赵高构陷李斯：? 赵高听说李斯对这种情况有不满言论，就去见丞相李斯说：“函谷关以东盗贼纷起，如今皇上却加紧征发劳役修建阿房宫，收集些狗马等无用的玩物。我想劝谏，但因为地位低贱（说不上话），这实在是您丞相份内的事啊。您为什么不劝谏呢？”李斯说：“确实如此，我想进言已经很久了。可现在皇上不坐朝听政，常居深宫。我想说的话，很难传达进去；想求见，又没有机会。”赵高说：“您真要劝谏的话，请允许我替您留意，等皇上有空闲时通知您。”于是赵高等秦二世正在饮宴娱乐，美女在跟前侍候时，派人告诉丞相：“皇上正有空闲，可以来奏事了。”李斯就到宫门求见。这种情况一连发生了好几次。秦二世发怒说：“我平常有很多空闲日子，丞相不来；每当我私人宴乐休息时，丞相就来请示汇报！丞相是瞧不起我呢？还是有意为难我？”赵高趁机说：“当初沙丘（始皇死地）的密谋，丞相参与了。如今陛下已即位为皇帝，而丞相的地位却没有提高，他的心意也是想要割地称王啊！况且陛下不问我，我也不敢说。丞相的长子李由担任三川郡守，楚地的盗贼陈胜等人都是丞相家乡邻县的人，因此这些盗贼才敢公然横行。他们经过三川城时，郡守李由只是守城不肯出击。我听说他们之间有书信往来，（详情）还未查清，所以没敢向陛下报告。更何况丞相在朝廷外，权力比陛下还要大呢！”秦二世认为赵高说得对，想查办李斯，又担心情况不实，于是先派人去调查核实李由与盗贼勾结的情况。
李斯反击：? 李斯听说后，就上书揭发赵高的短处说：“赵高独揽大权，掌握着赏罚大权，权势与陛下无异。从前齐国田常做齐简公的相国，窃取了国君的恩德威势，对下获得百姓拥护，对上得到群臣支持，最终弑杀了齐简公并夺取了齐国，这是天下人都知道的。如今赵高有邪恶放纵的心意，危险谋反的行为，他私家的财富堪比当年田氏在齐国的财富，而且他又贪得无厌，追逐私利永不止息。他的权势地位仅次于君主，野心却永无止境，劫掠陛下的威信，他的野心就像韩玘（韩王安时的权臣）做韩王安的相国一样。陛下不防备，我担心他一定会发动叛乱。”秦二世说：“这说的什么话！赵高原本是个宦官，但他从不因为处境安逸就放纵欲望，也不因为处境危险就改变忠心。他廉洁向善，靠自己的努力才有今天的地位。他因忠诚得到提拔，因诚信保住官位，我实在认为他是个贤才。而您却怀疑他，为什么呢？再说，我不信赖赵高，又该信赖谁呢！况且赵高为人精明廉洁，强干有力，对下能体察人情，对上能顺合我的心意，您就不要怀疑他了！”秦二世一向宠爱信任赵高，担心李斯会杀掉赵高，就私下把李斯的话告诉了赵高。赵高说：“丞相所忌惮的只有我赵高一人，我如果死了，丞相马上就会干出田常篡齐那样的事。”
李斯下狱：? 此时，盗贼越来越多，而朝廷不停地征发关中士兵向东攻打盗贼。右丞相冯去疾、左丞相李斯、将军冯劫进谏说：“关东群盗纷纷起事，朝廷派兵前往征讨，杀了很多盗贼，但仍然不能止息。盗贼之所以多，全是因为戍守、漕运、转输、劳役等负担太苦，赋税太重了。恳请暂时停止阿房宫的修建，减少四方边境的戍守和物资转运。”秦二世说：“大凡之所以尊贵到拥有天下的原因，就在于能够为所欲为，极尽享乐，君主重在严明法令，臣下就不敢为非作歹，凭此就可以控制天下了。那虞、夏的君主，贵为天子，却亲身处于穷苦的境地为百姓献身，这还有什么值得效法的呢！况且先帝（秦始皇）从诸侯起家，兼并天下，天下已经安定，对外抵御四方蛮夷以安定边境，对内修建宫室以彰显功业得意，你们也都看到了先帝的功业有了良好的开端。如今朕即位才两年，群盗并起，你们不能禁止，又想废弃先帝所要做的事情，这样上不能报答先帝，下不能为朕尽忠效力，凭什么还占着官位呢！”于是下令将冯去疾、李斯、冯劫交给狱吏，查办他们的其他罪过。冯去疾、冯劫自杀，只有李斯被关进监狱。二世将李斯交给赵高审讯，责令赵高查究李斯与儿子李由谋反的罪状，将其家属、宗族和宾客全都逮捕收监。赵高审讯李斯，严刑拷打一千多下，李斯忍受不住痛苦，只好含冤认罪（自诬服）。
李斯狱中上书：? 李斯之所以不自杀，是因为他自负有辩才，有功劳，确实没有谋反之心，想上书为自己辩解，希望二世能醒悟而赦免他。于是他在监狱中上书说：“我担任丞相治理百姓，已有三十多年了。当初秦国疆土狭小，不过千里，士兵只有几十万。我竭尽自己微薄的才能，暗中派遣谋臣，资助他们金银珠玉，让他们去游说诸侯；暗中整备武装，整顿政治教化，任命英勇善战的人为官，尊崇有功之臣；因此终于得以胁迫韩国，削弱魏国，攻破燕、赵，夷平齐、楚，最终兼并六国，俘虏了他们的君王，拥立秦王为天子。又在北方驱逐胡人、貉人，在南方平定百越，以显示秦国的强大。还改革文字制度，统一度量