当时高宗有命令，征辽部队中逃亡的军士，在规定期限内不自首或自首后又逃亡的，本人处死，妻子儿女没入官府为奴婢。太子上表，以为：“这样追查起来，人数太多：有人因生病赶不上队伍，惧怕而逃亡；有人因外出打柴草被敌人俘虏；有人在渡海时落水失踪；有人深入敌方阵地被杀或受伤。因军法严厉，同队的人怕一起获罪，即报告他们逃亡，战争中没有时间去核实，直接根据队伍的报告转送所属州县，他们的妻子儿女立即被没入官府，情状实在值得哀怜。《书经》说：‘与其杀无罪的人，宁可对不守正法的人失于治罪。’恳切希望对逃亡之家，免除籍没发配的处罚。”高宗听从他的意见。
甲戌（二十四日），司戎太常伯姜恪兼任检校左相，司平太常伯阎立本守右相。
本年，京师长安及崤山以东、长江、淮河流域遭受旱灾，出现饥荒。
唐高宗总章二年（己巳，公元669年）
春季，二月，辛酉（十二日），唐朝任命张文瓘为东台侍郎，任命右肃机、检校太子中护谯县人李敬玄为西台侍郎，一起同东西台三品。这以前同三品不列入官衔，从这时开始列入官衔。
癸亥（十四日），唐朝任命雍州长史卢承庆为司刑太常伯。卢承庆曾考评朝廷内外官员，有一名督运官，因遇大风而损失了粮食，卢承庆考评他说：“监运损失粮食，成绩中下。”这位官员神色自如，没有说话就退出。卢承庆看重他气度不凡，改评为：“碰上大风，失粮不是人力所能控制，成绩中中。”这位官员这时既没有高兴的样子，也没有说感到惭愧的话。卢承庆又改为：“宠辱不惊，成绩中上。”
三月，丙戌（初八），东台侍郎郝处俊任同东西台三品。
丁亥（初九），唐高宗下诏规定明堂制度：基础八角，顶部为圆形，覆盖上与天同色的瓦，门墙台阶、窗棂横梁柱子、柱上的方木、梁柱之间的斗拱等的数目，都仿照天地阴阳律历的数目。诏令下达后，朝臣们的议论仍未取得一致，又遇上饥荒，最后没有建成明堂。
夏季，四月，己酉朔（初一），唐高宗来到九成宫。
高丽百姓不少人反叛唐朝统治，高宗命令迁移三万八千二百户高丽居民到江、淮以南，以及山南、京西诸州空旷地区，留下贫弱户守卫安东。
六月，戊申朔（初一），出现日食。
秋季，八月，丁未朔（初一），高宗发诏令，定于十月去凉州。当时陇右空虚，朝中议事者多认为皇帝不宜巡行该地。高宗知道后，于辛亥（初五）来到延福殿，召集五品以上官员，对他们说：“自古以来的帝王，没有不巡行境内的，所以朕想巡视边远地区风俗。若真的不可行，为何不当面陈述，而背后有议论，这是为什么？”自宰相以下谁也不敢答话。只有详刑大夫来公敏进言说：“巡行虽是帝王常事，但高丽最近才平定，残余敌对分子还不少，西边的治理，军事行动还未停止。陇右户口零散，天子所到之处，需要供给的物品繁多，实在不易办到。外间确有私下议论，只因圣明的命令已下达，所以群臣才不敢面陈意见。”高宗称赞他的话，为此西巡的计划作罢。不久，提拔来公敏为黄门侍郎。
甲戌（二十八日），唐朝改瀚海都护府为安北都护府。
九月，丁丑朔（初一），高宗下诏令，迁移吐谷浑部落到凉州南山。议事者恐怕吐蕃侵犯，使他们不能生存，想先发兵攻打吐蕃。右相阎立本以为去年歉收发生饥荒，不可动兵。议论长时间没有结果，终于没有迁移吐谷浑部落。
庚寅（十四日），刮大风，海水外溢，永嘉、安固二县漂没六千余家。
冬季，十月，丁巳（十二日），唐高宗回到京师长安。
十一月，丁亥（十二日），唐朝改封豫王李旭轮为冀王，改名李轮。
司空、太子太师、英贞武公李世病重，唐高宗将他在外地的子弟全部召回京师，让他们服侍他。高宗和太子赏赐的药物，李世就服用；家里子弟为他请医生，他都不让进门，说：“我本是崤山以东的种田人，遇到圣明君主，位至三公，年纪将近八十岁，这难道不是命运的安排吗！寿命长短有定期，怎能再向医生求活命！”一日，李世忽然对他弟弟司卫少卿李弼说：“我今天稍好些，可以设酒席共同高兴一番。”于是子孙全都聚齐。酒席将散时，他对李弼说：“我自己知道病好不了，所以想与你们决别。你们不要悲伤哭泣，听我的安排。我看房玄龄、杜如晦平生勤苦，才能树立门户，但因不肖子孙全都败光。我有这些子孙，现在全都托付给你。我的葬事完毕，你即迁入我的正室，抚养儿孙，谨慎监察他们，凡有心志不端，结交行为不正之人的，都先打死，然后报我知道。”此后便不再说话。十二月，戊申（初三日），李世去世。高宗得知死讯后，悲痛哭泣，下葬的日子，到未央宫，登楼目送灵车痛哭。埋葬后起的坟头仿照阴山、铁山、乌德鞬山，以表彰