王重荣向李克用求救，李克用正因朝廷不肯治朱全忠的罪而心怀怨恨，他挑选士兵、购买战马，聚集结交北方各部落的胡人，商议攻打汴州，回复王重荣说：“等我先消灭朱全忠，再回头收拾田令孜这些鼠辈，就像秋风扫落叶一样容易！”王重荣回复说：“等您从关东凯旋归来，我恐怕已经沦为阶下囚了。不如先铲除皇帝身边的奸佞之臣，之后再擒拿朱全忠就容易多了。”当时朱玫、李昌符也暗中依附朱全忠，李克用于是上奏说：“朱玫、李昌符与朱全忠内外勾结，想要联手消灭我，我不得不出兵自救。我已经集结蕃、汉士兵十五万人，决心在明年渡过黄河，先向北讨伐朱玫、李昌符二镇；我的军队不会靠近京城，保证不会有任何劫掠侵扰。诛杀二镇之后，我就回师消灭朱全忠，以雪洗冤仇耻辱。”皇帝派遣使者前去劝解，使者的车马在路上络绎不绝。朱玫想要让朝廷出兵讨伐李克用，多次派人偷偷潜入京城，焚烧官府积蓄的物资，有时还刺杀皇帝身边的侍从，然后造谣说这些都是李克用干的。于是京城上下人心惶惶，每天都有各种谣言流传。田令孜派遣朱玫、李昌符率领各自的军队，以及神策军鄜州、延州、灵州、夏州等镇的兵马各三万人，屯驻在沙苑，准备讨伐王重荣。王重荣发兵抵抗，并向李克用告急，李克用率领军队赶赴救援。十一月，王重荣派遣军队攻打同州，刺史郭璋出城迎战，兵败被杀。王重荣与朱玫等人对峙了一个多月，李克用的援军赶到，与王重荣合兵一处，在沙苑修筑营垒坚守，联名上表请求诛杀田令孜以及朱玫、李昌符。朝廷下诏调解，李克用拒不接受。十二月癸酉日，双方展开大战，朱玫、李昌符大败，各自逃回自己的藩镇，溃散的士兵所到之处烧杀抢掠。李克用率军进逼京城，乙亥日夜间，田令孜侍奉皇帝从开远门出逃，前往凤翔。
当初，黄巢焚烧长安宫殿后离去，各路官军入城后大肆抢掠，烧毁了十分之六七的官府和百姓住宅。王徽花了好几年时间修补整治，才勉强修复了十分之一二，到这时又被作乱的士兵焚烧抢掠，彻底化为一片废墟。
这一年，朝廷赐给河中军“护国”的称号。
光启二年丙午（公元886年）
春季正月，镇海牙将张郁发动叛乱，攻陷常州。
李克用率军返回河中，与王重荣联名上表，请求皇帝返回京城，并列举田令孜的罪状，请求诛杀他。皇帝重新任命飞龙使杨复恭为枢密使，准备让他取代田令孜。田令孜权势仍在，想要继续挟持皇帝前往兴元，皇帝没有答应。当天夜里，田令孜率领军队闯入宫中，劫持皇帝前往宝鸡，跟随的宦官和侍卫士兵只有几百人，宰相和朝中大臣都毫不知情。翰林学士承旨杜让能当晚正在宫中值班，听到消息后，徒步追赶皇帝的车驾，出城十多里后，捡到一匹别人遗弃的马，没有马笼头和缰绳，就解下自己的腰带系在马脖子上，独自骑马在宝鸡追上了皇帝。第二天，才有太子少保孔纬等几个人陆续赶到。杜让能是杜审权的儿子；孔纬是孔戣的孙子。宗正寺官员护送太庙的先帝牌位行至鄠县时，遭遇盗贼，牌位全部遗失。追赶皇帝车驾的朝廷官员行至盩厔时，遭到乱兵抢劫，衣服行李被洗劫一空。庚寅日，皇帝任命孔纬为御史大夫，派他返回京城召集百官，皇帝留在宝鸡等候。当时田令孜独揽大权，再次导致皇帝流亡迁徙，天下人都对他愤恨不已。朱玫、李昌符也以被田令孜利用为耻，并且忌惮李克用、王重荣的强大兵力，于是转而与他们联合。
萧遘趁着邠宁奏事判官李松年抵达凤翔的机会，派他前去召朱玫迅速前来迎接皇帝车驾。癸巳日，朱玫率领步兵、骑兵五千人赶到凤翔。孔纬前往宰相的住处，想要宣读诏书召集他们，萧遘、裴澈因为田令孜还在皇帝身边，不愿前去，推辞说身体有病，不肯接见孔纬。孔纬命令御史台的官吏催促百官赶赴皇帝行宫，百官都借口没有官袍和手板推辞不去。孔纬召集御史台三院的御史，流着泪对他们说：“普通百姓的亲友遇到危难，尚且会前去相助。哪里有天子流亡在外，做臣子的却屡次征召都不肯前往的道理！”御史们请求给几天时间置办行装再出发，孔纬拂袖起身说：“我的妻子病危，我尚且置之不顾，你们好自为之吧，我从此和你们告别！”于是孔纬前往李昌符的军营，请求派骑兵护送他前往皇帝行宫，李昌符敬佩他的忠义，赠送他路费和行装，派遣骑兵护送他启程。
邠宁、凤翔的军队追击逼近皇帝的车驾，在潘氏击败神策指挥使杨晟，激战的锣鼓声在皇帝的行宫里都能听到。田令孜侍奉皇帝从宝鸡出发，留下禁军守卫石鼻作为后卫。朝廷在兴州、凤州设置感义军，任命杨晟为节度使，镇守散关。
当时军队和百姓混杂在一起，刀枪箭雨纵横交错，朝廷任命神策军使王建、晋晖为清道斩斫使，王建率领五百名手持长剑的士兵冲锋在前，奋力拼杀，皇帝的车驾才得以继续前进。皇帝把传国玉玺交给王建，让他背着玉玺跟随，一行人登上大散岭。李昌符放火焚烧了一丈多长的栈道，栈道即将断裂，王建搀扶着皇帝，从浓烟烈火中跳跃而过。夜