清河王刘庆这才敢请求为母亲宋贵人（被窦太后陷害致死）上坟祭祀，和帝允许了，下诏命太官（掌管御膳）四季供应祭祀用品。刘庆流泪说：“母亲生前虽未能得到供养，最终能够为她祭祀，我的心愿满足了！”他想请求为母亲修建祠堂，又怕有与梁恭怀皇后相比的嫌疑，于是不敢提，常常对左右侍从哭泣，认为这是终身的遗憾。后来上书说：“外祖母王老夫人年老，请求到洛阳治病。”于是和帝下诏命宋氏家族全部返回京城，任命刘庆的舅舅宋衍、宋俊、宋盖、宋暹等都为郎官。
十一月癸卯日，任命光禄勋、河南人吕盖为司徒。
十二月丙寅日，司空张奋被罢免。十二月壬申日，任命太仆韩棱为司空。
西域都护、定远侯班超派遣属官甘英出使大秦（罗马帝国）、条支（今伊拉克境内），一直抵达西海（地中海或波斯湾），这些都是前代所未到的地方，甘英详尽记录了当地的风土人情，带回了珍奇物品的资料。他到达安息国（帕提亚帝国）西部边界，面临大海（波斯湾），想渡海西行，船夫告诉甘英说：“海水广阔，来往的人遇到顺风，三个月才能渡过；如果遇到逆风，也有两年才能渡过的。所以入海的人都携带三年的粮食。海上容易使人思念故土，常有人死亡。”甘英于是作罢。
永元十年（戊戌，公元98年）
夏季，五月，京城洛阳发生大水。
秋季，七月己巳日，司空韩棱去世。八月丙子日，任命太常、泰山人巢堪为司空。
冬季，十月，五个州雨水成灾。
代理征西将军刘尚、越骑校尉赵世因畏惧怯懦被召回，下狱，免官。谒者王信接管刘尚的部队驻扎枹罕，谒者耿谭接管赵世的部队驻扎白石（今甘肃临夏西南）。耿谭于是悬赏招抚，羌人各部落有很多人前来归附。迷唐恐惧，便请求投降。王信、耿谭便接受投降罢兵。十二月，迷唐等率领本族人到京城洛阳朝见进贡。
十二月戊寅日，梁节王刘畅去世。当初，居巢侯刘般（光武帝族兄）去世，其子刘恺应当继承爵位，但他声称遵从父亲遗愿，将爵位让给弟弟刘宪，自己逃走了很久。有关官员奏请撤销刘恺的封国。章帝赞美他的道义，特别优待宽恕他，刘恺仍不肯露面。过了十多年，有关官员再次奏请此事，侍中贾逵上书说：“孔子说‘能够用礼让治国，治国还有什么困难呢？’有关官员不推究刘恺乐于为善的本心，而依照平常的法则处理此事，恐怕不能助长谦让的风气，成就宽宏的教化。”和帝采纳了他的意见，下诏说：“王法推崇善举，成人之美，允许刘宪继承爵位。这是特殊情况的权宜处理，以后不得以此为例。”于是征召刘恺，任命他为郎官。
南单于师子去世，单于长的儿子檀即位，称为万氏尸逐鞮单于。
永元十一年（己亥，公元99年）
夏季，四月丙寅日，大赦天下。
和帝趁朝会之机，召见儒家学者，让中大夫鲁丕与侍中贾逵、尚书令黄香等人就经学上的几个问题互相辩难。和帝赞赏鲁丕的学说，散朝后，特别赏赐他衣冠。鲁丕于是上书说：“臣听说解释经书的人，是传述先师的言论，并非出于己见，不能互相退让；互相退让就会使道义不明，如同圆规、方矩、秤锤、秤杆不能改变一样。提出疑问的人必须阐明根据，解答问题的人务必申明义理，浮华无用的言辞，不能在面前陈述，因此精神专注思考而不劳累，道理术业愈发彰显。对经义理解不同的人，应让他们各自阐述师承的学说，广泛观察他们的义理，不要让见识短浅的人因言论而获罪，使深远的见解独有遗漏。”
永元十二年（庚子，公元100年）
夏季，四月戊辰日，秭归县（今湖北秭归）发生山崩。
秋季，七月初一（辛亥朔），发生日食。
九月戊午日，太尉张酺被罢免。九月丙寅日，任命大司农张禹为太尉。
烧当羌首领迷唐入京朝见后，他的余部人口不足二千，饥困无法自立，迁入金城郡居住。和帝命令迷唐率领部众返回大、小榆谷；迷唐认为汉朝在黄河上造了桥（指贯友所造河桥），军队随时可来，故地不能再居住，以部众饥饿为借口，不肯远行。护羌校尉吴祉等人赐给迷唐很多金银布帛，让他购买谷物牲畜。催促他出塞，羌人部众反而更加猜疑惊恐。这一年，迷唐再次反叛，胁迫湟中地区各胡人部落，掠夺而去。王信、耿谭、吴祉都因此获罪被召回。
永元十三年（辛丑，公元101年）
秋季，八月己亥日，北宫盛馔门（宫门名）发生火灾。
迷唐又回到赐支河曲，率兵逼近边塞。护羌校尉周鲔与金城太守侯霸及各郡军队、属国的羌兵、胡兵共三万人出塞，到达允川（今青海贵德西）。侯霸击败迷唐，羌人部众瓦解，投降的有六千多人，被分别迁徙到汉阳郡、安定郡、陇西郡。迷唐从此衰弱，远渡赐支河源头（今青海玛多一带），依附发羌人居住。过了很久，迷唐病死