庚戌（十六日），尊奉褚太后为崇德太后。
当初，殷浩去世时，大司马桓温派人送信去吊唁。殷浩的儿子殷涓既不回信，也不到桓温那里去，却与武陵王司马曦交游。广州刺史庾蕴，是庾希的弟弟，一向与桓温有隔阂。桓温厌恶殷氏、庾氏宗族强大，想除掉他们。辛亥（十七日），派他的弟弟桓秘逼迫新蔡王司马晃到西堂叩头自述，声称与司马曦及其儿子司马综、着作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庾柔等人阴谋反叛；皇帝面对他流下了眼泪，桓温将这些人全部逮捕交付廷尉治罪。庾倩、庾柔都是庾蕴的弟弟。癸丑（十九日），桓温杀掉了东海王的三个儿子和他们的母亲。甲寅（二十日），御史中丞、谯王司马恬秉承桓温的旨意，请求依据法律诛杀武陵王司马曦。皇帝下诏说：“悲痛惋惜，惶恐不安，不忍心听闻，更何况是说出口呢！再仔细商议吧！”司马恬是司马承的孙子。乙卯（二十一日），桓温再次上表，坚决请求诛杀司马曦，言辞非常激烈切直。皇帝于是赐予桓温亲手写的诏书说：“如果晋朝的国运绵长，明公就应当奉行先前（不杀司马曦）的诏令；如果晋朝的大运已去，请让我退位让贤。”桓温看了之后，汗流浃背，脸色大变，于是上奏废黜司马曦及其三个儿子，将其家人全部迁徙到新安郡。丙辰（二十二日），免去新蔡王司马晃的爵位，贬为庶人，迁徙到衡阳；殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔都被灭族，庾蕴服毒而死。庾蕴的哥哥东阳太守庾友的儿媳，是桓豁的女儿，所以桓温特别赦免了她。庾希听到这场灾祸，与弟弟会稽王参军庾邈以及儿子庾攸之逃到了海陵的湖泽中。桓温诛杀了殷氏、庾氏后，威势显赫至极，侍中谢安见到桓温远远地就行叩拜礼。桓温吃惊地说：“安石（谢安字），你为什么要这样？”谢安说：“没有君王（指向您行礼）在前，臣子（指我）却只是作揖在后的道理。”
戊午（二十四日），东晋实行大赦，为文武官员增加二等爵位。
己未（二十五日），桓温前往白石，上书请求返回姑孰。庚申（二十六日），皇帝下诏晋升桓温为丞相，大司马职务依旧，留在京师辅佐朝政；桓温坚决推辞，仍请求返回镇守地。辛酉（二十七日），桓温从白石返回姑孰。
前秦王苻坚听说桓温废立皇帝的事情，对群臣说：“桓温此前败于灞上，后来败于枋头，不能反思过错、自我贬责以向百姓谢罪，反而还废黜君主以自我辩解，六十岁的老头，举动如此，将如何自容于天下呢！谚语说：‘对妻子愤怒却给父亲脸色看。’大概说的就是桓温吧。”
前秦车骑大将军王猛，考虑到都督六州（任务）责任重大，向前秦王苻坚进言，请求改授给皇室亲贤；至于自己负责的州郡官员选拔事宜，请求停止，只乞求治理一个州以效力。苻坚回复说：“朕和爱卿，从道义上是君臣，亲密却超过骨肉，即使像齐桓公有管仲、燕昭公有乐毅、刘备有孔明，朕自认为也超过了他们。君主寻求人才时劳累，得到贤士后就安逸了。既然把六州委托给你，朕就没有了东顾之忧，这不是用来优待尊崇你，而是朕让自己安逸的办法。打天下不容易，守天下也难，如果任用的不是合适的人，祸患会出于意料之外，这岂止是朕的忧虑，也是你的责任啊，所以我才空着朝廷宰相的位置而将先前的分陕（治理一方）重任交给你。爱卿未能理解朕的心意，很违背朕平素的期望。新的政事需要人才，应该尽快选拔补缺；等到东方教化融洽，当你穿着衮衣（宰相之服）西归（回朝）之时。”仍然派遣侍中梁谠到邺城传达旨意，王猛于是像过去一样处理政事。
十二月，大司马桓温上奏说：“被废黜放逐的人，应该把他屏蔽到远地，不能让他接近百姓。东海王应该依照汉代昌邑王被废后的先例，在吴郡修建宅第。”太后下诏说：“让他成为庶人，于心不忍，可以特别封他为王。”桓温又上奏说：“可以封为海西县侯。”庚寅（二十六日），封（司马奕）为海西县公。
桓温的威势震动朝廷内外，皇帝虽然身处尊位，也只是拱手沉默而已，常常害怕被废黜。在此之前，火星停留在太微星的端门区域，一个多月后海西公被废。辛卯（二十七日），火星逆行进入太微区域，皇帝非常厌恶这件事。中书侍郎郗超在宫中值班，皇帝对郗超说：“命运的长短，本来就不计较，所以应该不会再发生最近（废立）这种事了吧？”郗超