左卫大将军、五原公元旻劝谏说：“废立太子是国家大事，诏书一旦颁行，后悔就来不及了。谗言没有穷尽，还望陛下明察。”
文帝没有回应，命令姬威把太子的罪行全部陈述出来。姬威回答说：“太子向来对臣说的话，一心只在骄奢淫逸上，还说：‘若是有劝谏我的人，就该斩杀，不杀掉百十来人，自然就没人敢再进言了。’他不停地营造楼台宫殿，一年四季都不停止。先前苏孝慈被免去左卫率一职，太子怒发冲冠、挥着胳膊说：‘大丈夫终有一天，绝不会忘记这件事，定要报仇雪恨、一泄心头之愤。’另外东宫所需的物品，尚书省大多依照法规不予供给，太子就发怒说：‘仆射以下的官员，我定会杀一两个，让他们知道怠慢我的祸患。’太子还常常说：‘父皇厌恶我有太多庶出的儿子，可高纬、陈叔宝难道都是嫡子吗！’他曾让女巫占卜吉凶，对臣说：‘父皇的忌日在开皇十八年，这个日子已经很近了。’” 文帝潸然泪下，说：“谁不是父母所生，他竟然能狠心到这个地步！朕近来翻阅《齐书》，看到高欢放纵他的儿子们为所欲为，心中忍不住满腔愤怒，我怎能效仿他的做法呢！” 于是将杨勇和他的几个儿子软禁起来，部署人手收捕他的党羽。杨素舞文弄墨、巧言诋毁，罗织罪名，构陷成案。
过了几天，有关部门秉承杨素的心意，上奏说元旻常常曲意逢迎杨勇，存心依附攀附他，在仁寿宫时，杨勇派亲信裴弘送信给元旻，信上写着 “勿令人见”。隋文帝说：“朕在仁寿宫，哪怕是再细微的事，东宫必定会知晓，比驿马传递消息还快，朕对此疑惑很久了，难道不就是这批人在暗中传递消息吗！” 于是派武士在仪仗卫队中将元旻捉拿。右卫大将军元胄当时本应下班离去，却没有走，趁机上奏说：“臣方才没有下班，就是为了防备元旻作乱啊。” 文帝便将元旻和裴弘都关进了监狱。
在此之前，杨勇看见一棵枯老的槐树，问道：“这棵树能用来做什么？” 有人回答说：“古老的槐树尤其适合用来取火。” 当时卫士都随身佩戴火燧，杨勇就下令工匠打造了几千枚火燧，打算分赐给身边的人；到这时，这些火燧在东宫库房中被搜获。另外药藏局还贮存着几斛艾草，也被搜了出来，文帝对此大为疑惑，就拿这件事询问姬威，姬威说：“太子的这一用意另有所图，陛下在仁寿宫时，太子常常饲养一千匹马，还说：‘径直去守住城门，（陛下）自然就会饿死。’” 杨素拿姬威的话去责问杨勇，杨勇不服，说：“我私下听说公家有几万匹马，我愧居太子之位，养一千匹马，难道就成了谋反吗！” 杨素又搜出东宫之中似乎有雕饰的服饰、玩物，全都陈列在朝堂之上，拿给文武百官看，当作太子的罪状。文帝和皇后接连派遣使者去责问杨勇，杨勇始终不服。
冬季，十月乙丑日，文帝派人去召杨勇，杨勇见到使者，惊慌地说：“莫不是要杀我吧？” 文帝身披铠甲、陈列军队，驾临武德殿，召集百官站在殿的东面，各位皇室宗亲站在殿的西面，将杨勇和他的几个儿子带到殿庭之中，命令内史侍郎薛道衡宣读诏书，废黜杨勇以及他那些被封为王、公主的儿女，将他们全都贬为庶人。杨勇行再拜之礼后说：“臣本应横尸闹市，作为后世的鉴戒；幸好承蒙陛下哀怜，得以保全性命！” 说完，泪水打湿了衣襟，随后又行舞蹈之礼退下，身边的人无不怜悯却又不敢出声。长宁王杨俨上表请求担任宿卫，言辞情意哀痛恳切；文帝看后心生怜悯。杨素进言说：“还望陛下的心肠能像被毒虫螫手后壮士断腕一般，不应再对他有所留意。”
己巳日，文帝下诏：“元旻、唐令则以及太子家令邹文腾、左卫率司马夏侯福、典膳监元淹、前吏部侍郎萧子宝、前主玺下士何竦，一律处斩，他们的妻妾、子孙都没收入官为奴。车骑将军榆林人阎毘、东郡公崔君绰、游骑尉沈福宝、瀛州术士章仇太翼，特免死罪，各杖责一百，本人及其妻子儿女、资产财物、田地宅邸都没收入官。副作大匠高龙叉、率更令晋文建、通直散骑侍郎元衡，全部赐死。” 于是召集百官到广阳门外，宣读诏书后将这些人处决。随后把杨勇转移到内史省关押，供给五品官标准的饮食。文帝赏赐杨素三千段丝帛，赏赐元胄、杨约各一千段丝帛，以此奖赏他们审讯杨勇的功劳。
文林郎杨孝政上书劝谏说：“皇太子是被小人所误导，应当对他加以教诲训诫，不应将他废黜。” 文帝大怒，用鞭子抽打他的胸口。
起初，云昭训的父亲云定兴，出入东宫毫无节制，屡次进献奇装异服、珍奇器物来讨好取悦杨勇；左庶子裴政屡次劝谏，杨勇都不听。裴政对云定兴说：“您