李佑召集燕弘亮等五人在卧室中留宿，其余的党羽分别统领士兵，巡视城池，自行守卫。李佑每天夜里都与燕弘亮等人对着嫔妃宴饮，认为自己已经得志；在嬉戏谈笑的时候，谈到唐朝的军队，燕弘亮等人说：“大王不必担忧！我们右手拿着酒杯，左手为大王挥舞刀剑，击退敌军！” 李佑非常高兴，认为他们说得对。李佑向各个县发布檄文，各个县都不肯听从。当时李世积的军队还没有抵达，而青、淄等几个州的兵力已经聚集在齐州边境。齐王府的兵曹杜行敏等人暗中谋划擒获李佑，李佑身边的人和官吏百姓中没有参与谋反的人，无不响应杜行敏。庚申日夜里，齐州城四面鼓声大作，呐喊声传到几十里之外。李佑的党羽中有居住在城外的，都被众人合力杀死。李佑询问是什么声音，身边的人欺骗他说：“英公李世积率领飞骑已经登上城墙了。” 杜行敏分兵凿开城墙，进入城中，李佑与燕弘亮等人穿着铠甲，手持兵器，躲在卧室里，关闭房门抵抗。杜行敏等一千多人将卧室包围，从早晨一直到中午，都没有攻克。杜行敏对李佑说：“大王从前是帝王的儿子，如今却成为国家的叛贼，如果不迅速投降，就会被烧成灰烬。” 于是下令堆积柴草，想要焚烧卧室。李佑从窗户缝隙中对杜行敏说：“我立即打开房门投降，只担心燕弘亮兄弟会被杀死。” 杜行敏说：“我一定会保全他们的性命。” 李佑等人于是走出卧室投降。有的人挖出燕弘亮的眼睛，将眼珠扔在地上，其余的人都打断了燕弘亮兄弟的腿，然后将他们杀死。杜行敏擒获李佑，将他带到牙帐前，展示给官吏百姓看，然后将他关押在东厢房，齐州之乱全部平定。乙丑日，太宗下诏命令李世积等人停止进军。李佑被押送到京城，在内侍省被赐死，参与谋反的党羽被诛杀的有四十四人，其余的人都没有被追究。
李佑刚开始谋反的时候，齐州人罗石头当面列举他的罪行，手持长枪走上前，想要刺杀他，被燕弘亮杀死。李佑率领骑兵攻打高村，村民高君状在远处责备李佑说：“主上手持三尺宝剑夺取天下，亿万百姓蒙受恩德，敬仰他如同敬仰上天。大王突然驱赶城中的几百人，想要发动叛乱，侵犯君主父亲，这无异于用一只手摇动泰山，实在是太不自量力了！” 李佑下令攻打高君状，将他俘虏，因为惭愧而没有杀死他。太宗下诏追赠罗石头为亳州刺史，任命高君状为榆社县令，任命杜行敏为巴州刺史，封为南阳郡公；参与谋划擒获李佑的人，根据功劳大小，分别得到了不同的官职和赏赐。
太宗查阅李佑家中的文书奏疏，发现了记室、郏城人孙处约的劝谏书，对他大加赞赏，将他多次升迁为中书舍人。庚午日，太宗追赠权万纪为齐州都督，赐爵武都郡公，谥号为敬；追赠韦文振为左武卫将军，赐爵襄阳县公。
起初，太子李承乾喜爱声色犬马和打猎，所作所为奢侈靡费，他害怕太宗知道这些事情，在面对东宫的臣僚时，常常谈论忠孝之道，有时甚至流下眼泪，退回到宫中之后，就与一群小人亲昵嬉戏。东宫的臣僚中有想要劝谏的人，太子总是先揣摩出他们的意图，然后主动迎上前去叩拜，表情严肃地端正坐着，主动承认错误，自责不已，言辞敏捷善辩，让劝谏的臣僚来不及应答。东宫的秘密，外人无从知晓，所以当时的舆论起初都称赞太子贤明。
太子制作了一个八尺高的铜炉和六个隔层的大鼎，招募逃亡的奴仆，偷盗民间的马牛，太子亲自到场烹煮，与他宠爱的仆役一同食用。太子还喜欢模仿突厥人的语言和服饰，挑选身边容貌与突厥人相似的五个人，组成一个部落，梳着辫子，穿着羊皮衣服，放牧羊群，制作了五面狼头大旗和幡旗，设置了穹庐，太子自己居住在里面，将羊聚集起来烹煮，拔出佩刀割肉，相互喂食。太子还曾经对身边的人说：“我试着假装可汗去世，你们模仿突厥人的丧礼。” 于是太子僵卧在地上，众人都大声号哭，骑着马绕着他行走