起初，南徐、兖二州刺史江夏王萧宝玄娶徐孝嗣的女儿为妃，徐孝嗣被杀后，东昏侯下诏让他们离婚，萧宝玄心怀怨恨。崔慧景派使者尊奉萧宝玄为君主，萧宝玄斩杀使者，随即调发将士守城，东昏侯派马军主戚平、外监黄林夫协助镇守京口。崔慧景将要渡江时，萧宝玄暗中与他呼应，杀死司马孔矜、典签吕承绪以及戚平、黄林夫，打开城门迎接崔慧景，派长史沈佚之、咨议柳憕分别部署军队。萧宝玄乘坐八人抬的轿子，手持红色旗帜，跟随崔慧景向建康进军。朝廷派骁骑将军张佛护、直阁将军徐元称等六位将领驻守竹里，修筑几座城垒抵抗。萧宝玄派人送信给张佛护说：“我亲自回朝，你为何要苦苦阻拦？” 张佛护回复：“我蒙受国家重恩，在此设立营垒。殿下回朝，只管径直通过，我怎敢阻拦！” 于是向崔慧景的军队射箭，双方交战。崔觉、崔恭祖率领前锋，两人出身粗野却勇猛善战，又行军轻便不生火做饭，用几艘船沿长江载酒作为军粮，每当看到朝廷军队城中升起烟火，就全力进攻。朝廷军队无法做饭，因此饥饿困乏。徐元称等人商议投降，张佛护不同意。崔恭祖等人进攻城垒，攻克后斩杀张佛护。徐元称投降，其余四位军主都战死。
乙卯日，东昏侯派中领军王莹统领各路军队，在湖头修筑营垒，营垒连接蒋山西岩，部署几万全副武装的士兵。王莹是王诞的堂曾孙。崔慧景抵达查硎，竹塘人万副儿劝崔慧景说：“现在平坦的道路都被朝廷军队阻断，不能考虑从大路进军；只能从蒋山龙尾道登上山，出其不意。” 崔慧景采纳建议，分派一千多人，首尾相连沿山从西岩连夜下山，击鼓呐喊逼近城中。朝廷军队惊恐，立即溃散逃跑。东昏侯又派右卫将军左兴盛率领宫中三万军队，在北篱门抵抗崔慧景，左兴盛望风而逃。
甲子日，崔慧景进入乐游苑，崔恭祖率领十几名轻骑兵突袭北掖门，随即又退出。宫门全部关闭，崔慧景率领部众包围宫城。于是东府、石头、白下、新亭各城的守军都溃散。左兴盛逃跑，无法入宫，逃到淮河岸边的芦苇船中，被崔慧景擒杀。宫中派兵出城反击，没能取胜。崔慧景焚烧兰台府署，将其作为战场。守卫尉萧畅驻守南掖门，部署城内防务，根据情况抵抗，人心才逐渐安定。崔慧景声称奉宣德太后诏令，废黜东昏侯为吴王。
陈显达谋反时，东昏侯再次召诸王侯入宫。巴陵王萧昭胄吸取永泰年间（高武子孙被杀）的教训，与弟弟永新侯萧昭颖假装成僧人，逃往长江以西。萧昭胄是萧子良的儿子。等到崔慧景起兵，萧昭胄兄弟前去投奔。崔慧景更倾向于立萧昭胄为君，犹豫不决。
竹里之战获胜后，崔觉与崔恭祖争夺功劳，崔慧景无法决断。崔恭祖劝崔慧景用火箭焚烧北掖楼，崔慧景认为大事即将成功，日后重建会耗费大量人力物力，没有同意。崔慧景生性喜欢谈论义理，还懂佛理，停驻在法轮寺，与宾客高谈阔论，崔恭祖心中满怀怨恨。当时豫州刺史萧懿领兵驻守小岘，东昏侯派密使向他告急。萧懿正在吃饭，扔下筷子起身，率领军主胡松、李居士等几千人从采石渡过长江，驻守越城，燃起烽火，城中士兵击鼓呐喊庆祝。崔恭祖此前劝崔慧景派两千人阻断西岸军队，不让他们渡江，崔慧景认为宫城早晚会投降，外部救援自然会散去，没有同意。到这时，崔恭祖请求进攻萧懿的军队，崔慧景仍不同意，只派崔觉率领几千精锐士兵渡过南岸。萧懿的军队黎明时分进军交战，几个回合后，士兵都拼死作战，崔觉大败，跳入淮河淹死的有两千多人。崔觉单人匹马撤退，拆毁浮桥阻断淮河。崔恭祖掳获东宫的歌女舞伎，崔觉强行夺走，崔恭祖积怨更深，当天夜里，与崔慧景的猛将刘灵运到宫城投降，崔慧景的部众人心涣散。
夏季四月癸酉日，崔慧景带领几名心腹暗中逃走，想向北渡江；城北的各路军队不知情，仍在抵抗。宫中派兵出城反击，杀死几百人。萧懿的军队渡过北岸，崔慧景的残余部众都逃跑了。崔慧景包围宫城共十二天后失败，随从在路上逐渐离散，他单人匹马逃到蟹浦，被渔民斩杀，渔民把他的头颅装在泥鳅篮里，挑到建康。崔恭祖被关押在尚方署，不久后被杀。崔觉逃亡后出家为僧，被抓获后处死。
萧宝玄起初抵达建康时，在东城驻军，官民大多前去投奔。崔慧景失败后，朝廷查获朝野上下投奔萧宝玄和崔慧景的人名册，东昏侯下令烧毁，说：“江夏王尚且这样，怎能再怪罪其他人！” 萧宝玄逃亡几天后才出来。东昏侯召他进入后堂，用布帐把他裹起来，让身边几十人敲鼓吹号角，在布帐外奔驰环绕，派人对萧宝玄说：“你前不久包围我时，我也像这样。”
起初，崔慧景想结交处士何点，何点不理睬。等到崔慧景包围建康，逼迫何点前来，何点只好去他军中，整天谈论义理，不涉及军事。崔慧景失败后，东昏侯想杀何点，萧畅对茹法珍说：“何点若不是引诱叛军