僖宗惠圣恭定孝皇帝下之上 中和四年（甲辰，公元 884 年）
六月壬辰日，东川留后高仁厚上奏，称郑君雄斩杀杨师立后出城投降。高仁厚率军包围梓州，久攻不下，于是写了一封劝降信，用箭射进城中，信中对守城将士说：“我不忍心让城中军民玉石俱焚，特意为各位暂缓进攻十天，你们可以重新选择出路。我军休整十天，将士安逸；你们困守孤城，必定疲惫。十天过后如果还不投降，我军就从四面一同进攻，破城是必然的。请各位好好谋划！”
过了几天，郑君雄在军中大声呼喊：“天子要诛杀的，只是首恶杨师立一人而已，其他人一概无关！” 士兵们都高呼万岁，鼓噪呐喊着冲进府衙，杨师立自杀身亡。郑君雄提着杨师立的首级出城投降。高仁厚将杨师立的首级及其妻儿押送到僖宗的行在，陈敬瑄下令将杨师立的儿子钉死在城北。陈敬瑄的三个儿子出城观看，那个被钉的人高声呼喊：“这种事很快就会轮到你们，你们以后等着领受吧！” 陈敬瑄的三个儿子吓得骑马飞快逃回。朝廷任命高仁厚为东川节度使。
甲辰日，武宁将领李师悦与尚让率军追击黄巢，一直追到瑕丘，将黄巢军击败。黄巢的部众几乎全军覆没，只好逃到狼虎谷。丙午日，黄巢的外甥林言斩杀黄巢兄弟及其妻儿，带着首级准备前往时溥处请功，途中遇到沙陀博野军，首级被抢走，林言也被斩杀，首级一同被献给时溥。
蔡州节度使秦宗权放纵士兵四处出击，侵占掠夺邻近的藩镇。天平节度使朱瑄，拥有三万部众，他的堂弟朱瑾，勇猛冠绝全军。宣武节度使朱全忠遭到秦宗权的进攻，形势十分窘迫，向朱瑄求救。朱瑄派遣朱瑾率军救援，在合乡击败秦宗权。朱全忠感激朱瑄的恩德，与他结拜为兄弟。
秋季七月壬午日，时溥派遣使者献上黄巢及其家人的首级以及姬妾。僖宗登上大玄楼接受献俘，当面责问那些姬妾：“你们都是功勋贵族的女儿，世代蒙受国家的恩惠，为什么要追随贼寇？” 站在最前面的姬妾回答说：“黄巢贼寇凶狂叛逆，朝廷出动百万大军，却连宗庙都失守了，天子被迫流亡巴蜀。如今陛下不责备那些不能抵抗贼寇的公卿将帅，反而来责问一个弱女子，把那些公卿将帅置于何地呢！” 僖宗不再追问，下令将这些姬妾全部在街市斩首。人们争相给她们敬酒，其余的姬妾都悲痛恐惧，喝得酩酊大醉，只有站在最前面的那个姬妾既不饮酒也不哭泣，到了行刑的时候，依然神色严肃。
朱全忠率军攻打秦宗权，在溵水将他击败。
李克用回到晋阳，大力整治铠甲兵器，派遣榆次镇将、雁门人李承嗣带着奏表前往僖宗的行在，陈述自己的遭遇说：“我立下击破黄巢的大功，却遭到朱全忠的暗算，勉强才得以脱身。部下将领以及随从三百多人，连同官印都被朱全忠扣留，没能返回。朱全忠还在东都洛阳、陕州、孟州一带张贴告示，谎称我已经战死，随行的军队溃散，命令各地拦截屠杀我的部众，不许一人漏网。我的将士们都哭诉冤屈，请求报仇雪恨。我认为朝廷最为公正，应当等候天子的诏命，所以安抚约束部众，返回了本道。恳请陛下派遣使者调查此事，发兵讨伐朱全忠。我已派遣弟弟李克勤率领一万骑兵在河中待命。”
当时朝廷因为刚刚平定黄巢大寇，正致力于姑息藩镇，接到李克用的奏表后，十分恐慌，只是派遣宦官带着措辞温和的诏书去劝解二人和解。李克用前后一共上了八道奏表，说：“朱全忠嫉妒他人的功劳和才能，阴险狡诈，是祸害国家的奸贼，将来必定会成为国家的祸患。恳请陛下下诏削去他的官职爵位，我亲自率领本道军队讨伐他，不需要朝廷拨付粮草军饷。” 僖宗多次派遣杨复恭等人传达旨意，说：“我深知你的冤屈，如今正是多事之秋，姑且顾全大局吧。” 李克用始终郁郁不平。当时藩镇之间相互攻伐，朝廷不再为他们分辨是非曲直。从此藩镇之间互相吞并，只凭实力说话，完全不再敬畏朝廷。
八月，李克用上奏请求将麟州划归河东管辖，又上奏请求任命弟弟李克修为昭义节度使，朝廷都准奏了。从此昭义镇被分割为两个藩镇。朝廷晋升李克用的爵位为陇西郡王。李克用上奏请求撤销云蔚防御使，将其属地依旧划归河东，朝廷依从了他的请求。
九月己未日，朝廷加封朱全忠为同平章事。
朝廷任命右仆射、大明宫留守王徽兼任京兆尹事务。僖宗因为长安的宫殿被烧毁，所以长期留在蜀地，没有返回京城。王徽招抚流亡失散的百姓，百姓逐渐返回长安。王徽又修缮整治宫殿，各个官府机构也大致有了头绪。冬季十月，关东的藩镇接连上表，请求僖宗返回京城长安。
朱全忠当初投降朝廷的时候，义成节度使王铎担任都统，秉承皇帝旨意任命官员。朱全忠刚开始镇守大梁时，侍奉王铎的礼节十分恭敬，依靠王铎作为外援。后来朱全忠的兵力逐渐强盛，也越发骄横傲慢。王铎知道朱全忠已经不值得依靠，于是上表请求返回朝廷。朝廷调任王铎为义昌节度使。