秋季，七月，北魏太尉、宜都丁公穆崇去世。
八月，秃发傉檀任命兴城侯秃发文支镇守姑臧（今甘肃武威），自己返回乐都（今青海海东乐都）；他虽然接受后秦的爵位和任命，但车马服饰、礼仪规格，都和帝王一样。
甲辰日（二十一日），北魏君主拓跋珪前往豺山宫，随后前往石漠（今内蒙古乌兰察布兴和西北）。九月，穿越漠北；癸巳日（十一日），向南返回长川（今内蒙古赤峰兴和北）。
刘裕听说谯纵谋反，派龙骧将军毛修之率军，和司马荣期、文处茂、时延祖共同讨伐谯纵。毛修之抵达宕渠（今四川达州渠县）时，司马荣期被他的参军杨承祖杀害。杨承祖自称巴州刺史，毛修之退回白帝城（今重庆奉节）。
秃发傉檀向西凉请求和好，西凉公李暠答应了。沮渠蒙逊袭击酒泉（今甘肃酒泉），抵达安珍（今甘肃酒泉东）。李暠战败，据城坚守，沮渠蒙逊率军返回。
南燕公孙五楼想独揽朝政大权，向慕容超诬陷北地王慕容钟，请求诛杀他。南燕主慕容备德去世时，慕容法没有前来奔丧，慕容超派使者责备他；慕容法害怕，就和慕容钟、段宏密谋反叛。慕容超听说后，征召慕容钟，慕容钟称病不去。慕容超逮捕慕容钟的党羽侍中慕容统等人，将他们处死。征南司马卜珍告发左仆射封嵩多次和慕容法往来，怀疑有奸谋，慕容超将封嵩逮捕，关进廷尉监狱。段太后（慕容超的养母）害怕，哭着对慕容超说：“封嵩多次派黄门令牟常劝我说：‘皇上不是太后亲生的，恐怕会重演永康年间（后燕慕容宝时，慕容盛杀段速骨之事）的旧事。’我一个妇人，见识浅薄，担心被皇上杀死，就把这话告诉了慕容法。慕容法谋划叛乱，我被他误导，现在还有什么可说的呢。” 慕容超于是将封嵩车裂处死。西中郎将封融逃奔北魏。
慕容超派慕容镇攻打青州，慕容昱攻打徐州，右仆射济阳王慕容凝和韩范攻打兖州。慕容昱攻克莒城（今山东日照莒县），段宏逃奔北魏。封融和盗贼袭击石塞城（今山东青州西南），杀死镇西大将军余郁，南燕国内震动恐慌。济阳王慕容凝谋划杀死韩范，袭击广固（南燕都城，今山东潍坊青州西北），韩范得知后，率军攻打慕容凝，慕容凝逃奔梁父（今山东泰安东南）；韩范合并慕容凝的部众，攻打梁父，攻克城池。慕容法逃奔北魏，慕容凝逃奔后秦。慕容镇攻克青州，慕容钟杀死自己的妻子儿女，挖地道逃出青州，和高都公慕容始一起逃奔后秦。后秦任命慕容钟为始平太守，慕容凝为侍中。
南燕主慕容超喜欢变更旧有制度，朝廷内外大多不满；他又想恢复肉刑（砍脚、割鼻等刑罚），增设烹煮、车裂的酷刑，因众人意见不合而搁置。
冬季，十月，封孚去世。
东晋尚书省评定讨伐桓玄、复兴晋室的功劳，上奏请求封刘裕为豫章郡公，刘毅为南平郡公，何无忌为安城郡公，其余官员的封赏各有等级。
梁州刺史刘稚谋反，刘毅派将领讨伐并活捉了他。
庚申日（初五），北魏君主拓跋珪返回平城。
乙亥日（二十日），东晋任命左将军孔安国为尚书左仆射。
十一月，秃发傉檀迁都到姑臧。
乞伏乾归到后秦朝拜。
十二月，东晋任命何无忌为都督荆、江、豫三州八郡军事、江州刺史。
这一年，桓石绥和司马国璠、陈袭在胡桃山（今湖北宜昌西北）聚集部众作乱，刘毅派司马刘怀肃讨伐，击败了他们。桓石绥，是桓石生的弟弟。
晋安帝司马德宗义熙三年（丁未，公元 407 年）
春季，正月，辛丑朔日（初一）
后燕宣布大赦，改年号为建始。
后秦王姚兴因乞伏乾归势力逐渐强大，难以控制，将他留在长安担任主客尚书，任命他的世子乞伏炽磐代理西夷校尉，监管他的部众。
二月，己酉日（初九），刘裕抵达建康，坚决推辞刚被授予的官职，甚至想前往廷尉（自请治罪）；朝廷下诏依从他的请求，刘裕才返回丹徒（今江苏镇江丹徒）。
北魏君主拓跋珪立儿子拓跋修为河间王，拓跋处文为长乐王，拓跋连为广平王，拓跋黎为京兆王。
殷仲文一向有才名声望，自认为应当掌管朝政，却因不得志而闷闷不乐；后来出任东阳太守（今浙江金华），更加不高兴。何无忌一向仰慕他的名声，东阳郡属于何无忌的管辖范围，殷仲文答应顺路去拜访何无忌，何无忌很高兴，恭敬地等候他。但殷仲文因失意而精神恍惚，最终没有去何无忌的府第；何无忌认为殷仲文轻视自己，大怒。恰逢南燕入侵，何无忌对刘裕说：“桓胤、殷仲文是我们的心腹之患，北方的敌人不值得担忧。” 闰二月，刘裕府中的将领骆冰谋划作乱，事情败露，刘裕将他斩首。趁机声称骆冰和殷仲文、桓石松、曹靖之、卞承之、刘延祖暗中勾结，谋划拥立桓胤