翌日清晨，牟斌将连夜整理好的案情卷宗与审讯笔录，紧急呈报至御前。正德皇帝览奏，勃然大怒，猛地一拍御案，震得笔砚乱跳：“好一群狼子野心之徒！竟敢行此釜底抽薪之毒计！视我大明无人耶？！”当即下旨：“逆贼皮埃尔、王三、李四、赵五等主犯，罪大恶极，凌迟处死，夷其三族！其余从犯，按律严惩不贷！着内阁首辅杨廷和，即刻会同户部、工部、兵部及锦衣卫，议定章程，加固全国各处粮仓、武库、乃至各要害衙署之防护，绝不可再给宵小可乘之机！”
杨廷和接旨后，不敢怠慢，立刻在内阁值房召集相关各部堂官及牟斌会议。“陛下震怒，足见此辈阴谋之骇人听闻。”杨廷和神色肃穆，“亡羊补牢，犹未为晚。当务之急，乃在于构建一套严密之防护体系。老夫之意：其一，于全国所有大型官仓外围，紧急修筑‘防火沙墙’。此墙需高两丈，基底厚一丈，以砖石为框，内填干燥细沙，一旦仓内失火，可推倒沙墙，以沙灭火，阻隔火势蔓延。其二，各仓常驻守卫兵力需倍增，由锦衣卫派遣专员督导，实行十二时辰不间断轮哨，并配发强弓、劲弩及警讯焰火。其三，严查所有与官仓有往来之商贾，重新登记造册，具结保证，若有行踪诡秘、资金异常者，立报有司查勘。”
户部尚书即刻表态：“阁老所议甚是。户部可先拨银八十万两，专项用于各地防火沙墙之修筑及守卫器械之添置。同时，行文各省布政使司，严令加强对官仓收支之审计，杜绝漏洞。”
工部尚书也拱手道：“工部将立刻选派得力干员及熟练工匠，携带图样分赴各地，指导并督建防火沙墙，确保工程质量。”
牟斌补充道：“锦衣卫将增派暗探，混入码头、车马行、客栈等三教九流汇聚之所，严密监控有无可疑之外来人员及异常物资流动。”
圣旨与阁议决议以最高效率下发至全国各州县。一时间，从京师的京仓、通州仓，到苏州的漕粮转运仓，再到广州的岭南大仓，各处都开始了紧张的防护加固工程。工匠们日夜赶工，砌筑沙墙；官兵与锦衣卫增加了巡逻班次与岗哨；所有与官仓有业务往来的商户，都经历了严格的重新审查与登记。
然而，杨廷和与牟斌都清楚，破坏粮仓与煽动流民，仅是敌人阴谋的一部分。近年来，因边患频繁、部分地区官吏贪腐或是天灾，确实产生了一定数量的流民，若被有心人利用，后果不堪设想。杨廷和随后又向正德帝上《安流弭祸疏》，建议双管齐下，在加强监控的同时，更需安抚流民，从根本上消弭乱源。正德帝准奏，下令受灾及流民聚集地区，由官府开仓平粜或施粥，并由户部拨款，在流民聚集区兴修水利、开垦荒地、搭建窝棚，招募流民屯田或纳入官办作坊，对于其中青壮自愿者，可经甄别后补充入边军或地方守备部队，给予军饷安置。
此策推行，效果立竿见影。在河南开封府外的一处新辟流民屯垦区，曾经的流民领到了官府分发的农具、种子，在划分好的田地里劳作，虽然艰辛，脸上却有了希望。一名老者捧着一把饱满的麦种，对着北面皇城方向叩首，老泪纵横：“皇恩浩荡啊！小老儿原以为要饿死道旁，如今竟有了自己的田地……皇上万岁！大明万岁！”
为了彻底挖出潜伏的威胁，牟斌亲自坐镇诏狱，连日审讯皮埃尔。皮埃尔起初倚仗其外商身份和所知情报，颇为顽固。但在牟斌摆出确凿证据，并暗示其若合作或可保全性命（尽管皇帝已下旨凌迟，但审讯策略不妨灵活），否则必将备受酷刑并累及故乡亲人后，皮埃尔的心理防线开始松动。他又陆续交代出一些潜伏更深、尚未被发现的间谍线索，以及一些针对明军后勤的破坏计划，如在军马草料中投毒、破坏军械作坊的模具等。根据这些口供，锦衣卫在北疆、云南等地的军需仓库和工坊中，又陆续清查出数名内应，起获了一批毒药和破坏工具，消除了重大隐患。
经过近一个月的全国性大清查与内部整顿，共揪出涉及此案或有关联的欧罗巴间谍及内应两百余人，捣毁了数个秘密联络点，大明内部的安全形势为之一肃。朝野上下，似乎可以稍稍松一口气。
然而，就在牟斌以为大局已定，对皮埃尔进行最后一次例行审讯，试图榨取其最后价值时，皮埃尔却忽然抬起头，脸上露出一丝诡异的、混合着绝望与残忍的笑容，用生硬的汉语说道：“牟……指挥使……你们……以为……这就结束了吗？太……太天真了……”
牟斌目光一凝，冷冷地盯着他：“你还有何阴谋，从实招来！”
皮埃尔嘿嘿低笑起来，声音沙哑：“我们……还有一个……‘死神之息’计划……欧罗巴……最顶尖的炼金术士……已经……已经造出了……‘毒气弹’……一旦引爆……方圆数里……人畜皆亡……草木凋零……我们