肃宗与李泌外出巡视军队，士兵们指着他们，私下说：“穿黄色衣服的，是圣人。穿白色衣服的，是隐士。” 肃宗听到后，告诉李泌，说：“艰难之际，不敢委屈你担任官职，暂且穿上紫色官袍，以消除众人的疑虑。” 李泌不得已，接受了紫色官袍；穿上后，入宫道谢。肃宗笑着说：“既然穿上了官袍，怎么能没有官名！” 从怀中取出敕书，任命李泌为侍谋军国、元帅府行军长史。李泌坚决推辞，肃宗说：“我不敢把你当作臣子，只是为了渡过艰难时期。等到平定叛军，任由你实现高尚的志向。” 李泌才接受任命。在宫中设置元帅府，广平王李亻叔入宫时，李泌就在元帅府，李泌入宫时，广平王也在元帅府。李泌又对肃宗说：“各位将领畏惧陛下的威严，在陛下面前陈述军事事务，有时不能完全表达自己的想法；万一出现微小的差错，造成的危害就会很大。请求先让他们与我和广平王仔细商议，我与广平王从容地向陛下上奏，可行的就施行，不可行的就停止。” 肃宗答应了。当时军事事务繁忙，四方的奏报，从黄昏到拂晓没有一刻空闲，肃宗都让送到元帅府，李泌先打开查看，有紧急情况以及烽火警报，就密封起来，隔门直接送入宫中，其余的则等待天亮后再处理。宫门的钥匙和符契，都交给广平王李亻叔和李泌掌管。
阿史那从礼劝说引诱九姓府、六胡州的各个胡族部落数万人，聚集在经略军以北，将要侵犯朔方，肃宗命令郭子仪前往天德军发兵讨伐。左武锋使仆固怀恩的儿子仆固玢另外率领军队与胡族交战，战败投降；不久后又逃回来，仆固怀恩斥责他，将他斩首。将士们都吓得大腿发抖，个个以一当百，于是击败了同罗部落。肃宗虽然使用朔方的军队，但想要借助外夷的兵力来壮大军势，任命豳王李守礼的儿子李承寀为敦煌王，与仆固怀恩一起出使回纥，请求出兵援助。又征发拔汗那的军队，并且让他们转谕西域各国，许诺给予丰厚的赏赐，让他们跟随安西军队入援。李泌劝说肃宗：“暂且前往彭原，等到西北的军队将要到达，再进军前往扶风接应；这时庸调也会聚集，可以供给军队。” 肃宗听从了他的建议。九月戊辰日，从灵武出发。
内侍边令诚又从叛军手中逃回来，肃宗将他斩首。
九月丙子日，肃宗到达顺化郡。韦见素等人从成都到达，奉上宝册，肃宗不肯接受，说：“近来因为中原没有平定，暂时统领百官，怎么敢趁国家危难，仓促继承皇位！” 群臣坚决请求，肃宗不答应，将宝册放在别殿，早晚供奉，如同早晚问候父母的礼仪。肃宗因为韦见素原本依附杨国忠，心中轻视他；一向听说房琯的名声，虚心对待他，房琯见到肃宗，谈论时事，言辞慷慨激昂，肃宗为之动容，因此军政事务大多与房琯商议。房琯也以天下为己任，知无不为，凡事都由自己决断；其他宰相都拱手避让。
上皇赏赐张良娣七宝鞍，李泌对肃宗说：“如今四海分崩离析，应当以节俭示人，张良娣不应该乘坐这样奢华的马鞍。请求撤去马鞍上的珠玉，交给库吏保管，等待有战功的人，赏赐给他们。” 张良娣在阁中说：“我们是邻里旧识，何必做到这种地步！” 肃宗说：“先生是为了社稷着想。” 立即下令撤去珠玉。建宁王李倓在廊下哭泣，声音传到肃宗耳中；肃宗感到惊讶，召见他询问原因，他回答说：“我近来担心祸乱不止，如今陛下从谏如流，不久就会看到陛下迎接上皇返回长安，因此喜极而悲。” 张良娣因此憎恶李泌和李倓。
肃宗曾经从容地与李泌谈论李林甫，想要敕令各位将领攻克长安后，挖掘李林甫的坟墓，焚烧他的尸骨，扬弃他的骨灰。李泌说：“陛下正在平定天下，为什么要仇恨死去的人！他的枯骨知道什么，这样做只会显示圣德不够宽广。而且如今跟随叛军的人都是陛下的仇敌，如果他们听说陛下这样做，恐怕会阻碍他们改过自新的心意。” 肃宗不高兴，说：“这个奸贼过去千方百计地危害我，当时，我朝不保夕。我之所以能保全性命，全靠上天的眷顾！李林甫也憎恶你，只是还没来得及害你就死了，你为什么要怜悯他！” 李泌回答说：“臣怎么会不知道！我之所以这样说，是因为上皇拥有天下将近五十年，太平享乐，一旦失意，远在巴蜀。南方地势恶劣，上皇年纪已老，听说陛下的这个敕令，必定会认为是因为韦妃的缘故，内心惭愧不快。万一因此感愤成疾，这就是陛下拥有天下之大，却不能让君亲安宁。” 话还没有说完，肃宗泪流满面，走下台阶，仰天长拜说：“朕没有考虑到这一点，是上天让先生你说这番话的！” 于是抱住李泌的脖子，痛哭不已。
有一天晚上，肃宗又对李泌说：“张良娣的祖母是昭成太后的妹妹，是上皇所思念的人。朕想要立她为中宫皇后，以安慰上皇的心，怎么样？” 李泌回答说：“陛下在灵武，因为群臣希望建立功绩，所以才即位，不