朝廷任命朱全忠为宣武节度使，等到收复长安后，命令他前往宣武镇赴任。
癸巳日，李克用等人率军攻克华州，黄揆放弃华州，逃走。刘汉宏分兵屯驻在黄岭、岩下。钱镠率领八都的军队，从富春出发，攻打刘汉宏的军队，攻破黄岭，活捉岩下镇将史弁、贞女镇将杨元宗。刘汉宏率领精锐军队，屯驻在诸暨。钱镠又率军击败刘汉宏的军队，刘汉宏逃走。
庄梦蝶与韩秀升、屈行从交战，再次战败。他的败兵纷纷溃逃，沿途的人想要安抚劝止，却根本拦不住。败兵在路上遇到高仁厚，高仁厚大声呵斥，溃兵这才停下脚步。高仁厚斩杀了一名都虞候，又下令整顿队伍。随后他找来当地的年长者，向他们询问山川路径以及贼军营寨的分布情况，高兴地说：“贼军的精锐部队全都集中在船上，让老弱残兵守卫营寨，粮草物资也都留在寨中，这正是所谓的重视作战、轻视防守，他们必定会失败！”
于是高仁厚故意在江边大张旗鼓，摆出准备渡江进攻的架势。贼军日夜防备，还派兵前来挑战，高仁厚却按兵不动，不和他们交战。他暗中派遣一千名勇士，手持兵器、背着柴草，在夜晚从小路偷袭贼军的营寨，纵火烧寨。贼军远远望见营寨起火，急忙分兵回去救援，却已经来不及了，粮草物资全都化为灰烬，贼军的军心就此动摇。高仁厚又招募擅长游泳的士兵，潜入水中凿穿贼军的船底，船只相继沉没。贼军将士们惊慌失措、四处乱跑，彼此之间无法相互救援。高仁厚派遣军队在要道上拦截追击，同时展开招降，贼兵纷纷投降。
韩秀升、屈行从眼看部众溃散，挥剑乱砍，想要阻止士兵逃跑。众人却更加愤怒，一起将二人抓住，押送到高仁厚面前。高仁厚质问他们：“你们为什么要谋反？” 韩秀升说：“自从大中皇帝驾崩之后，天下就再也没有公道可言，朝纲崩坏、法纪荡然。如今天下谋反的人，难道只有我韩秀升吗！我既然已经失败，就像砧板上的鱼肉，任凭你们烹煮宰割罢了！” 高仁厚听后神色凝重，下令给他们准备好饭食，然后戴上刑具关押起来。夏季四月庚子日，高仁厚将二人押送到僖宗的行在，将他们斩首。
李克用与忠武将领庞从、河中将领白志迁等人率领军队率先前进，与黄巢的军队在渭南展开大战，一天之内交战三次，全都大获全胜。义成、义武等各路军队紧随其后发起进攻，贼军溃不成军，四散奔逃。甲辰日，李克用等人从光泰门攻入京城长安，黄巢奋力迎战，却无法取胜，于是放火焚烧宫殿，仓皇逃走。贼军被杀死和投降的人极多，然而官军入城后却大肆抢掠，和贼军的所作所为没有两样，长安城内的房屋和百姓所剩无几。
黄巢从蓝田逃入商山，在路上丢弃了大量珍宝。官军士兵争相抢夺财物，没有急于追击，黄巢因此得以逃脱。
杨复光派遣使者向朝廷报捷，文武百官入朝庆贺。僖宗下诏留下忠武等军两万人，委派大明宫留守王徽以及京畿制置使田从异指挥部署，负责守卫长安。五月，朝廷加封朱玫、李克用、东方逵为同平章事；将陕州升格为节度使辖区，任命王重盈为节度使；又将延州建为保塞军，任命保大行军司马、延州刺史李孝恭为节度使。
李克用当时年仅二十八岁，在各路将领中最为年轻，却击败黄巢、收复长安，功劳位居第一，兵力也最为强盛，众将领都畏惧他。李克用有一只眼睛略微失明，当时的人称他为 “独眼龙”。
僖宗下诏，认为崔璆出身显贵、地位显赫，却担任黄巢的宰相长达三年，期间既不逃走也不隐藏，于是下令将他在所在地斩首。
黄巢命令他