刘协给刘备回复说：朝廷对伊籍另有任用，让刘备去长沙聘请自己的情敌——桓阶出来担任武陵太守。
当然，刘协知道桓阶一直对曹操抱有好感，他不确定桓阶会不会接受任命，所以他也给了刘备第2个方案：如果桓阶不接受任命，那么就调刘先担任武陵太守，而让刘表的三儿子刘修担任江陵太守。
事实上，这个第二方案没有用得上，桓阶愉快地接受了刘协的任命。刘协觉得，桓阶在自己节节胜利的情况下，已不再认为曹操将会夺得天下了。
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6月份，刘备结束了所有的军事行动，将兵马带回了江陵。他见三个郡的军、政事务也整理的差不多了，于是派孙乾前往汉京向刘协报捷。
大军还朝之日，就是国家生死存亡之机。刘备的战争结束了，便意味着刘协的战争开始了。
不过刘协早有准备，一系列分化刘备集团的预案早就做好了。
刘备集团长期脱离朝廷的掌控，甚至其内部出现了希望刘备割据自立的势力，刘协绝不允许刘备集团继续独立发展下去。
当然仅仅说成分化是不准确的。刘备手下的文臣武将大都是非常有能力的人，这些人要是驾驭得好，也会成为国家的骨干力量。所以刘协不仅要分化刘备集团，同时也要将他们吸纳为自身的力量。
对于前来报捷的孙乾，刘协当即任命他为简雍的副手，留在汉京为官，不让他回去了。
当初在刘备手下时，孙乾和简雍的地位是相同的。刘协也有意给孙乾安排一个卿职，但因他对汉京各方面的事务都不了解，这个任命权当是一个过渡。
同时，刘协让秦宓前往江陵宣旨，召刘备、关羽、徐庶、牵招、甘宁五人回汉京受封。
此外，他还下令把已夺得的荆州六郡合并为一个“荆方”，任命伊籍为荆方方伯。这个官职显然比刘备为他所请的太守更高。
荆州的治理架构正式建立，伊籍为最高长官，但各郡太守也有很大的自主权。
军事方面，诸葛亮还留在那里，为总负责人。军队方面的另一个重要角色——水军都督，暂时由张允担任。
刘备等人接到刘协的诏令后，老老实实地交还了兵权，乘船入蜀，准备前往汉京受封。
7月底，刘备一行人来到了汉京，刘协以隆重的礼节迎接了他们。
刘备是三公之一，已经封无可封。他的职位不需变动，回到汉京后他将不再管理别的事务，而是开始专心履行本职。
随着刘备的归来，刘协正式颁旨，向全天下宣布：重建士阶层，德才兼备的人才可以获得士身份。德需要无记名票选确认，并接受公众的持续监督；才可以通过考试来评测，并且设置多样的考试科目。
士身份的颁给和剥夺，都是刘备的职责。
同时，官员的绩效考评，也归刘备管。
也就是说，刘备成了刘协的人力资源总监，招人、裁人、升职、贬职，都要刘备经手。刘备看人识人的才能，正好契合这个职位。
徐庶是刘协的老大哥，刘协自然不能亏待他。他把一直保留着的司空一职封给了徐庶，专管修桥、筑路、开山、导河，是贪官们眼里的大肥差。当然，徐庶的人品刘协是信得过的。
关羽在征讨荆南三郡时功绩最多，刘协肯定得给他升职了。但因为对他的任命关系到军事体系的调整，也关系到接下来的主攻方向，所以刘协暂时只给他提拔了一个杂号将军，职权待定，先提了工资再说。
牵招在平定荆南时也出了不少力，自然也要进行加封。之前刘协对他并没有百分之百的信任，不过随着时间的推移，他对牵招已经没有疑忌了。
他准备让牵招当封疆大员，还派到大西北去，所以暂时只进行了赏赐，没有加封。
而甘宁则被调到上庸，也担任水军都督，统管汉东、汉中、上庸三郡的水军。刘协正在命人建造战船，以扩充这支水军。甘宁将来会作为从上庸进攻南阳的一柄利剑。
另外，孙乾经过一段时间的适应，刘协也给他升了官职——司市卿，专管商业。
按现在来说，商业是国家的命脉之一，商业税收要远远超过农牧业的税收，但在古代，商业的重要性远远不及农业，所以管理市场的官员级别往往很低，远不能跟大司农比。
但刘协知道商业的发展前景，因此把司市列入了他所设的15个卿职之中，与大司农并列。这个任命，对孙乾来说，也算是对他多年追随刘备、刘协的酬报。
另外，在上半年里，刘协任命耿龙为上庸太守，从上庸调回了蒯均，提拔蒯均当了司士（监察官）。
这样一来，刘协当初所设想的15个卿职，已经全部安排了人选，吏治改革正式完成。
这15个卿里面，司士、司化和刘备的士师一职存在统属关系，对刘备负责。
剩下的13个卿里面，除司内直接对天子