一道由监国朱常沅亲自裁定、司礼监用印的明发诏书，自南京皇宫内颁出，经由通政司、六科廊，迅速传抄至南直隶各府、州、县，更以六百里加急，分送应天、凤阳、淮安、扬州、苏州、松江、常州、镇江、庐州、安庆、太平、池州、宁国、徽州等十四府及直隶诸卫、所、营、镇。
诏书以端庄凝重的台阁体誊写，盖着鲜红的“监国行营之宝”，开篇照例是“奉天承运，监国令曰”，但其内容，却如一块巨石投入表面平静的湖面，瞬间在南京乃至整个南直隶的官场、军界，激起了千层浪涛。
诏书的核心，直指南直隶军政积弊，言辞犀利，直指要害：
“……孤嗣守丕基，夙夜兢业，唯以整军经武、巩固疆圉为念。然察南直隶诸军，京营疲玩，卫所空虚，镇戍懈弛，营兵孱弱。或额缺而饷糜，或器朽而技疏，或役占而市井，或剽掠而害民。以此御侮，譬犹驱羔羊而入虎狼；以此安民，实同纵豺狼而噬鸡犬。积弊至此，岂惟将吏之愆，亦朝廷综核之未至也。今虏氛未靖，江海多虞，非大加整顿，无以振肃戎行，奠安黎庶。”
随即，诏书明列“整饬南直隶军政事宜”数条，条条如刀：
一、 设立“南直隶军政督理衙门”，由兵部尚书万元吉暂领督理大臣，赐尚方剑，会同南京守备、操江提督、巡按御史及诸司，总揽整军事宜。另设“教导总队”直属该衙门，员额三百，由监国亲标新军精锐简拔充任，分赴各营卫，专司新式操典教习、阵战演练及军纪纠察。
二、 厘清营制，核实兵额。各卫、所、营、镇，限于两月内，自行据实呈报现有兵丁员额、花名册、军械、马匹、粮饷实数，由督理衙门及教导官会同地方有司，逐一核查。凡有虚冒、占役、老弱充数者，该管将官以欺罔论，严惩不贷。
三、 颁行新饷章，严核支放。汰除空额、老弱后，核实之兵，颁行新定饷章。战兵、守兵、辅兵，各分等第，按月足额发放，严禁克扣、摊派、折色。饷银由督理衙门会同户部派员，设立专库，直发至队，张榜公布，许兵丁自陈。旧有之随意摊派、名目杂费，一概革除。
四、 更新器械，严督操练。各营卫所汰留之兵，限期内修缮、补充军械，弓弩、刀牌、甲胄务求堪用。火器营需按新式操典，由教导官督率，勤加演练放枪、装填、维修之法。战阵合练、行军扎营、夜巡警戒诸法，皆需依新规施行。金陵军械局所出之火铳、火炮，优先配发给操练得法、核实有验之营头。
五、 明定考成，以观后效。以本年腊月十五为期，由督理衙门、教导总队会同巡按、兵备道，对南直隶各营、卫、所，进行军政大计。考核条目，细分如下：
兵额实数：核实兵丁与册籍相符，无冒滥占役，老弱不得超过一成。
操练成效：队列、号令、阵型、火器（如有）操放，需达新式操典五成以上要求。由教导官评定。
军械整备：刀枪、甲胄、弓弩堪用率需过七成，火器堪用率（如有）需过五成。
饷银发放：新饷章执行无折扣，无克扣摊派，兵丁知晓。
军纪风纪：无重大扰民、劫掠、逃亡事件，营规整肃。
六、 严行赏罚，裁汰冗弱。凡考核通过之营卫，主官记录叙功，兵丁酌赏。器械朽坏者，由军械局酌情拨补。凡考核不通过者，主官视情降职、革任、拿问。其该部兵马，即行裁撤！兵丁中精壮愿留者，经考选，可并入他营或教导总队整训；老弱不堪者，给资遣散；空额冒饷者，严究律办，所涉钱粮追缴。
诏书最后，语气尤为严厉：
“……此次整饬，实为固圉安民之要务，非寻常敷衍可比。各该督、抚、镇、将、卫所官员，务须涤虑洗心，实心任事，勉图后效。倘仍敢因循欺隐，阳奉阴违，或裁汰之际，鼓噪生事，即以军法从事，决不姑息。教导总队奉令督察，如有需索刁难、徇情枉法，亦必重处。诏示天下，咸使闻知。钦此！”
这道诏书，如同一场毫无预兆的凛冽寒风，瞬间席卷了南直隶盘根错节的军政体系。其言辞之严厉，措施之具体，尤其是最后那条“考核不通过即行裁撤”，更是前所未有，近乎一刀切式的铁腕。
消息传出，南京内外，反应各异，暗流汹涌。
兵部衙门，督理大臣万元吉的公廨内，连夜灯火通明。这位以知兵着称的尚书，此刻眉头紧锁，面前摊开着南直隶错综复杂的营卫册籍和将官名录。他知道，接下这“督理大臣”的担子，手握尚方剑，看似权重，实则是坐在了火山口上。教导总队的选派、各营卫的核查、新饷的筹措发放、年底的考核裁汰……每一步都荆棘密布。勋贵、将门、地方豪强、卫所世官，利益盘根错节，触动任何一方，都可能引发反弹。但监国决心已下，诏书已发，他已无退路。
孝陵卫新军大营，陈鹏、施琅、徐弘基三人接到了正式任命公文及详细的行动方略。三百教导总队官兵的最终名单已经确定，他们是从三千新军中反复遴选、又经月余秘