刘恭知道赤眉政权必定失败，秘密教弟弟刘盆子交还皇帝玺绶，练习说辞让的话。等到正月初一大会群臣时，刘恭首先说：“各位共同拥立我的弟弟为帝，恩德确实深厚！即位将近一年，天下混乱日益严重，实在不足以成就大事，恐怕死了也无益于事，希望能让他退位做一个平民，再另求贤德智慧的人，请各位仔细考虑！”樊崇等道歉说：“这都是我们的过失。”刘恭再次坚决请求，有人说：“这难道是式侯（刘恭）你的事吗？”刘恭惶恐起身离去。刘盆子于是下床解下玺绶，叩头说：“如今设置了天子却仍然像贼寇一样行事，四方怨恨，不再信任归向，这都是因为拥立了不适当的人所致。希望让我保全性命，给贤圣让路！如果一定要杀我来推卸责任，我也无法逃避一死！”于是痛哭流涕。樊崇等及参加大会的数百人，无不哀怜他，于是都离开座位叩头说：“臣等无状，辜负了陛下，从今以后，不敢再放纵了！”于是一同抱起刘盆子，给他佩上玺绶；刘盆子哭喊，不得已。散会出宫后，将领们各自紧闭营门自守。三辅地区一致称颂天子聪明，百姓争相返回长安，街市里巷又拥挤起来。但二十多天后，赤眉军将士又跑出营门，照旧大肆抢掠。
刁子都被他的部曲杀害，余党与各路贼寇在檀乡会合，号称檀乡贼，侵扰魏郡、清河郡。魏郡大吏李熊的弟弟李陆图谋反叛，迎接檀乡贼入城，有人将此事报告了魏郡太守颍川人铫期。铫期召见李熊质问，李熊叩头认罪，表示愿和老母亲一同赴死。铫期说：“如果当官还不如当贼快乐，你可以和老母亲一起去投奔李陆！”派官吏送他出城。李熊出城，找到李陆，准备带他到邺城西门；李陆不胜惭愧感激，自杀以向铫期谢罪。铫期叹息，按礼仪安葬了他，恢复了李熊的官职。于是魏郡的人都敬服铫期的威信。光武帝派吴汉率领王梁等九位将军在邺城东的漳水河畔进击檀乡贼，大败贼军，十余万人全部投降。又派王梁和大将军杜茂率军安抚魏郡、清河郡、东郡，扫平各处营堡，三郡变得清平安静，边境道路畅通无阻。
庚辰（十七日）， 光武帝封所有功臣为列侯；梁侯邓禹、广平侯吴汉都享有四个县的食邑。博士丁恭提出异议说：“古时分封诸侯不过百里之地，强干弱枝，这是治国之道。现在分封四个县，不符合古代制度。”光武帝说：“古时候亡国都是因为无道，未曾听说因功臣封地多而灭亡的。”阴乡侯阴识，是贵人阴丽华的哥哥，因军功应当增加封邑，阴识叩头辞让说：“天下刚刚平定，将帅中有功劳的人很多，我作为后宫的亲属，仍然增加爵位食邑，无法昭示天下。这样做是为了外戚受赏，而让将士们计较功劳。”光武帝听从了他的意见。光武帝让将领们各自说出所向往的封地，众人都指出富庶的县份；只有河南太守颍川人丁綝请求封在自己的故乡。有人问他原因，丁綝说：“我能力微薄，功劳又小，能封为乡亭侯就很优厚了！”光武帝满足了他的愿望，封他为新安乡侯。光武帝命郎中魏郡人冯勤主持分封诸侯事宜。冯勤衡量功劳大小轻重，国土远近，土地肥沃贫瘠，使受封者等级有序，没有人不满意不服气。光武帝认为他有才能，尚书省的事务都让他总揽。按旧例：尚书郎由尚书令史按年资递补，光武帝开始用孝廉担任尚书郎。
在洛阳建立高帝（刘邦）祭庙，四季合祭汉高祖、太宗（文帝）、世宗（武帝）；在宗庙右边建立社稷坛；在城南设立郊祀天地的场所。
长安城中粮食耗尽，赤眉军收拾装载金银财宝，纵火焚烧宫室、街市里巷，肆意烧杀抢掠，长安城中再也没有行人；于是率军西行，号称百万大军，从南山起辗转掠夺城邑，进入安定、北地二郡。邓禹率军向南到达长安，驻军昆明池，拜谒祭祀高帝祭庙，收集西汉十一位皇帝的神主牌位，送往洛阳；并巡视西汉诸帝陵园，设置官兵守护。
真定王刘杨制造谶语说：“赤九之后，瘿杨为主。”（赤帝九世之后，有瘿瘤的人为主）。刘杨脖子上有瘿瘤，想以此迷惑民众；并与绵曼县的盗贼勾结。光武帝派遣骑都尉陈副、游击将军邓隆征召他，刘杨紧闭城门不让他们进城。光武帝又派前将军耿纯持符节巡视幽州、冀州，沿途慰劳王侯，并密令他逮捕刘杨。耿纯到达真定，住在驿站，邀请刘杨见面。耿纯的母亲是真定宗室之女，所以刘杨对他不疑心，而且仗着自己人多势众，而耿纯神态安详，便带着随从官员前去见耿纯；刘杨的兄弟则带着轻装士兵在门外等候。刘杨进门，见到耿纯，耿纯以礼相待，乘机邀请他的兄弟们都进来，然后关闭房门，将他们全部诛杀，随即率兵而出。真定全城震惊恐怖，无人敢轻举妄动。光武帝怜悯刘杨的阴谋尚未发动就被诛杀，又封他的儿子为真定王。
二月，己酉（十六日）， 光武帝到达修武县。
鲍永、冯衍确知更始帝已死，才发布丧讯，放出储大伯等人，封存好印绶，遣散全部军队，用布巾包头（平民装束）到河内郡投降。光武帝召见鲍永，问：“你的部队在哪里？”鲍永离开座位叩头说：“我效忠更始帝，却不能保全他，实在惭愧，所以不敢率部众来求取富贵，已经全部遣散了。”