昭宗于是命令杜让能留在中书省，筹划调度军务，一个多月都没有回家。崔昭纬暗中勾结邠州、岐州的藩镇，做他们的耳目，杜让能在朝堂上刚说一句话，邠州、岐州的藩镇当天晚上就一定会知道。李茂贞派他的党羽纠集了几百上千个市井百姓，拦住观军容使西门君遂的马，申诉说：“岐州节度使没有罪过，不应该出兵讨伐，让百姓们生灵涂炭。” 西门君遂说：“这是宰相的事，不是我能管得了的。” 百姓们又拦住崔昭纬、郑延昌的轿子申诉，两位宰相说：“这件事皇上专门托付给杜太尉处理，我们事先并不知情。” 百姓们趁机作乱，乱扔瓦块石头，两位宰相慌忙下轿，逃到百姓家里躲藏起来，才得以幸免，连宰相的官印和朝服都丢失了。昭宗下令逮捕带头闹事的人，将他们斩首，出兵讨伐的决心更加坚定。京城的百姓有的逃到山谷中躲藏起来，朝廷即便用严酷的刑罚也无法禁止。八月，任命嗣覃王李嗣周为京西招讨使，神策大将军李钅岁为副招讨使。
丙辰日，杨行密派遣田頵率领两万宣州士兵攻打歙州；歙州刺史裴枢坚守城池，田頵久攻不下。当时各个担任刺史的将领，大多贪婪残暴，只有池州团练使陶雅性情宽厚，深得民心。歙州的百姓说：“如果能让陶雅来做我们的刺史，我们就愿意投降听命。” 杨行密当即任命陶雅为歙州刺史，歙州的百姓打开城门接纳了他。陶雅以完备的礼节拜见裴枢，将他送回京城。裴枢是裴遵庆的曾孙。
朱全忠命令庞师古率军转移，攻打兖州，和朱瑾交战，屡次击败朱瑾的军队。
九月，丁卯日，朝廷任命钱镠为镇海节度使。
李存孝在夜间袭击李存信的营寨，俘虏了奉诚军使孙考老。李克用亲自率领军队攻打邢州，挖掘壕沟，修筑营垒，将邢州城团团围住。李存孝时常出兵突击，使得壕沟营垒一直无法修成。河东的牙将袁奉韬暗中派人对李存孝说：“大王只是等壕沟营垒修成，就会返回晋阳，尚书你所忌惮的，只有大王一个人罢了，其他的将领都不是你的对手。大王如果返回晋阳，这么近的壕沟，怎么能阻挡得住尚书你的锋芒锐气呢！” 李存孝认为他说得对，于是按兵不动。十天之后，壕沟营垒全部修成，就连飞鸟走兽都无法越过，李存孝从此陷入了绝境。汴州的将领邓季筠跟随李克用攻打邢州，率领轻骑兵逃回汴州。朱全忠大喜过望，任命他统领亲军。
乙亥日，覃王李嗣周率领三万禁军，护送凤翔节度使徐彦若前往藩镇赴任，军队驻扎在兴平。李茂贞、王行瑜联合出兵将近六万人，驻扎在盩厔，抗拒禁军。禁军士兵都是新近招募的市井少年，而李茂贞、王行瑜所率领的，都是身经百战的边防士兵。壬午日，李茂贞等人率军进逼兴平，禁军士兵望风溃散，李茂贞等人乘胜进攻三桥，京城大为震动，士人百姓纷纷奔逃离散，市井百姓又聚集在皇宫门口，请求诛杀首先提议出兵的人。崔昭纬心中想要陷害太尉、门下侍郎、同平章事杜让能，暗中写信给李茂贞说：“出兵讨伐并不是皇上的意思，都是杜太尉一个人的主意。” 甲申日，李茂贞在临皋驿摆开阵势，向朝廷上表，列举杜让能的罪状，请求将他处死。杜让能对昭宗说：“臣本来就事先说过讨伐的危害，如今就请用臣的性命，来解除这场祸患吧。” 昭宗泪流不止，说：“这就要和你永别了！” 当天，昭宗将杜让能贬为梧州刺史，诏书的大意说：“抛弃朝廷大臣的良策，造成藩镇之间的深重仇怨，在朝廷商议的时候，还执意坚持自己的主张。” 又将观军容使西门君遂流放到儋州，内枢密使李周潼流放到崖州，段诩流放到欢州。乙酉日，昭宗亲临安福门，将西门君遂、李周潼、段诩斩首，又将杜让能再次贬为雷州司户。昭宗派使者对李茂贞说：“蛊惑朕出兵的，是这三个人，不是杜让能的罪过。” 任命内侍骆全瓘、刘景宣为左右神策军中尉。
壬辰日，朝廷任命东都留守韦昭度为司徒、门下侍郎、同平章事，御史中丞崔胤为户部侍郎、同平章事。崔胤是崔慎由的儿子，外表宽厚大度，内心却狡诈阴险，和崔昭纬交往密切，所以得以担任宰相。他的叔父崔安潜对亲信说：“我们父兄辈辛辛苦苦，才建立起家族的声望地位，最终却要被这个‘缁郎’败坏了！” 缁郎是崔胤的小名。
李茂贞率领军队不肯撤退，请求处死杜让能之后，才返回藩镇，崔昭纬又趁机落井下石，陷害杜让能。冬季，十月，昭宗赐杜让能和他的弟弟户部侍郎杜弘徽自尽。又下诏布告朝廷内外，声称 “杜让能举荐奸邪，罢黜忠良，爱憎好恶都出于一时的意气；还收受贿赂，徇私枉法，卖官鬻爵，聚敛的财富超过巨万。” 从此以后，朝廷的一举一动，都要禀报邠州、岐州的藩镇，宦官和朝官也常常依附这两个藩镇，来谋求恩赏提拔。有