李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度，都因受牵连被处死，并且被开除出宗室的名册。
起初，李建成许诺李元吉，自己即位之后，立他为皇太弟，所以李元吉为他效尽全力。各位将领想要把李建成、李元吉手下的一百多人全部诛杀，抄没他们的家产，尉迟敬德坚决反对说：“罪过只在李建成、李元吉两人身上，他们已经伏法被诛杀；如果牵连到他们的党羽，这不是求得安定的办法。” 于是将领们才停止了这个念头。当天，皇帝下诏大赦天下。叛逆的罪名，只追究李建成、李元吉两人，其余的党羽，一概不予追究。那些僧尼、道士、女冠，都应当恢复原来的身份。国家的各项事务，都交由秦王处理。
辛酉日，冯立、谢叔方都主动出来自首；薛万彻逃亡躲藏起来，李世民多次派人晓谕他，他才出来自首。李世民说：“这些人都是忠于自己所侍奉的主人的义士啊。” 于是赦免了他们。
癸亥日，皇帝立李世民为皇太子。又下诏说：“从今以后，军队和国家的各项事务，无论大小，全部交由太子裁决处理，然后再上奏给我。”
臣司马光说：确立嫡长子为继承人，是礼制的正道。然而高祖之所以能够拥有天下，都是太宗的功劳；隐太子李建成因为平庸低劣，地位却在太宗之上，两人地位相近、权势相逼，必然无法相容。假使高祖有周文王那样的英明，隐太子有泰伯那样的贤德，太宗有子臧那样的节操，那么祸乱又从哪里产生呢！既然不能做到这样，太宗起初想要等李建成、李元吉先动手，然后再进行反击，这样的话，事情就是出于不得已，还算得上是较好的做法。不久之后，太宗被部下逼迫，最终导致在皇宫的宫门之内发生流血事件，亲手杀死自己的兄弟，被千古之人讥讽，实在是可惜啊！开创基业、传承皇位的君主，是子孙后代效法的榜样，中宗、玄宗、肃宗、代宗之间的皇位传承，难道不正是以这件事为借口吗！
戊辰日，皇帝任命宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。将齐王府官府的全部金银布帛、器物用具都赏赐给了尉迟敬德。
起初，太子洗马魏征常常劝说太子李建成早点除掉秦王李世民，等到李建成失败后，李世民召见魏征，对他说：“你为什么要离间我们兄弟的关系！” 众人都为魏征感到担忧害怕，魏征却举止自若，回答说：“先太子如果早点听从我的话，一定不会有今天的灾祸。” 李世民向来器重他的才能，于是改变脸色，以礼相待，任命他为詹事主簿。李世民又把王珪、韦挺从巂州召回，任命他们都为谏议大夫。
李世民下令释放皇宫御苑中饲养的猎鹰猎犬，停止各地向朝廷进贡奇珍异宝，听取文武百官各自陈述治理国家的方法，政令简明严肃，朝廷内外都十分高兴。
李世民任命屈突通为陕东大行台左仆射，镇守洛阳。
益州行台仆射窦轨和行台尚书韦云起、郭行方不和。韦云起的弟弟韦庆俭以及宗族亲属大多侍奉太子李建成，李建成死后，窦轨诬陷韦云起和李建成一同谋反，将他逮捕斩首。郭行方十分恐惧，逃奔京城，窦轨派人追赶他，没有追上。
吐谷浑入侵岷州。
突厥入侵陇州；辛未日，入侵渭州。朝廷派遣右卫大将军柴绍率军攻打突厥。
朝廷废除益州大行台，设置益州大都督府。
壬申日，皇帝亲手写下诏书赐给裴寂等人，说：“朕应当加上太上皇的尊号。”
辛巳日，幽州大都督庐江王李瑗谋反，右领军将军王君廓将他杀死，把他的首级传送到京城。
起初，皇帝认为李瑗生性懦弱胆怯，不是担任将帅的人才，所以派王君廓辅佐他。王君廓原本是一群盗贼的首领，勇猛强悍、阴险狡诈，李瑗却推心置腹地倚仗他，还许诺和他结成姻亲。太子李建成图谋杀害秦王李世民，秘密和李瑗勾结。李建成死后，皇帝下诏派遣通事舍人崔敦礼骑着驿马前去召见李瑗。李瑗心中十分不安，和王君廓商议对策。王君廓想要抓住李瑗立功，于是劝说李瑗说：“大王如果入朝，