壬寅（十二日），高崇文再次在鹿头关打败刘辟的部众，严秦在神泉也打败了刘辟的部众。河东将领阿跌光颜带领兵马与高崇文在行营会合，耽误了一天时间，因害怕高崇文杀他，打算深入前敌，赎取自己的过失，在鹿头关西面驻扎下来，断绝了刘辟的运粮通道，使鹿头关内将士忧愁恐惧。于是，刘辟的绵江栅守将李文悦、鹿头关守将仇良辅都率城向高崇文投降，还捉获了刘辟的女婿苏强，投降的士兵数以万计。于是，高崇文迅速地直逼成都，所到之处，无不崩溃，军队在行进中从未受阻。辛亥（二十一日），高崇文攻克成都。刘辟、卢文若带领数十人骑马向西逃奔吐蕃，高崇文让高霞寓等人追赶，并在羊灌田追上了他们。刘辟跳入长江，没有淹死，终被擒获。卢文若事先将妻子儿女杀死，然后便在身上系了石头沉江自杀。高崇文进入成都后，在四通八达的大道上驻扎下来，让士兵就地休息，市中的店铺没有受到惊动，市场上珍贵的货财堆积如山，也没有遭受丝毫的侵犯。高崇文将刘辟装入槛车，送往京城，斩杀了刘辟的大将邢泚和馆驿巡官沈衍，对其余的人一概不加追究。对军府的事务，无论大小，高崇文命令一律遵从南康郡王韦皋先前制定的惯例，他从容不迫地指挥着，西川全境便完全平定了。
当初，韦皋委任西山运粮使崔从掌管邛州事务，刘辟反叛朝廷后，崔从写书信劝阻刘辟，刘辟派兵攻打邛州，崔从据城坚守。直到刘辟失败，崔从终于得以幸免。崔从是崔融的曾孙。
韦皋的参佐房式、韦乾度、独孤密、符载、郗士美、段文昌等人身着白色丧服，脚穿麻鞋，按死罪制度口衔土块，请求治罪，高崇文全都释放了他们，以礼相待，还草拟表章举荐房式等人，赠给他们丰厚的财物，送他们前去就任。高崇文看着段文昌说：“你肯定会成为将相，我不敢推荐你。”符载是庐山人。房式是房琯的侄子。段文昌是段志玄的玄孙。
刘辟有两个偏房，容貌都特别美丽，监军请求将她们献给朝廷，高崇文说：“天子命令我征伐平定刘辟这一凶顽竖子，我应当首先安抚百姓。忙着进献妇女，讨好天子，这哪里会是天子的本意呢！我奉行正义，不干这种事情。”于是，他将刘辟的两个偏房许配给没有妻室的将吏了。
杜黄裳建议征讨蜀中并授意高崇文应采取的谋略，这些谋略对后来发生的事情完全适宜。由于高崇文平时畏惧刘澭，杜黄裳便让人告诉他说：“如果你不能取得成功，便会让刘澭替代你。”所以杜黄裳能够使高崇文尽到最大的力量。及至平定蜀中以后，宰相入朝祝贺，宪宗望着杜黄裳说：“这都是你的功劳啊！”
辛巳，宪宗颁诏征召少室山的隐士李渤担任左拾遗，李渤称病不肯前来。然而，一旦朝廷大政发生问题，李渤总是寄上奏章，陈述论说自己的见解。
冬季，十月，甲子（初五），易定节度使张茂昭入京朝见。
宪宗颁制命令分出资州、简州、陵州、荣州、昌州、泸州六地，归属东川。房式等人还没有来到京城，宪宗已经全部任命他们为各省、各寺的官员。丙寅（初七），任命高崇文为西川节度使。戊辰（初九），任命严砺为东川节度使。庚午（十一日），任命将作监柳晟为山南西道节度使。柳晟来到汉中时，汉中府的兵马征讨刘辟回来，还没有进城，便有诏书派遣他们再去戍守梓州。将士们既怨恨，又恼怒，胁迫监军，策划发起变乱。柳晟得知消息后，连忙策马进城，慰劳他们。过了一会儿，柳晟问道：“你们是怎么获得成功的呀？”将士们回答说：“是由于前去讨伐反叛者刘辟呗。”柳晟说：“由于刘辟不肯接受诏书的命令，所以使你们获得了立功的机会，怎么能够让别人再来讨伐你们，从而建立功劳呢！”大家都向柳晟行礼，表示感谢，请求按照诏书前往戍守之地。从此，军府获得安宁。壬午（二十三日），宪宗任命平卢留后李师道为节度使。
戊子（二十九日），刘辟被押送到长安，朝廷命令将他连同他的同族亲属一并诛杀。
武宁节度使张愔身患重病，上表请求派人替代自己。十一月，戊申（十九日），宪宗征召张愔回朝担任工部尚书，任命东都留守王绍替代他，又将濠州、泗州两地归属武宁军。徐州地区的将士们高兴得到两州的土地，所以不作乱。
丙辰（二十七日），宪宗任命内常侍吐突承璀为左神策军中尉。吐突承璀在宪宗当太子时曾侍奉左右，因干练机敏而得到赏识。
这一年，回鹘入京进贡，开始带着摩尼教僧人一同前来，朝廷在国内设置寺院，安置摩尼僧人。根据摩尼僧人的规矩，日暮时分才开始进食，可以吃荤腥食品，但不能够食用奶酪。回鹘信奉摩尼教，回鹘可汗有时要与摩尼僧人计议国家大事。
元和二年（丁亥，公元807年）
春季，正月，辛卯（初三），宪宗祭祀圜丘，大赦天下。
宪宗因杜佑年迈，品德高尚，以隆重的礼数对待他，经常称呼他为司徒