高颎率先进入建康城，高颎的儿子高德弘担任晋王杨广的记室参军，杨广派高德弘骑马赶到高颎的住所，下令让高颎留下张丽华，高颎说：“从前姜太公蒙面斩杀妲己，今日岂能留下张丽华！” 于是在青溪将张丽华斩首。高德弘返回向杨广禀报，杨广变了脸色说：“古人说‘没有恩德是不会得到回报的’，我必定会有办法报答高公的！” 从此杨广开始怨恨高颎。
丙戌日，晋王杨广进入建康城，因施文庆接受朝廷重任却不忠不诚，刻意谄媚逢迎以蒙蔽君主耳目，沈客卿加重赋税、大肆搜刮以取悦君主，二人和太市令阳慧朗、刑法监徐析、尚书都令史暨慧都是祸害百姓的奸佞之徒，于是将他们全部斩首于石阙之下，以此向三吴地区的百姓谢罪。杨广又命高颎和元帅府记室裴矩收缴陈朝的图书典籍，封存府库，对府库中的财物丝毫不取，天下人都称赞杨广，认为他贤明有德。裴矩是裴让之的侄子。
杨广因贺若弼提前决战，违背了军令，将他收押交给执法官吏处置。隋文帝派人乘驿马召回贺若弼，又下诏给杨广说：“平定江东地区，是贺若弼和韩擒虎的功劳。” 赏赐贺若弼一万段布帛；又分别赐给贺若弼和韩擒虎诏书，褒奖他们的功绩。
开府仪同三司王颁，是王僧辩的儿子。夜里，他挖开陈高祖的陵墓，焚烧墓中尸骨，将骨灰取出来投入水中喝下。随后他将自己捆绑起来，到晋王杨广面前请罪。杨广将此事上奏隋文帝，隋文帝下令赦免了他。又下诏命令，陈高祖、陈世祖、陈高宗的陵墓，总共赐给五户人家，负责分别守护。
隋文帝派遣使者将陈朝灭亡的消息告知许善心，许善心穿上丧服，在客馆西阶之下放声痛哭，又坐在草席上，面朝东方一连三天，隋文帝下敕书对他加以慰问。第二天，隋文帝下诏召许善心到宫中，任命他为通直散骑常侍，赏赐他一套衣服。许善心哭尽哀思，进入房内更换官服，然后再次出来，面朝北方站立，泪流满面，叩拜两次接受诏书；第二天许善心入朝觐见，伏在殿下哭泣，悲痛得无法起身。隋文帝环视左右侍从说：“我平定陈国，只得到了这一个人才。他既然能感念自己的旧主，也就会是我朝忠诚的臣子。” 下令让他以本官身份在门下省当值。
陈朝水军都督周罗睺和郢州刺史荀法尚镇守江夏，秦王杨俊督率三十位总管的十几万水陆大军屯驻在汉口，无法继续进军，双方相持了一个多月。陈朝荆州刺史陈慧纪派遣南康内史吕忠肃屯驻在岐亭，占据巫峡，在长江北岸的岩壁上凿孔，系上三条铁锁链，横截长江上游，以此阻挡隋朝战船，吕忠肃还拿出自己全部的私人财产来补充军用。杨素、刘仁恩率军奋勇进攻，前后交战四十多次，吕忠肃凭借险要地势奋力抵抗，隋军阵亡五千多人，陈军士兵割下阵亡隋军士兵的鼻子，回去请求军功赏赐。不久隋军屡次获胜，俘获陈军士兵后，三次将他们释放。吕忠肃最终放弃营栅逃走，杨素慢慢拆除了铁锁链；吕忠肃又占据荆门的延洲，杨素派遣一千名巴地的蜑族人，乘坐四艘五牙战船，用拍竿击碎陈军十多艘战船，于是大败陈军，俘获两千多名甲士，吕忠肃仅以身免。陈朝信州刺史顾觉屯驻在安蜀城，弃城逃走。陈慧纪屯驻在公安，将城中的储备物资全部烧毁，率军东下，至此巴陵以东地区再没有坚守的城池。陈慧纪率领三万将士、一千多艘楼船，顺江而下，想要入援建康，却被秦王杨俊率军阻挡，无法前进。这时，陈朝晋熙王陈叔文已被免去湘州刺史之职，返回建康途中抵达巴州，陈慧纪推举陈叔文为盟主。但陈叔文已经率领巴州刺史毕宝等人送信给杨俊，请求归降，杨俊派遣使者前去迎接慰劳。恰逢建康平定，晋王杨广命陈叔宝亲手写信招降长江上游的各路将领，派樊毅前往周罗睺处，派陈慧纪的儿子陈正业到陈慧纪处传达旨意。当时陈朝上流各城的守军都已放下武器，周罗睺于是和众将举行了三天的哀悼仪式，遣散士兵，然后前往杨俊处归降，陈慧纪也随之归降，长江上游地区全部平定。杨素率军顺流而下，抵达汉口，和杨俊会师。王世积在蕲口，听说陈朝已经灭亡，于是传递文书，晓谕江南各郡，江州司马黄偲弃城逃走，豫章等郡的太守都前往王世积处归降。
癸巳日，隋文帝下诏派遣使者巡视安抚陈朝各州郡。二月乙未日，废除淮南行台省。苏威上奏请求每五百家设置一名乡正，让乡正治理百姓、裁决诉讼。李德林认为：“当初废除乡官审理案件的制度，就是因为乡官和乡里百姓非亲即故，判断案件不能公平，如今让乡正专门治理五百家，恐怕造成的危害会更严重。况且在偏远的小县，有的地方户数不到五百家，难道要让两个县共管一个乡吗！” 隋文帝没有听从他的意见。丙申日，隋文帝下诏制定制度：“五百家为一乡，设置一名乡正；一百家为一里，设置一名里长。”
陈朝吴州刺史萧献深得民心，陈朝灭亡后，吴地百姓推举萧献为首领，右卫大将军、武川人宇文述率领行军总管元契、张默言等人率军讨伐。落丛公燕荣率领水军从东海赶到。陈朝永新侯陈君范从晋陵投奔萧献，二人合兵一处