北青州刺史刘该谋反，勾结北魏作为援军，清河、阳平二郡太守孙全聚集部众响应他。六月，北魏豫州刺史索度真、大将斛斯兰侵犯徐州，包围彭城（今江苏徐州）。刘裕派弟弟南彭城内史刘道怜、东海太守孟龙符率军救援，斩杀刘该和孙全，北魏军队战败逃走。孟龙符，是孟怀玉的弟弟。
后秦陇西公姚硕德讨伐仇池（今甘肃陇南成县一带），多次击败杨盛的军队；将军敛俱进攻汉中，攻克成固（今陕西汉中城固），把三千多户流民迁徙到关中。秋季，七月，杨盛向后秦投降。后秦任命杨盛为都督益、宁二州诸军事、征南大将军、益州牧。
刘裕派使者向后秦求和，并且请求归还南乡（今河南南阳淅川）等郡，后秦王姚兴答应了。群臣都认为不应该答应，姚兴说：“天下的善行都是一样的。刘裕从低微出身崛起，能讨伐诛杀桓玄，复兴晋朝，对内整顿政务，对外整治边疆，我何必吝啬几个郡，不让他成就美名呢！” 于是割让南乡、顺阳（今河南南阳淅川东南）、新野（今河南南阳新野）、舞阴（今河南驻马店泌阳西北）等十二个郡，归还给晋朝。
八月
后燕辽西太守邵颜有罪，逃亡成为盗贼；九月，中常侍郭仲讨伐并斩杀了他。
汝水（今河南境内淮河支流）干涸，南燕主慕容备德对此感到厌恶，不久就生病卧床。北海王慕容超请求祈祷祭祀汝水，慕容备德说：“君主的寿命长短由上天决定，不是汝水能控制的。” 慕容超坚持请求，慕容备德还是不允许。
戊午日（十月初一），慕容备德在东阳殿召见群臣，商议立慕容超为太子。不久发生地震，百官惊恐，慕容备德也感到不安，返回后宫。当天夜里，慕容备德病情加重，双目紧闭，不能说话。段皇后大声说：“现在召中书省官员写诏书，立慕容超为太子，可以吗？” 慕容备德睁开眼睛，点头同意。于是立慕容超为皇太子，宣布大赦，慕容备德不久后去世。宫中制作了十几具棺材，夜里，分别从四个城门运出，秘密埋葬在山谷中。
己未日（初二），慕容超即位为南燕皇帝，宣布大赦，改年号为太上。尊奉段皇后为皇太后。任命北地王慕容钟为都督中外诸军事、录尚书事，慕容法为征南大将军、都督徐、兖、扬、南兖四州诸军事，加授慕容镇开府仪同三司，任命尚书令封孚为太尉，麹仲为司空，封嵩为尚书左仆射。癸亥日（初六），慕容超将慕容备德虚葬在东阳陵，追谥为献武皇帝，庙号世宗。
慕容超提拔亲信公孙五楼为心腹。慕容备德过去的大臣北地王慕容钟、段宏等人都感到不安，请求到外地任职。慕容超任命慕容钟为青州牧，段宏为徐州刺史；任命公孙五楼为武卫将军，兼任屯骑校尉，参与朝廷政事。封孚劝谏说：“臣听说‘亲信不应安置在外地，外臣不应留在朝中’。慕容钟是国家的宗室重臣，国家社稷依赖他；段宏是外戚，有声望，百姓都敬重他。他们正应该辅佐朝政，不应派往外地镇守。如今慕容钟等人出守藩镇，公孙五楼留在朝中辅政，臣私下感到不安。” 慕容超不听。慕容钟、段宏内心都愤愤不平，互相说：“黄狗的皮，恐怕最终要用来补狐狸的皮衣（比喻良才被庸人取代）啊！” 公孙五楼听说后，对他们心怀怨恨。
魏咏之去世，江陵县令罗修谋划起兵袭击江陵，拥戴王慧龙为主。刘裕任命并州刺史刘道规为都督荆、宁等六州诸军事、荆州刺史。罗修没能起兵，就侍奉王慧龙逃往后秦。
乞伏乾归讨伐仇池，被杨盛击败。西凉公李暠和长史张邈谋划迁都酒泉（今甘肃酒泉），以便逼近沮渠蒙逊；任命张体顶为建康太守，镇守乐涫（今甘肃酒泉高台西南），任命宋繇为敦煌护军，和儿子敦煌太守李让一起镇守敦煌，随后迁都酒泉。
秃发傉檀亲手写下训令，告诫几个儿子，说：“从政的人应当谨慎赏罚，不要凭个人爱憎行事；亲近忠诚正直的人，疏远谄媚奸邪的人；不要让身边的人私下玩弄权势。对别人的诋毁或赞誉，应当仔细核查真假；审理案件时，一定要和颜悦色，依据情理判断，千万不要预先猜疑别人有诈、主观臆断，轻易表现出严厉的神色。一定要广泛咨询意见，不要独断专行。我执政五年，虽然没能让百姓安居乐业，但能包容别人的过错，过去是仇敌，后来成为心腹，对新臣旧属大致没有辜负；处理事务公平，胸怀坦荡，没有偏袒，始终没有私心，也没有对谁格外优待或苛刻。从眼前看，似乎还有不足；从长远看，却是有余的，这样做，大概也无愧于前人了。”
十二月
后燕王慕容熙袭击契丹。
晋安帝义熙二年（丙午，公元 406 年）
春季，正月，甲申日（初八）
北魏君主拓跋珪前往豺山宫。朝廷规定各州设置三名刺史，各郡设置三名太守，各县设置三名令长；刺史、令