安禄山所任命的河南尹张万顷，唯独因为在叛军统治期间能够保护百姓，没有被治罪。不久后，有从叛军中来投降的人说：“跟随安庆绪在邺郡的唐朝群臣，听说广平王赦免了陈希烈等人，都自我悔恨，遗憾自己失身于叛军；等到听说陈希烈等人被诛杀，才停止了悔恨。” 肃宗对此非常后悔。
臣司马光说：作为臣子，一旦接受君主的任命，委身事君，就应当以死相报，没有二心。陈希烈等人有的贵为卿相，有的是皇室至亲，在天下太平之时，没有一句劝谏君主过失、挽救社稷危难的话，反而迎合君主的心意，谋取富贵；等到天下大乱，天子流亡，他们却苟且偷生，顾恋妻子儿女，谄媚叛军，称臣效力，这是连屠夫酒贩都感到羞耻的行为，连犬马都不如。如果再保全他们的性命，恢复他们的官爵，那么谄媚之臣就会无所不为，总能得逞。而颜杲卿、张巡等人，在天下安定之时，被排斥在外地，沉沦于下级官职；在天下大乱之时，被抛弃在孤城之中，死于叛军之手，粉身碎骨。为什么善良的人如此不幸，而邪恶的人如此幸运？朝廷对待忠义之士如此刻薄，而对待奸邪之人如此优厚呢！至于那些地位低微的臣子，巡逻的差役，没有参与谋划，没有接到号令，早上还听说天子亲征的诏书，晚上就失去了天子的行在，却还要责备他们不能随从天子，这不是太困难了吗！将沦陷叛军的官员分为六等定罪，已经很恰当了，又有什么可后悔的呢！
前妃韦氏被废为尼姑后，居住在宫中，这一年去世。
设置左、右神武军，选拔跟随肃宗起兵的子弟充当士兵，制度与左右羽林、左右龙武四军相同，统称为北牙六军。又挑选善于骑马射箭的一千人作为殿前射生手，分为左、右厢，号称英武军。
将河中防御使升为节度使，统领蒲、绛等七州；将剑南分为东、西川节度使，东川统领梓、遂等十二州；又设置荆澧节度使，统领荆、澧等五州；夔峡节度使，统领夔、峡等五州；将安西节度使改为镇西节度使。
肃宗文明武德大圣大宣孝皇帝中之下乾元元年（戊戌，公元七五八年）
春季正月戊寅日，上皇登上宣政殿，接受册命，加上尊号。肃宗坚决推辞 “大圣” 的称号，上皇不允许。肃宗尊上皇为太上至道圣皇天帝。
在此之前，官军攻克京城后，宗庙的礼器以及府库的财物大多散落在民间，朝廷派遣使者搜括，造成了很多烦扰；正月乙酉日，肃宗敕令停止所有搜括行为，命令京兆尹李岘安抚坊市百姓。
二月癸卯日初一，任命殿中监李辅国兼任太仆卿。李辅国依附张淑妃，兼任元帅府行军司马，权势倾动朝野。
安庆绪所任命的北海节度使能元皓率领所部前来投降，肃宗任命他为鸿胪卿，兼任河北招讨使。
二月丁未日，肃宗登上明凤门，大赦天下，改年号为乾元。完全免除百姓今年的租庸赋税。恢复以 “年” 代替 “载” 作为纪年单位。
二月庚午日，任命安东副大都护王玄志为营州刺史，兼任平卢节度使。三月甲戌日，改封楚王李亻叔为成王。
三月戊寅日，册立张淑妃为皇后。
镇西、北庭行营节度使李嗣业驻扎在河内。三月癸巳日，北庭兵马使王惟良图谋作乱，李嗣业与裨将荔非元礼讨伐并诛杀了他。
安庆绪向北逃走时，他所任命的平原太守王暕、清河太守宇文宽都杀死叛军的使者，前来投降；安庆绪派遣他的将领蔡希德、安太清攻克了这两座城池，生擒王暕、宇文宽返回，在邺市将他们车裂处死。凡是有图谋归顺朝廷的人，都被诛灭种族，甚至连他们的部曲、州县官吏，被连坐处死的人非常多。安庆绪又与他的群臣在邺城南歃血盟誓，但人心更加离散。安庆绪听说李嗣业在河内，夏季四月，与蔡希德、崔乾佑率领两万步兵骑兵，渡过沁水攻打河内，没有取胜，返回邺郡。
四月癸卯日，任命太子少师虢王李巨为河南尹，兼任东京留守。
四月辛卯日，新的宗庙神主送入太庙。甲寅日，肃宗祭祀太庙，接着祭祀昊天上帝；乙卯日，登上明凤门，大赦天下。
五月壬午日，肃宗下制停止采访使的设置，将黜陟使改为观察使。
张镐性情简淡，不迎合权贵近臣，听说史思明请求投降，上奏说：“史思明凶险狡诈，趁着叛乱窃取高位，势力强盛时众人归附，权势被剥夺时众人离散，他虽然长着人的面孔，内心却像野兽一样，难以用恩德感化，希望不要授予他威权。” 又说：“滑州防御使许叔冀，狡猾多诈，遇到危难必定会叛变，请征召他入朝担任宿卫。” 当时肃宗正宠爱接纳史思明，恰逢中使从范阳和白马返回，都说史思明、许叔冀忠诚恳切，可以信任，肃宗认为张镐不切实际，五月戊子日，罢免张镐为荆州防御使；任命礼部尚书崔光远为河南节度使。
张皇后生下兴王李佋，年仅几岁，想要立他为太子。肃宗犹豫不决，从容地对考功郎中、知制诰李揆说：“成王年