等到废帝诛杀何迈后，预料沈庆之一定会入宫劝谏，就先关闭了青溪的各座桥梁，阻断他的去路。沈庆之听说后，果然前往皇宫，因无法过河而返回。废帝于是派沈庆之的堂侄、直阁将军沈攸之去赐沈庆之毒药。沈庆之不肯喝，沈攸之用被子将他闷死，当时沈庆之八十岁。沈庆之的儿子、侍中沈文叔想逃走，又担心像太宰刘义恭那样被肢解，就对弟弟中书郎沈文季说：“我能去死，你能为父亲报仇。” 于是喝下废帝赐给沈庆之的毒药而死。弟弟秘书郎沈昭明也上吊自杀。沈文季挥刀骑马逃走，追赶的人不敢逼近，他最终得以逃脱。废帝谎称沈庆之因病去世，追赠他为侍中、太尉，谥号 “忠武公”，葬礼十分隆重。
领军将军王玄谟多次流泪劝谏废帝，认为刑罚杀戮过度，废帝大怒。王玄谟是老将，威名远扬，民间谣言说他已被诛杀。蔡兴宗曾担任东阳太守，王玄谟的典签包法荣家在东阳，王玄谟派包法荣到蔡兴宗那里。蔡兴宗对包法荣说：“领军将军实在应当担忧恐惧。” 包法荣说：“领军将军近来几乎吃不下饭，夜里也睡不着，总说抓他的人已在门口，随时可能丧命。” 蔡兴宗说：“领军将军担忧恐惧，就该想办法应对，怎能坐等灾祸降临！” 于是让包法荣劝说王玄谟起兵。王玄谟让包法荣辞谢说：“这事也不容易办，我绝不会泄露您的话。”
右卫将军刘道隆，受到废帝宠信，专门掌管禁军。蔡兴宗曾和他一起跟随废帝夜间外出，刘道隆从蔡兴宗的车后经过，蔡兴宗说：“刘君！近来想找个机会和你聊聊。” 刘道隆明白他的意思，掐了掐蔡兴宗的手说：“蔡公别多说话！”
壬寅日，废帝立路氏为皇后，路皇后是太皇太后弟弟路道庆的女儿。
废帝忌惮各位叔父，担心他们在外作乱，就把他们都聚集到建康，关在宫殿里，随意殴打拖拽，毫无做人的道理。湘东王刘彧、建安王刘休仁、山阳王刘休佑都身材肥壮，废帝做了竹笼，把他们装进去称重。因刘彧最胖，称他为 “猪王”；称刘休仁为 “杀王”，刘休佑为 “贼王”。废帝因这三位亲王年纪较大，尤其厌恶他们，常把他们带在身边，不离左右。东海王刘祎性情平庸低劣，被称为 “驴王”；桂阳王刘休范、巴陵王刘休若年纪尚小，所以还能从容度日。废帝曾用木槽装饭，混合杂粮搅拌，在地上挖个坑，灌满泥水，把刘彧脱光衣服扔进坑里，让他用嘴就着木槽吃饭，以此取乐。废帝前后十几次想杀掉这三位亲王；刘休仁足智多谋，每次都用谈笑和谄媚的话讨好废帝，才得以拖延。
少府刘曚的妾怀孕即将足月，废帝把她迎进后宫，等她生下男孩，就想立为太子。刘彧曾违背废帝旨意，废帝把他脱光衣服，绑住手脚，用木杖穿起来，让人抬去交给御厨，说：“今天杀猪！” 刘休仁笑着说：“这猪还不该死。” 废帝问原因，刘休仁说：“等皇太子出生，要杀这猪取它的肝肺祭祀。” 废帝的怒气才消解，说：“暂且交给廷尉关押。” 过了一夜，就释放了刘彧。丁未日，刘曚的妾生下儿子，废帝称这孩子为 “皇子”，为此实行大赦，赐给有继承人的人家爵位一级。
废帝又因太祖（刘义隆）、世祖（刘骏）在兄弟中都排行第三，江州刺史晋安王刘子勋也排行第三，所以厌恶他。借着何迈谋反的事，派身边侍从朱景云送毒药去赐刘子勋死。朱景云到了湓口，就停下不再前进。刘子勋的典签谢道迈、主帅潘欣之、侍书褚灵嗣听说后，急忙报告长史邓琬，哭着请求对策。邓琬说：“我本是南方的寒门士人，承蒙先帝特殊恩宠，把爱子托付给我，怎能顾惜自家百口人的性命，我定当以死报效。年幼的君主昏庸残暴，国家危在旦夕，他虽名义上是天子，实际不过是独夫民贼。现在就率领文武官员，直捣京城，和各位公卿大臣一起，废黜昏君、拥立明君。” 戊申日，邓琬假称刘子勋的命令，让部下实行戒严。刘子勋穿着军装走出处理政务的厅堂，召集僚属，让潘欣之口头宣布旨意。在座的人还没回应，录事参军陶亮首先请求担任前锋，誓死效命，众人都表示服从。于是任命陶亮为咨议参军，兼任中兵参军，总管军事；功曹张沈为咨议参军，负责建造战船；南阳太守沈怀宝、岷山太守薛常宝、彭泽县令陈绍宗等人都担任将帅。起初，废帝让荆州押解前军长史、荆州行事张悦到湓口，邓琬假称刘子勋的命令，解开张悦的枷锁，用自己的车迎接他，任命他为司马。张悦是张畅的弟弟。邓琬、张悦二人共同掌管内外事务，派将军俞伯奇率领五百人驻守大雷，禁止商旅和公私使者通行。又派人到各郡征调壮丁，收集武器；十天之内，聚集了五千名士兵，出兵驻守大雷，在长江两岸修筑营垒。又任命巴东、建平二郡太守孙冲之为咨议参军，兼