己巳日，明州獠人发动叛乱；朝廷派遣交州都督李道彦率军讨伐，平定叛乱。
十二月辛巳日，左武候将军上官怀仁在壁州进击叛乱的獠人，大破敌军，俘虏男女一万多人。
这一年，朝廷任命给事中马周为中书舍人。马周机智善辩，中书侍郎岑文本常常称赞说：“马君议论政事，引经据典，纵横古今，抓住要点，删去繁琐，文辞恰当，道理透彻，一字都不能增，也不能减，听他讲话，让人沉浸其中，忘却疲倦。”
霍王李元轨喜好读书，为人恭敬谨慎，坚守本分，行为举止从不轻举妄动。他担任徐州刺史时，与处士刘玄平结为平民之交。有人问刘玄平霍王的长处是什么，刘玄平说：“没有长处。” 问话的人感到奇怪。刘玄平说：“人有短处，才能显出他的长处；至于霍王，没有短处，我又怎么能称赞他的长处呢！”
起初，西突厥咥利失可汗将他的国家分为十个部落，每个部落设置一名酋长，还分别赐予他们一支箭，称之为十箭。又将十部分为左、右两厢，左厢号称五咄陆，设置五名大啜，居住在碎叶城以东；右厢号称五弩失毕，设置五名大俟斤，居住在碎叶城以西；合称为十姓。咥利失可汗失去民心，遭到他的大臣统吐屯袭击。咥利失可汗兵败，与他的弟弟步利设一同退守焉耆。统吐屯等人准备拥立欲谷设为大可汗，恰逢统吐屯被人杀死，欲谷设的军队也战败，咥利失可汗得以收复故土。到这个时候，西部的部落最终拥立欲谷设为乙毘咄陆可汗。乙毘咄陆即位之后，与咥利失可汗展开大战，双方伤亡惨重。于是两人将西突厥的疆土一分为二，以伊列水为界，伊列水以西归属乙毘咄陆，以东归属咥利失可汗。
处月、处密部落与高昌国一同攻占焉耆国的五座城池，掳掠男女一千五百人，焚烧他们的房舍之后离去。
太宗文武大圣大广孝皇帝中之上贞观十三年（己亥，公元 639 年）
春季正月乙巳日，太宗的车驾前往献陵祭拜；丁未日，返回宫中。
戊午日，朝廷加封左仆射房玄龄为太子少师。房玄龄自认为担任宰相之职已经十五年，儿子房遗爱娶太宗的女儿高阳公主为妻，女儿则嫁给韩王为妃，他深怕地位过高、福禄过盛而招致灾祸，于是上表请求辞去机要职务；太宗没有准许。房玄龄执意请求不止，太宗下诏不准他再呈递表章，房玄龄这才就职。太子想要叩拜房玄龄，设置仪仗卫队等待他，房玄龄却不敢谒见太子，转身返回，当时的人都赞美他懂得谦让。房玄龄认为度支郎中一职关系到天下的利益得失，曾经一度空缺，太宗寻访合适的人选没有找到，于是房玄龄便亲自兼任此职。
礼部尚书、永宁懿公王珪去世。王珪生性宽厚，自己的日常供养十分俭朴。到如今，三品以上的官员都建立了家庙，王珪显贵已经很久，却唯独在家中祭祀祖先。他被司法部门弹劾，太宗不予追究，反而下令有关部门为他建立家庙，想用这种方式让他感到惭愧。
二月庚辰日，朝廷任命光禄大夫尉迟敬德为鄜州都督。
太宗曾经对尉迟敬德说：“有人说你谋反，这是为什么呢？” 尉迟敬德回答说：“臣谋反是实情！臣跟随陛下征伐四方，身经百战，如今得以存活的，都是从刀箭之下逃脱的残命。天下已经安定，陛下却反而怀疑臣谋反吗！” 于是脱下衣服扔在地上，露出身上的伤疤。太宗看着伤疤，流下眼泪，说：“你快穿上衣服，朕不是怀疑你，所以才对你说出这件事，你何必还要怨恨呢！”
太宗又曾经对尉迟敬德说：“朕想要把女儿嫁给你，怎么样？” 尉迟敬德叩头辞谢说：“臣的妻子虽然浅陋粗俗，但臣与她一同度过贫贱的日子已经很久了。臣虽然没有读过多少书，但听说古人富贵之后不换妻子，这不是臣所愿意做的事情啊。” 太宗于是作罢。
戊戌日，尚书省上奏说：“近代以来，后宫嫔妃的选拔，有的出身低微贫寒之家，从未听闻过礼仪教化；有的出身于受过刑罚的家族，心中积满忧愁怨恨。请求从今以后，后宫以及东宫的职位有空缺时，都选拔出身良家、有德行有才干的人充任，依照礼仪聘娶接纳；那些因罪被没入官府的人以及向来出身低微的人，都不得补充录用。” 太宗采纳了这个建议。
太宗已经下诏命令宗室子弟和文武大臣袭封刺史之职，左庶子于志宁认为古今的情况不同，这样做恐怕不是国家长治久安的办法，于是上疏劝谏。侍御史马周也上疏，认为：“即使是尧、舜这样的圣贤君主，尚且有丹朱、商均这样不成器的儿子。倘若让未成年的孩童承袭职位，万一他们骄横愚钝，那么百姓就会遭受他们的祸害，国家也会蒙受他们带来的损失。如果想要废除他们的爵位，那么他们先人的功绩还记载在史册上；如果想要保留他们的爵位，那么他们的劣迹已经昭彰于世。与其让现存的百姓遭受祸害，不如对已故的功臣割舍恩情，这是很明显的道理。如此说来，先前所说的爱护功臣的做法，恰恰成了伤害他们的行为。臣认为应当赐给功臣封地，分封他们的子孙，倘若子孙有才干德行，就根据他们的才能授