然而，东南沿海的倭患却愈演愈烈。永昌十七年六月，倭寇宣布复辟，他们聚集了大量的兵力，对沿海地区发动了更加猛烈的进攻。马正德得知后，震怒不已。他想起了开国功臣蓝玉，蓝玉当年曾率军大破北元，威震天下。如今，蓝玉的后人蓝莨继承了先祖的勇猛，马正德决定让蓝莨率领十万水军出征，剿灭倭寇。
永昌十七年九月，蓝莨率领水军浩浩荡荡地驶向东南沿海。这场战争一打就是三个月。蓝莨凭借着出色的军事指挥才能，与倭寇展开了殊死搏斗。他利用大奉水军的优势，多次击败倭寇的进攻。
永昌十七年十二月，蓝莨终于率领大军彻底剿灭了倭寇，倭寇日笨族被彻底绝种。这场胜利，让大奉朝的东南沿海恢复了平静，也让马正德的威望达到了顶峰。
然而，内忧并未因此平息。
永昌十八年五月，大奉朝巡抚张文锦强令边军迁驻孤悬塞外的五堡。五堡地处偏远，条件艰苦，边军将士们早已怨声载道。张文锦的这一命令，如同导火索，瞬间点燃了边军的怒火。
永昌十八年六月，变兵杀死了参将贾鉴、巡抚张文锦，一度控制了大同府。朝廷得知后，大惊失色，连忙派蔡天祐率军平乱。蔡天祐采取了恩威并施的策略，一方面对变兵进行安抚，另一方面则擒杀了首恶郭鉴等人。然而，余党并未完全肃清，这场兵变一直持续到次年才彻底平定。
一波未平，一波又起。
永昌十八年七月，蔡猛三聚众数万人攻掠新宁、思平等地。蔡猛三原本是当地的一个恶霸，他利用百姓对官府的不满，煽动叛乱。两广总督张嵿迅速率军镇压，经过数月的战斗，张嵿率军破寨200余，捕杀1.4万，俘5900余人，蔡猛三最终投降。
与此同时，各地的民变与刑事案件也层出不穷。
永昌十八年八月，处州洪铜山矿工500余人占据梓树坞盗矿。这些矿工因不堪官府的剥削，被迫走上了盗矿的道路。遂安县令胡仲谟得知后，率军围剿，剿杀20名首领后，矿工们溃散而逃。
永昌十八年九月，徽州工匠江义因首次盗牛被判徒刑刺臂，然而，这次惩罚并未让他改过自新，反而让他更加仇视社会。在接下来的日子里，他又连续三次盗窃，最终在九月被判处绞刑。
………………
就在各地动荡不安之际，朝堂之上的党争也逐渐浮出水面。永昌十八年十月，杨廷和因年事已高，加之与皇帝矛盾日益加深，最终致仕归里。杨廷和的离去，让朝堂之上的权力格局发生了巨大的变化。以张璁为首的议礼派逐渐掌权，为日后张璁任首辅铺平了道路。
议礼派的崛起，源于一场关于皇考的争论。马正德即位后，一直想追尊自己的生父为皇考，而以杨廷和为首的护礼派则坚持认为，皇帝应尊孝宗为皇考。这场争论被称为“大礼议”，它分裂了朝臣，形成了“议礼派”与“护礼派”两大阵营。
永昌十八年十一月，“大礼议”之争达到了白热化的程度，两派朝臣在朝堂之上互相攻击，争吵不休。这场争论，开启了大奉朝中后期激烈党争之端，也让朝堂之上的政治生态变得更加复杂。
永昌十九年一月，大同兵变的影响仍在持续。据记载，大同边军自永昌七年至永昌十九年间，月粮均未发放，士兵们长期被剥削，生活苦不堪言。这成为了兵变频发的深层原因。兵变后，朝廷虽一度对边军进行安抚，但边军对官府的信任已严重受损。这为后续甘肃等地的兵变埋下了伏笔。
然而，在党争与动荡之中，也有一些令人欣慰的事情发生。
永昌十九年三月，马正德批准仿制佛郎机铳。南京的工匠们经过日夜钻研，成功仿造出1艘蜈蚣船和6门佛郎机铜铳。虽然仿制的战船与火炮性能仅为原船的75%、53%和20%以下，但这标志着大奉朝开始系统地学习西方火器技术，为日后的军事发展奠定了基础。
永昌十九年四月，巡按御史刘廷玺借灾异频发之机，建议宽恕因“大礼议”获罪的大臣。马正德深知，党争已经让朝堂之上元气大伤，是时候缓和矛盾了。他采纳了刘廷玺的建议，释放了部分被贬官员。这一举措，在一定程度上缓和了朝堂的紧张气氛。
而在民间，一桩沉冤昭雪的故事也让人们看到了一丝正义的曙光。
永昌十九年六月，烈女凌迟冤案终于有了眉目。
李玉英，一个年仅十四岁的少女，被继母焦氏与舅舅焦榕诬陷毒杀弟弟、卖掉妹妹，被判凌迟处死。她被关进了顺天府大狱的死囚牢里，牢房阴冷潮湿，老鼠到处乱窜。狱卒把一碗馊饭扔在地上，像喂牲口一样。李玉英缩在角落的稻草堆上，浑身的伤口钻心地疼，心里却比身上更疼。
就在她绝望之际，一个好心的狱卒张大哥