可改革很快遇到了阻力。十二月初五，英国公张仑联合成国公朱辅、定国公徐光祚等老牌勋贵，联名上奏弹劾杨廷和：“卫所制度乃太祖所定，杨廷和擅改祖制，淘汰老弱、严查将领，恐动摇军心，请求陛下罢免杨廷和，恢复旧制！”
这些勋贵的祖上多是开国功臣，世袭卫所指挥权，长期吃空饷、占军田，改革直接触动了他们的利益。奏折递上后，不少依附勋贵的官员也纷纷附和，朝堂上顿时分成两派，一派支持杨廷和改革，一派主张恢复旧制。
正德帝看着奏折，冷笑一声，下令召集所有弹劾的勋贵入宫。文华殿内，张仑等人站在殿中，还想辩解：“陛下，祖制不可改啊！杨廷和这么做，是在断勋贵的生路……”
“住口！” 正德帝打断他，手里的朱笔重重拍在案上，“祖制是为了保大明江山，不是让你们用来吃空饷、养闲人！四疆将士在前线拼命，你们在后方贪腐，还有脸说断生路？朕告诉你们，卫所改革必须推行，谁再反对，就革去爵位，贬为庶民！”
张仑等人吓得脸色惨白，连忙跪地求饶：“臣不敢了！臣支持改革！” 正德帝冷哼一声，让他们退下，随后召来杨廷和：“爱卿放心，有朕在，没人敢阻挠改革。你还要什么支持，尽管开口！”
杨廷和躬身道：“陛下，臣请求在卫所设立学堂，教士兵读书识字，不仅能让他们看懂军令，还能明事理、知忠义，提高军队素质。” 正德帝立刻批准：“准！从国子监调五十名监生，赴各地卫所任教，户部拨款建学堂，务必让每个卫所都有学堂！”
十二月初十，卫所学堂陆续设立。保定卫所的学堂里，监生周明正在教士兵们认字，黑板上写着 “忠君、报国、守疆” 六个大字，士兵们拿着粗纸做的课本，跟着念：“忠君 —— 报国 —— 守疆 ——” 李二柱之前连自己的名字都不会写，现在已经能认几十个字，他拿着课本，高兴地对周明说：“先生，我以后能看懂军令了，再也不用让别人念给我听了！”
学堂不仅教识字，还讲大明的历史 —— 从太祖开国到成祖北征，士兵们听得热血沸腾，有的甚至说：“原来咱们大明这么厉害，咱们一定要守住四疆，不让外敌欺负！” 卫所的风气渐渐好转，士兵们不仅战斗力提升，士气也空前高涨，不少卫所还主动请求调往四疆，支援前线。
改革顺利推进，杨廷和却没放松警惕。十二月十五，锦衣卫指挥使牟斌送来急报：“大人，江南苏州、松江等地，有盐商残余势力在暗中煽动民众，说卫所改革要加征赋税，还说士兵会强征民夫，不少百姓都信了，已经有人聚集在县衙外闹事！”
杨廷和听闻此讯，心中陡然一沉，仿佛压上了千斤巨石。那盐商残余势力，实则是先前被查抄的张万财等人的余孽党羽。往昔里，他们便与水匪相互勾连，干着见不得人的勾当；如今更是变本加厉，肆意煽动底层民众的情绪，其狼子野心昭然若揭——分明是想借机制造天翻地覆的大混乱，进而阻挠正在推行的卫所改革大计，长此以往，甚至有可能撼动整个朝廷的统治根基。
“这群盐商简直胆大包天、嚣张至极！”杨廷和紧锁眉头，目光如炬地望向身旁的牟斌，郑重吩咐道：“你即刻调遣五百名精锐锦衣卫，统统乔装打扮成寻常商人的模样，火速奔赴江南之地展开深入调查。务必将幕后煽动闹事的首要分子揪出来，还要仔细核查他们是否与朝中勋贵存在暗中勾结！另外，传令给江南各地的官员，务必在城中醒目之处张贴告示，向百姓澄清那些恶意散布的谣言，明明白白地告知众人，此次卫所改革绝非要增加赋税负担，相反，旨在更好地守护黎民百姓的安全与利益。倘若再有胆敢肆意煽动者，定当严惩不贷，绝不姑息！”
牟斌不敢稍有迁延，当即领命而去，带着一队训练有素的锦衣卫趁着夜色匆匆赶往江南。杨廷和独自伫立在户部衙门的高窗之前，极目远眺那巍峨庄严的皇宫方向，心底暗自思忖：这些盐商残余势力的背后绝非表面这般简单。他们既能成功煽动起大量民众跟风作乱，必然有着雄厚的资金作为支撑，搞不好还与此前极力反对改革措施的那些勋贵家族有着千丝万缕的联系。倘若不能尽快彻查清楚此事端倪，不仅眼下如火如荼的卫所改革进程势必遭受重重阻碍，就连关乎国家安全命脉的四疆粮草供应以及兵力调配部署都将陷入被动局面。
时光匆匆流转，转眼到了十二月十八日。这一天，来自江南的紧急消息如疾风般传入京城：派遣出去的锦衣卫已然成功抓获了几名带头煽动民众滋事的盐商余党。一番仔细搜身之后，从这些人身上起获了不少白花花的银子。经过严刑审讯，据犯人供认，这些用于搅局的资金皆来自一位神秘的 “京城贵人”，然而具体身份却始终守口如瓶、不肯吐露半分。杨廷和敏锐地意识到，这位所谓的 “京城贵人” 极有可能便是那些坚决反对改革的勋贵当中的某一人。看来，一场不见硝烟却暗藏汹涌波涛的朝堂与地方、革新派与保守派的隐秘较量