当天，少帝回到宫中，大赦天下，改年号光熹为昭宁。传国玉玺丢失，其他玉玺都找到了。任命丁原为执金吾。骑都尉鲍信从泰山郡募兵刚回来，劝袁绍说：“董卓拥强兵，将有异心，现在不早图谋，必被他所制；趁他刚到，军队疲劳，袭击他，可以生擒！”袁绍畏惧董卓，不敢行动。鲍信于是率兵返回泰山。
董卓掌权：
董卓初入洛阳时，步兵骑兵不过三千人，自己嫌兵力少，担心不被远近慑服，便每隔四五天就趁夜色将军队悄悄派出军营，第二天早上，再大张旗鼓地回来，让人以为凉州兵马又来了，洛阳城中无人知晓。不久，何进及其弟弟何苗的部队都归附了董卓，董卓又暗中指使丁原的部将、五原人吕布杀死丁原吞并了他的部众，董卓的兵力因此非常强盛。
于是暗示朝廷，以久雨不晴为由，下诏罢免司空刘弘，由董卓自己接任。
当初，蔡邕被流放朔方，遇到赦免得以返回。五原太守王智，是王甫的弟弟，上奏指控蔡邕诽谤朝廷；蔡邕于是逃亡江湖，流亡十二年。董卓听说他的名声而征召他，蔡邕称病不去。董卓怒骂道：“我能灭人全族！”蔡邕恐惧，只得应召。到京后，被任命为祭酒，很受敬重，考绩评为优等，三天之内，历任三台（指官职连升），升迁为侍中。
董卓议废立与袁绍出走：
董卓对袁绍说：“天下之主，应该选择贤明的人。每每想到灵帝，就令人愤恨不已！董侯（刘协）似乎可以，现在我想立他为帝，不知他能否胜过史侯（刘辩）？人有时小聪明大糊涂，也不知他究竟如何？姑且这样吧。刘氏的后代不值得再保留了！”袁绍说：“汉家君临天下四百多年，恩泽深厚，万民拥戴。如今皇上年纪尚轻，并无过失传布天下。您想废嫡立庶，恐怕众人不会听从您的意见。”董卓手按佩剑呵斥袁绍：“小子你竟敢如此！天下之事，岂不在我！我想做什么，谁敢不从！你以为董卓的刀不锋利吗！”袁绍勃然大怒道：“天下英雄，岂止你董公一人！”拔出佩刀，横握在手，作揖而出。董卓因刚到洛阳，见袁绍是世家大族，所以不敢加害。袁绍将符节悬挂在上东门，逃奔冀州。
董卓废少帝立献帝：
九月，癸酉日： 董卓召集百官，昂首大声说：“皇帝（刘辩）昏庸懦弱，不能供奉宗庙，做天下之主。现在我想依照伊尹、霍光旧例，改立陈留王为帝，怎么样？”公卿以下都惶恐不安，无人敢回答。董卓又高声说：“从前霍光定策废立，延年（田延年）按剑（威慑群臣）。有敢阻挠大计的，都按军法处置！”在座的人无不震动，只有尚书卢植说：“从前太甲即位后昏庸不明，昌邑王（刘贺）罪过千余条，所以有废立之事。如今皇上年纪尚轻，行为没有过失，不能和前事相比。”董卓大怒，中止会议。准备杀卢植，蔡邕为他求情，议郎彭伯也劝董卓说：“卢尚书是海内大儒，众望所归。现在先害他，天下震惊恐惧。”董卓这才作罢，只免去卢植官职。卢植于是逃到上谷郡隐居。董卓将废立计划告知太傅袁隗，袁隗表示同意。
甲戌日： 董卓又在崇德前殿召集百官，胁迫何太后下诏废黜少帝刘辩，诏书说：“皇帝（刘辩）在先帝丧期，没有孝子之心，威仪不像君主，现废为弘农王，立陈留王刘协为皇帝。”袁隗解下少帝的玺绶，奉给陈留王刘协，扶弘农王刘辩下殿，向北称臣。何太后哽咽流泪，群臣悲愤，无人敢言。
董卓又提议：“何太后曾逼迫孝仁董太后（灵帝生母）迁居永乐宫，致使她忧虑而死，违背了婆媳之礼。”于是将何太后迁到永安宫。
大赦天下，改年号昭宁为永汉。
丙子日： 董卓用毒酒毒死何太后。公卿以下官员不穿丧服，参加葬礼时，只穿素服而已。
董卓又挖开何苗的棺材，取出尸体，肢解砍断，丢弃在道旁，杀死何苗的母亲舞阳君，将尸体抛在御苑枳棘篱笆中。
诏令征召公卿以下官员的子弟为郎官（宫廷侍卫），以补充宦官留下的职位，在殿上侍奉。
乙酉日： 任命太尉刘虞为大司马，封襄贲侯。董卓自任太尉，兼前将军职务，加赐符节、斧钺、虎贲卫士，改封郿侯。
丙戌日： 任命太中大夫杨彪为司空。
甲午日： 任命豫州牧黄琬为司徒。
董卓追理党人： 董卓率领三公等大臣上书，为陈蕃、窦武及党人平反，恢复他们的爵位，派使者去吊唁祭祀，