东宫的僚属没有人敢接近太子的尸体，只有永和县丞宁嘉勖脱下衣服包裹太子的首级痛哭，因此被贬为兴平丞。
太子军队所经过的各宫门守卫者都被判流放；韦后的党羽奏请将他们全部处死，皇帝又命令司法部门重新审理。大理卿宋城人郑惟忠说：“大案刚刚判决，人心尚未安定，如果再改判，那么反复不安的人就多了。”皇帝才作罢。
任命杨思勖为银青光禄大夫，行内常侍。癸卯（初八）， 大赦天下。
追赠武三思为太尉、梁宣王，武崇训为开府仪同三司、鲁忠王。安乐公主请求依照永泰公主的先例，将武崇训的坟墓称为陵。给事中卢粲驳斥，认为：“永泰公主的事情出于特别的恩典，现在鲁王是公主的丈夫，不能相比。”皇帝亲手写敕令说：“安乐公主与永泰公主没有区别，夫妻合葬的古义，古今没有不同。”卢粲又上奏，认为：“陛下因为对女儿的疼爱推及到她的丈夫，怎么可以使上下没有区别，君臣等同呢！”皇帝这才听从了他的意见。安乐公主发怒，将卢粲外放为陈州刺史。
襄邑县尉襄阳人席豫听说安乐公主请求当皇太女，叹息说：“汉代梅福指斥王氏外戚专权，难道只是他一个人敢这样做吗！”于是上书请求立太子，言辞非常深切。太平公主想上表推荐他为谏官。席豫以此为耻，逃走了。
八月，戊寅（十三日）， 皇后及王公以下官员上表给皇帝加尊号为应天神龙皇帝，改玄武门为神武门，门楼为制胜楼。宗楚客又率领百官上表请求给皇后加尊号为顺天翊圣皇后。皇帝一并批准。
当初，右台大夫苏珦审理太子李重俊的同党，囚犯有牵连相王李旦的，苏珦秘密为他申辩，皇帝才不再追究。从此安乐公主及兵部尚书宗楚客日夜谋划诬陷相王，指使侍御史冉祖雍等人诬告相王及太平公主，说他们“与李重俊通谋，请求逮捕关入诏狱”。皇帝召见吏部侍郎兼御史中丞萧至忠，让他审理。萧至忠流着泪说：“陛下拥有四海，却不能容下一个弟弟一个妹妹，而让人罗织罪名陷害他们吗！相王从前做皇嗣时，曾坚决向则天皇后请求，把天下让给陛下，为此多日不进食，这是海内都知道的。怎么能因为冉祖雍的一句话就怀疑他呢！”皇帝一向友爱，于是将这件事搁置起来。
右补阙浚仪人吴兢听说冉祖雍的阴谋，上疏，认为：“自从文明年间以来，国家的嫡系继承人，像线一样几乎断绝，陛下即位后，恩惠遍及皇族，从瘴气弥漫的海南寻访他们，提升到朝廷任职。何况相王是陛下的同胞至亲，天下都无二心，而贼臣日夜勾结谋划，竟想把他置于极刑；祸乱的根源，将由此开始。如果授予权力，即使是疏远的人也必定重要；如果剥夺其势力，即使是至亲的人也必定轻微。自古以来信任异姓，猜忌骨肉，导致国破家亡的，有多少人啊！何况国家宗室枝叶不多，陛下登基不久，而一个儿子因举兵被杀，一个儿子因过错被远远流放，只剩下一个弟弟早晚侍奉左右，民间‘一尺布，尚可缝；一斗粟，尚可舂’讥讽兄弟不相容的歌谣，不可不慎重考虑，《诗经·青蝇》中关于谗言害人的诗句，实在可怕啊！”
相王为人宽厚恭谨，安详恬淡，喜好谦让，所以经历武则天、韦后的时代，竟能免于祸难。
当初，右仆射、中书令魏元忠因为武三思专权，心中常常愤慨忧郁。等到太子李重俊起兵，在永安门遇到魏元忠的儿子太仆少卿魏升，胁迫他跟随，太子死后，魏升被乱兵杀死。魏元忠扬言说：“元凶（武三思）已经死了，即使我被鼎镬烹杀又有什么关系！只惋惜太子死得太冤了！”皇帝因为他有功，并且被高宗、武则天所器重，所以放过不加追究。兵部尚书宗楚客、太府卿纪处讷等人共同作证说魏元忠“与太子通谋，请求灭他的三族。”皇帝下制不许。魏元忠恐惧，上表请求解除官职爵位，以散官身份回家。丙戌（二十一日）， 皇帝亲手下敕准许解除仆射职务，以特进、齐公退休，仍于每月初一、十五上朝。
九月，丁卯（初二？此处干支‘丁卯’与上文‘丙戌’相距甚远，疑为‘丁酉’或‘丁未’）， 任命吏部侍郎萧至忠为黄门侍郎，兵部尚书宗楚客为左卫将军，兼太府卿纪处讷为太府卿，一同任同中书门下三品；中书侍郎、同中书门下三品于惟谦被罢免为国子祭酒。
庚子（疑为庚戌、庚申等，据《通鉴》当在九月或十月）， 大赦天下，更改年号（为景龙）。
宗楚客等人引荐右卫郎将姚廷筠为御史中丞，指使他弹劾魏元忠，认为：“侯君集是国家的元勋，等到他谋反时，太宗向群臣乞求饶他一命而不得，最后流着泪将他斩首。后来房遗爱、薛万彻、齐王李佑等叛逆，虽然都是皇亲，也都依法处死。魏元忠的功劳比不上侯君集，本人又不是皇亲国戚，与李多祚等人谋反，儿子进入叛逆者的行列