右军指挥使李继鹏，是李茂贞的养子，原本姓阎，名叫阎珪，他和骆全瓘谋划劫持昭宗，前往凤翔。左军中尉刘景宣和王行实得知了这个阴谋，想要劫持昭宗，前往邠州。孔纬当面斥责刘景宣，认为皇帝不能轻易离开皇宫。临近傍晚的时候，李继鹏接连上奏，请求昭宗出宫避难，于是王行约率领左军攻打右军，在皇宫门楼前展开激烈的战斗。李继鹏又派人放火烧毁宫门，浓烟火焰遮蔽了天空。当时有盐州六都的军队驻扎在京城，向来被左右两军忌惮，昭宗急忙下令召他们入宫护卫；盐州军队赶到后，左右两军都撤退逃走，分别返回邠州和凤翔。京城里陷入大乱，到处都是烧杀抢掠，昭宗和各位亲王以及亲近的大臣，一起前往李筠的军营避难，护跸都头李居实率领军队随后赶到。
有人传言王行瑜、李茂贞想要亲自前来迎接昭宗的车驾，昭宗担心被他们逼迫，辛酉日，让李筠、李居实率领两都的军队护卫自己，从启夏门出宫，前往南山，在莎城镇留宿。追随昭宗车驾躲避战乱的士人百姓有几十万人，等走到谷口的时候，中暑而死的人就有三分之一，到了夜里，又遭到盗贼的抢掠，哭声震动山谷。当时朝中的百官大多没能跟上昭宗的车驾，只有户部尚书、判度支及盐铁转运使薛王李知柔率先赶到，昭宗任命他暂时代理中书省的事务，并且担任置顿使。
壬戌日，李克用率军进入同州。崔昭纬、徐彦若、王抟赶到莎城。甲子日，昭宗转移到石门镇居住，命令薛王李知柔和知枢密院刘光裕返回京城，安排皇宫的守卫事宜。丙寅日，李克用派遣节度判官王瑰向昭宗进献表章，问候昭宗的起居饮食。丁卯日，昭宗派遣内侍郗廷昱带着诏书，前往李克用的军营，命令李克用和王珂各自率领一万骑兵，一同赶赴新平。又下诏命令彰义节度使张鐇率领泾原的军队，控制扼守凤翔的要道。
李克用派遣军队攻打华州；韩建登上城楼，呼喊着说：“我对李公从来没有失礼的地方，为什么要攻打我？” 李克用派人对他说：“你身为臣子，却逼迫驱逐天子，你这样算有礼，那还有谁是无礼的呢！” 恰逢郗廷昱赶到，说李茂贞率领三万军队已经开到盩厔，王行瑜率领军队赶到兴平，都想要迎接昭宗的车驾，李克用于是解除对华州的包围，把军营转移到渭桥。
朝廷任命薛王李知柔为清海节度使、同平章事，仍然暂时代理京兆尹、判度支，充任盐铁转运使，等京城恢复正常秩序后，再前往藩镇赴任。
昭宗在南山住了十多天，跟随车驾避难的士人百姓每天都惊慌失措地互相传告：“邠州、岐州的军队打过来了！” 昭宗派遣延王李戒丕前往河中，催促李克用进军。壬午日，李克用从河中出发。八月，昭宗派遣供奉官张承业前往李克用的军营。张承业是同州人，曾经多次奉命出使李克用的藩镇。
李克用派遣军队攻打王行瑜的梨园寨，生擒他的部将王令陶等人，送到昭宗所在的石门镇。李茂贞心生畏惧，斩杀李继鹏，把他的头颅送到石门镇，向朝廷上表请罪，并且派遣使者向李克用求和。昭宗再次派遣延王李戒丕、丹王李允晓谕李克用，让他暂且赦免李茂贞，合力讨伐王行瑜，等平定王行瑜之后，再和他商议如何处置李茂贞。昭宗还命令两位亲王拜见李克用，认他为兄长。
朝廷任命前河中节度使崔胤为中书侍郎、同平章事。
戊戌日，朝廷削夺王行瑜的官爵。癸卯日，任命李克用为邠宁四面行营都招讨使，保大节度使李思孝为北面招讨使，定难节度使李思谏为东面招讨使，彰义节度使张鐇为西面招讨使。李克用派遣他的儿子李存勖前往石门镇拜见昭宗，李存勖当时年仅十一岁，昭宗对他的相貌感到惊奇，抚摸着他说：“你真是国家的栋梁之才，以后一定要尽心尽力地忠于朕的皇室。” 李克用向朝廷上表，请求昭宗返回京城；昭宗答应了他的请求。命令李克用派遣三千骑兵驻守三桥，作为京城的防御。辛亥日，昭宗的车驾返回京城。壬子日，司空兼门下侍郎、同平章事崔昭纬被罢免官职，担任右仆射。
朝廷任命护国留后王珂、卢龙留后刘仁恭分别担任本镇的节度使。
当时皇宫的宫殿都被烧毁了，没有时间修缮，昭宗暂时住在尚书省的官署里，朝中的百官往往连官袍、手板、仆人、马匹都没有。朝廷任命李克用为行营都统。
九月癸亥日，司空兼门下侍郎、同平章事孔纬去世。
辛未日，朱全忠亲自率领军队攻打朱瑄，在梁山展开战斗；朱瑄战败逃走，返回郓州。
李克用加紧攻打梨园寨，王行瑜向李茂贞请求援兵，李茂贞派遣一万军队驻扎在龙泉镇，自己率领三万军队驻扎在咸阳附近。李克用请求朝廷下诏，命令李茂贞返回自己的藩镇，还削夺他的官爵，准备分兵讨伐他。昭宗认为李茂贞自己诛杀了李继鹏，之前已经赦免了他，不能再削夺他的官爵、出兵讨伐，只是下诏命令他返回藩镇，还让李克用和他和解。朝廷任命昭义节度使李罕之为检校侍中，充