萧铣派他的将领杨道生侵犯峡州，刺史许绍击败了他。萧铣又派他的将领陈普环率领水军逆流而上到三峡，计划攻取巴、蜀。许绍派他的儿子许智仁和录事参军李弘节等人追击到西陵，大败陈普环，活捉了陈普环。萧铣派兵守卫安蜀城和荆门城。
在此之前，高祖派遣开府李靖到夔州筹划对付萧铣。李靖到达峡州，受到萧铣军队的阻挡，很久不能前进。高祖对他滞留迟缓感到愤怒，暗中敕令许绍处死他；许绍爱惜他的才能，为他上奏求情，李靖得以免死。
己巳日（初四），窦建德攻陷相州，杀死刺史吕珉。
民部尚书、鲁国公刘文静，自认为才能谋略和功劳在裴寂之上，但职位却在裴寂之下，心中非常不平。每当朝廷商议时，裴寂赞成的，刘文静必定反对，多次欺凌侮辱裴寂，因此两人有了嫌隙。刘文静和弟弟通直散骑常侍刘文起一起喝酒，酒酣耳热时，心中怨恨，拔刀砍柱子说：“一定要砍下裴寂的脑袋！”家里多次出现怪异现象，刘文起召来巫师在星光下披散头发、口衔刀子作法驱邪。刘文静有一个妾不受宠爱，她的哥哥告发刘文静谋反。高祖将刘文静交给官吏审问，派裴寂、萧瑀审问情况。刘文静说：“当初太原起兵时，我愧任司马，算起来与长史（指裴寂）的地位声望大致相当。如今裴寂官居仆射，住着上等的宅第；我的官职赏赐和普通人没什么区别，东征西讨，老母留在京城，连风雨都无处遮蔽，我确实有不满之心，因喝醉说了怨言，不能自我保全。”高祖对群臣说：“听刘文静这些话，谋反之心已经很明白了。”李纲、萧瑀都说明刘文静不会谋反，秦王李世民也为他坚决求情说：“过去在晋阳，是刘文静首先定下起兵的大计，然后才告诉裴寂知道；等到攻克京城，二人的任用待遇相差悬殊，让刘文静产生不满是有的，但不敢谋反。”裴寂对高祖说：“刘文静的才能谋略确实超过当时的人，但生性又粗疏险恶，如今天下未定，留下他必定留下后患。”高祖一向亲近裴寂，犹豫了很久，最终还是采用了裴寂的意见。辛未日（初六），刘文静和刘文起因此被处死，家产被抄没。
沈法兴攻克毘陵后，认为长江、淮河以南只要挥挥手就能平定，于是自称梁王，定都毘陵，改年号为延康，设置百官。他生性残忍，专尚威严刑罚，将士稍有小的过失，就立即斩首，因此他的部下离心怨恨。
当时杜伏威占据历阳，陈棱占据江都，李子通占据海陵，都有窥伺江南之心。沈法兴的军队多次失败；适逢李子通在江都包围陈棱，陈棱送人质向沈法兴和杜伏威求救，沈法兴派他的儿子沈纶率兵数万，与杜伏威共同援救陈棱。杜伏威的军队驻扎在清流，沈纶的军队驻扎在扬子，相距数十里。李子通的纳言毛文深献计，招募江南人假扮成沈纶的士兵，在夜里袭击杜伏威的军营，杜伏威发怒，又派兵袭击沈纶。从此两人互相猜疑，谁也不敢先进兵。李子通得以集中全部精锐进攻江都，攻克了它，陈棱投奔杜伏威。李子通进入江都，乘势纵兵攻击沈纶，大败沈纶，杜伏威也带兵撤离。李子通即皇帝位，国号吴，改年号为明政。丹杨贼帅乐伯通率领部众一万多人投降他，李子通任命他为左仆射。杜伏威请求投降；丁丑日（十二日），高祖任命杜伏威为淮南安抚大使、和州总管。
裴寂到达介休，宋金刚据城抵抗。裴寂将军队驻扎在度索原，营中饮用山涧水，宋金刚截断水源，士兵干渴疲乏。裴寂想转移营地靠近水源，宋金刚派兵攻击，裴寂的军队于是溃败，几乎全军覆没，裴寂一天一夜骑马逃到晋州。
在此之前，刘武周多次派兵进攻西河，浩州刺史刘赡进行抵抗；李仲文带兵去与他会合，共同守卫西河。等到裴寂战败，晋州以北的城镇全部沦陷，只有西河独存。姜宝谊再次被宋金刚俘虏，他谋划逃回，宋金刚杀了他。裴寂上表请罪，高祖安慰开导他，重新让他镇守安抚河东。
刘武周进逼并州，齐王李元吉欺骗他的司马刘德威说：“你用老弱士兵守城，我率精兵出战。”辛巳日（十六日），李元吉夜里出兵，携带妻妾抛弃并州逃回长安。李元吉刚离开，刘武周的军队已到城下，晋阳当地的豪强薛深献城接纳了刘武周。高祖听说后，大怒，对礼部尚书李纲说：“李元吉年幼，不谙世事，所以派窦诞、宇文歆辅助他。晋阳有强兵数万，粮食可支撑十年，是兴起王业的根基，竟然一朝抛弃。听说宇文歆首先提出这个计策，我应当杀了他！”李纲说：“齐王年少骄纵逸乐，窦诞不曾规劝，又替他掩饰，使得士民愤恨怨怒，今日的失败，是窦诞的罪过。宇文歆劝谏，齐王不改过，不久他就把情况都上奏了，是忠臣啊，怎么能杀呢！”第二天，高祖召李纲入宫，让他登上御座说：“我有了您，才没有滥用刑罚。李元吉自己作恶，不是他们两人所能禁止的。”连窦诞也一起赦免