首当其冲的便是流民安置。此前为躲避突厥与回纥劫掠，庆阳周边村落有近千户百姓逃至城内，如今虽局势安定，不少人却因房屋被毁、耕地荒芜，迟迟不敢返乡。林砚带着知府与乡绅代表走遍城郊村落，只见断壁残垣间，枯黄的麦秆倒伏在地，几口深井被乱石填埋，显然已无法直接居住。
“先搭临时安置棚，再分三步推进重建。” 林砚蹲在一片被烧毁的农舍前，指尖拂过焦黑的木梁，“第一步，由官府拨付粮食与农具，组织流民修缮房屋、清理耕地，每户额外补贴五两银子购置种子；第二步，派经纬书院的农学学子前来，指导百姓种植耐旱的番薯与荞麦，确保秋收有粮；第三步，在各村设立‘乡卫所’，挑选年轻流民组成护卫队，由庆阳驻军派教官训练，既能保护村落，又能为军队储备后备力量。”
乡绅们起初对出资相助颇有顾虑，林砚却拿出西域商路的通商许可：“诸位若愿捐粮捐银，待‘西域 - 欧洲’商路完全畅通，朝廷可优先授予你们西域贸易的专营权，届时的收益，远非今日捐助可比。” 这番话打动了乡绅，短短三日，便募集到粮食三千石、白银两万两，流民安置工作迅速推进。
民生刚有起色，吏治整顿便提上日程。林砚翻阅庆阳官员名册时发现，有近半数官员存在 “虚报赋税”“克扣赈灾粮” 的问题，尤其是负责边境军需的参军王奎，竟私吞了三成军饷，导致部分士兵冬日仍无棉衣可穿。
“先查后罚，以儆效尤。” 林砚下令成立 “吏治核查组”，由京城派来的御史牵头，逐一核查官员账目。王奎得知消息后，试图以重金贿赂核查人员，却被当场抓获。在庆阳府衙的公审大会上，林砚将王奎私吞的军饷与棉衣当众返还士兵，厉声宣布：“凡贪赃枉法者，无论官职高低，一律严惩！今后庆阳官员需每月公示账目，接受百姓监督，若有违者，绝不姑息！”
公审结束后，林砚又从京城调派十名清廉官员，补充到庆阳各关键岗位，同时推行 “官员考核制”—— 以流民安置成效、赋税收缴情况、百姓满意度为考核标准，考核优秀者可优先晋升，不合格者则降职或罢免。此举让庆阳官场风气为之一振，官员们一改往日懒散推诿的作风，纷纷主动下乡处理民生事务。
吏治与民生逐步步入正轨，军队整改成为重中之重。林砚与庆阳驻军将领一同巡查军营时，发现不少问题：士兵训练松散，部分新型连发弩因保养不当无法使用，骑兵的战马也因饲料不足显得瘦弱。“若以这般状态应对战事，何谈主动出击？” 林砚面色凝重，当即制定 “强军三策”。
第一策是革新军备。他让人从军工监调运两百支改良型连发弩、五十门轻型火炮，替换军营中老旧的军械；同时设立 “军械养护营”，挑选工匠与士兵专门负责武器保养，制定 “每日擦拭、每周检修、每月调试” 的制度，确保军械随时可用。针对战马瘦弱的问题，林砚协调镇北商号，从西域购入优质苜蓿，改善战马饲料，还请来了兽医，定期为战马检查身体。
第二策是强化训练。林砚借鉴北疆玄甲军的训练模式，将士兵分为 “步兵队”“骑兵队”“炮兵队”，进行针对性训练：步兵队每日进行连发弩射击与阵型演练，骑兵队则开展长途奔袭与马术训练，炮兵队重点练习火炮瞄准与快速部署。为激发士兵积极性，他还设立 “训练标兵” 制度，每月评选优秀士兵，给予银两、布匹等奖励，表现突出者可晋升军衔。
第三策是完善防御体系。林砚勘察庆阳周边地形后，决定在黑石山、骆驼岭等战略要地修建烽火台与防御工事：烽火台每隔十里一座，配备望远镜与信号旗，一旦发现敌军动向，可迅速传递消息；防御工事则采用 “壕沟 + 城墙 + 箭楼” 的模式，壕沟内埋设尖刺，城墙上加装火炮，箭楼配备连发弩手，形成立体防御网络。
整改推进途中，也遭遇了阻力。部分老兵对新型军械的使用不熟练，抱怨 “不如老弓箭顺手”；一些将领则认为训练强度过大，担心士兵吃不消。林砚并未强行推行，而是亲自示范新型连发弩的使用方法，还与士兵们一同参加训练：“战场之上，武器的优劣直接决定生死。今日多流一滴汗，明日便少流一滴血。” 他的以身作则，渐渐打消了士兵与将领的顾虑，军营中的训练热情愈发高涨。
一个月后，庆阳迎来了首次军备验收。在演武场上，步兵队的连发弩齐射精准命中百米外的靶心，骑兵队的长途奔袭仅用两时辰便完成百里路程，炮兵队的火炮更是准确击中了三里外的目标。看着训练有素的士兵与精良的军械，庆阳知府不禁感叹：“经此整改，庆阳驻军的战斗力至少提升了三成！”