太宗的痢疾病情加重，太子昼夜不离身边，有时甚至几天不进食，头发都有变白的。太宗流泪说：“你能如此孝顺友爱，我死了也没有遗憾了！” 丁卯日，太宗病情危重，召长孙无忌进入含风殿。太宗躺在床上，伸手抚摸长孙无忌的脸颊，长孙无忌痛哭流涕，悲痛不已；太宗最终没能说出话来，于是让长孙无忌退出。己巳日，太宗再次召长孙无忌和褚遂良进入卧室，对他们说：“朕现在将后事全部托付给你们。太子仁厚孝顺，你们都知道，要好好辅佐他！” 又对太子说：“有长孙无忌和褚遂良在，你不用担心天下大事！” 再对褚遂良说：“长孙无忌对我忠心耿耿，我能拥有天下，他功不可没。我死后，不要让谗言小人离间你们的关系。” 于是让褚遂良草拟遗诏。过了一会儿，太宗驾崩。
太子抱着长孙无忌的脖子，号啕大哭，几乎晕厥。长孙无忌擦干眼泪，请求太子处理各项事务，以安定朝廷内外。太子仍然哀号不止，长孙无忌说：“主上将宗庙社稷托付给殿下，怎么能像普通百姓一样只是哭泣呢！” 于是秘不发丧。庚午日，长孙无忌等人请求太子先返回长安，飞骑、精锐士兵以及旧将都跟随太子。辛未日，太子进入京城长安；太宗的灵柩用御马舆运载，侍卫如同平时一样，跟随太子之后，停放在两仪殿。任命太子左庶子于志宁为侍中，少詹事张行成兼任侍中，检校刑部尚书、右庶子、兼吏部侍郎高季辅兼任中书令。壬申日，在太极殿发布太宗驾崩的消息，宣读遗诏，太子即位。军国大事，不可中断；平常琐碎事务，委托给相关部门处理。诸王担任都督、刺史的，都允许前来奔丧，但濮王李泰不在奔丧之列。停止辽东的战事以及各项土木工程。在朝廷任职的四夷人士以及前来朝贡的使者几百人，听到太宗驾崩的消息后都痛哭流涕，有的剪发、划脸、割耳，鲜血洒在地上。
六月甲戌朔日，高宗即位，大赦天下。
丁丑日，任命叠州都督李世积为特进、检校洛州刺史、洛阳宫留守。
此前，太宗名叫李世民，曾下令天下百姓只要不连称 “世民” 二字，就不用避讳；到这时，才开始更改官职名称中冒犯先帝名讳的字。
癸未日，任命长孙无忌为太尉，兼检校中书令，掌管尚书省、门下省事务。长孙无忌坚决推辞掌管尚书省事务，高宗批准了他的请求，仍然任命他以太尉的身份同中书门下三品。
癸巳日，任命李世积为开府仪同三司、同中书门下三品。
阿史那社尔击败龟兹时，行军长史薛万备请求趁着军队的威势，劝说于阗王伏阇信入朝，阿史那社尔同意了。秋季七月己酉日，伏阇信跟随薛万备入朝，高宗下诏让他谒见太宗的灵柩。
八月癸酉日夜间，发生地震，晋州的震情最为严重，压死五千多人。
庚寅日，将文皇帝（太宗）安葬在昭陵，庙号太宗。阿史那社尔、契苾何力请求自杀殉葬，高宗派人传达太宗的遗旨，不允许他们殉葬。被太宗擒服的蛮夷君长颉利可汗等十四人，都被雕刻成石像，刻上名字，排列在昭陵北司马门内。
丁酉日，礼部尚书许敬宗上奏说弘农府君庙应当拆毁，请求将神主安放在西夹室；高宗批准了他的请求。
九月乙卯日，任命李世积为左仆射。
冬季十月，在突厥各个部落设置舍利等五州，隶属于云中都督府；设置苏农等六州，隶属于定襄都督府。
乙亥日，高宗询问大理卿唐临在押囚犯的数量，唐临回答说：“现在在押的囚犯有五十多人，只有两人应当判处死刑。” 高宗十分高兴。高宗曾经亲自审查在押囚犯，前任大理卿所判决的囚犯大多哭喊着称冤，而唐临所判决的囚犯却唯独没有怨言。高宗感到奇怪，询问原因。囚犯说：“唐卿所判决的，本来就没有冤情。” 高宗叹息了很久，说：“审理案件的官员不应当这样吗！”
高宗任命吐蕃赞普弄赞为驸马都尉，封西海郡王。赞普写信给长孙无忌等人说：“天子刚刚即位，如果臣下有不忠的人，我将率领军队前往朝廷讨伐除灭他。”
十二月，下诏允许濮王李泰开设府署，设置僚属，车马服饰、珍贵膳食都特别优厚。
高宗天皇大圣大弘孝皇帝上之上永徽元年（庚戌，公元 650 年）
春季正月辛丑朔日，改年号为永徽。
丙午日，立妃子王氏为皇后。王皇后是王思政的孙女。任命皇后的父亲王仁佑为特进、魏国公。
己未日，任命张行成为侍中。
辛酉日，高宗召见朝集使，对他们说：“朕刚刚即位，凡是有不利于百姓的事情，都应当全部陈述出来，没有说完的可以另外密封上奏。” 从此，高宗每天召见十位刺史进入内阁，询问百姓的疾苦以及他们的治理情况。
洛阳人李弘泰诬告长孙无忌谋反，高宗立刻下令将他斩首。长孙无忌与褚遂良同心辅佐朝政，高宗也尊重礼遇他们，虚心听从他们的意见，因此永徽年间的政治，百姓富足安定，有贞观之治的遗风。
太宗的女儿