹备工作在杜谦总揽、陈廷敬主抓下，以超乎寻常的速度和保密级别展开。半月之期未到，一份详尽的《审计司组建及首次审计试点章程》草案，连同由陈廷敬亲自拟定的《首批审计要点及人员选派方案》，便已密呈至黄巢案头。
草案体现了杜、陈二人的深思熟虑：审计司暂不设独立衙署，人员以“钦差审计特派组”形式，从户部、工部清吏司及少数地方干练钱粮官中抽调，另破格征召了三位长安城内口碑颇佳、精于算术且与官场瓜葛较少的民间老账房作为“顾问”。所有人员均需具结保密与廉洁保证书，并接受短期集训，明确审计纪律与方法。审计权限、流程、文书格式均有严格规定，力求专业、规范、留痕。审计结果形成初报，经复核后直报皇帝与政事堂，重大线索即时移交都察院、刑部。
首批审计试点，陈廷敬建议分三路同时进行：
一路由他本人亲自带队，重点审计北疆军费（尤其是粮秣转运、军械购置与损耗）及太原前方总粮台的账目实物。
一路由一位户部资深郎中带队，审计去岁“劝学”、“兴修水利”两项新政专款在关中三州的拨付与使用情况。
第三路最为敏感，由一位素以铁面着称的户部员外郎带队，会同都察院一名御史，审计两位近期被密奏提及用度异常、且朝廷赏赐田庄较多的勋贵府邸的账目及庄田管理。
黄巢仔细审阅，朱笔略作调整，主要加强了审计组与都察院、枢密院（针对军费审计）的协同机制，并明确指示：“审计但求其实，不避权贵，不扰实务。凡阻挠审计、隐匿账册、提供伪证者，无论何人，即以抗旨论处，先行拘押查办！”
正月下旬，年味尚未散尽，三支精干的审计特派组便持着盖有皇帝玉玺和政事堂大印的敕令，如同三把出鞘的利剑，悄无声息地刺向了各自的目标。
然而，真正的较量，从审计组踏进被审计衙门或府邸的第一步，便已开始。
北疆军费审计组（陈廷敬亲自带队）的经历最具代表性。 他们首先抵达河东节度使驻跸的太原。迎接他们的，是表面恭顺、实则疏离的节度使府属官。调阅账册的请求被以“战事紧要，主簿携部分账目前往代州前线”为由部分拖延；要求盘查太原官仓粮秣储备，则被告知“仓大使染恙，钥匙由其副职保管，副职恰巧下乡催粮”。陈廷敬不动声色，一面命人盯住相关官吏，一面直接持敕令前往太原府衙，要求知府协助，并动用审计组自带的算手，开始核对已调阅的、看似整齐的军费拨付总账与地方留存的细账。
问题很快浮出水面。首先是粮秣损耗率畸高。从关中转运至太原的粮草，账面损耗（包括鼠雀、潮湿、运输损耗）竟普遍高达两成半至三成，远超朝廷规定的“半成”上限及常理。而更蹊跷的是，这些“损耗”粮草的去向凭证模糊，多由押运军官或仓吏一纸“报损”条陈了事，缺乏有效的监督核销记录。
其次是军械购置与补充账目混乱。一批批标注为“补充野狐岭战损”的弓弩、箭矢、甲片，其采购价格、供应商、验收人等信息残缺不全，甚至出现同种物品价格前后相差悬殊的情况。部分款项支付凭证，仅有军中粮料官或仓曹参军签押，缺乏更高级别将领或军需官的复核。
当陈廷敬要求约谈具体经办官吏、并想去实地抽检仓库库存时，阻力明显增大。相关官吏或推诿不在，或言辞闪烁，甚至有一位仓曹参军在审计组反复追问一批高价箭矢去向时，竟“突发急症，口不能言”。陈廷敬意识到，这潭水远比想象中深，且已在军中形成某种盘根错节的利益网络。他当机立断，请求随行的枢密院代表动用军法权限，暂时控制了几名关键经办吏员，并强行打开了太原一处边角粮仓进行突查。结果发现，仓中实际存粮数量与账面严重不符，且部分粮食质量低劣，掺杂沙土，显然非正常“损耗”所能解释。
新政专款审计组在关中三州的遭遇则展现了另一种“软抵抗”。 州县长吏对审计组礼数周全，账册凭证提供“及时”，表面看去，劝学款项用于修缮社学、聘请塾师、购置书本的记录清晰；水利款项用于招募民夫、购买材料的开支也有条可查。然而，当审计人员深入乡村实地走访、核对时，却发现诸多猫腻：某县上报修缮的三所社学，实地查看仅有一所明显修葺过，且规模远小于账目所列；声称聘请的塾师，村民多不识或言其“三两月便不见踪影”；水利工程也存在虚报土方、以次充好（如用廉价草料充当部分木石材料费）的现象。更微妙的是，当审计组追问细节时，当地胥吏和乡绅往往众口一词，将问题归咎于“天时不济”、“民夫怠惰”或“物料市价波动”，似乎早已统一口