自从长史元岩去世后，杨秀逐渐变得奢侈僭越，制作浑天仪，抓捕很多山獠充当宦官，车马服饰都模仿皇帝的规格。
等到太子杨勇因谗言被废，晋王杨广被立为太子，杨秀心中非常不满。太子杨广担心杨秀最终会成为后患，暗中让杨素寻找杨秀的过错，诋毁他。隋文帝于是征召杨秀入朝，杨秀犹豫不决，想以生病为由不去。总管司马源师劝谏，杨秀脸色一变说：“这是我的家事，和你有什么关系！”源师流着泪回答说：“我有幸在王府任职，怎敢不尽心！圣上有诏令征召大王，已经拖延了几个月，现在还迟迟不去。百姓不了解大王的心意，倘若产生猜疑，朝廷内外都会惊慌，圣上若下严厉诏令，派使者前来，大王怎么证明自己清白？希望大王仔细考虑！”朝廷担心杨秀发动叛乱，戊子日，任命原州总管独子瓜楷为益州总管，乘驿马前去接替杨秀。独子瓜楷到达后，杨秀仍不肯动身；独子瓜楷劝说了很久，杨秀才上路。独子瓜楷察觉杨秀有后悔的神色，于是部署军队防备；杨秀走了四十多里，想返回袭击独子瓜楷，侦察到对方有防备，才停止。
八月甲子日，独孤皇后去世。太子杨广在隋文帝和宫人面前悲痛欲绝，好像无法承受丧母之痛；但在自己的住处，却饮食说笑如同平常。另外，他每天在朝堂上让人进献两溢米（古代容量单位，两溢约等于现代两升多），假装节俭守丧，却暗中让人从外面取来肥肉、干肉和腌鱼，放在竹筒里，用蜡封口，再用布包裹着带进住处。
着作郎王劭上书说：“佛经上说：‘人应当升上天界或往生无量寿国时，上天和佛祖会放出大光明，用香花、歌舞乐器来迎接。’已故皇后的福分善举和吉祥征兆，各种秘籍中都有记载，都说她是妙善菩萨转世。臣查考，八月二十二日，仁寿宫内两次降下金银花；二十三日，大宝殿后方夜里出现神光；二十四日卯时，永安宫以北自然响起各种音乐，声音传遍天空；到了夜里五更，皇后安然离世，这与佛经记载的情景，全部相符。”隋文帝看后又悲又喜。
九月丙戌日，隋文帝从仁寿宫返回京城。
冬季十月癸丑日，任命工部尚书杨达为纳言。杨达是杨雄的弟弟。
闰十月甲申日，隋文帝下诏让杨素、苏威与吏部尚书牛弘等人修订吉、凶、军、宾、嘉五种礼仪。
隋文帝让上仪同三司萧吉为独孤皇后选择墓地，萧吉找到一块吉地，说：“占卜显示这块地能保隋朝两千年国运，传二百代君主。”隋文帝说：“吉凶由人决定，不在于墓地。高纬埋葬他的父亲，难道没有占卜吗！不久后北齐就灭亡了。就像我家的祖坟，如果说不吉利，我就不该成为天子；如果说吉利，我弟弟就不该战死。”但最终还是听从了萧吉的建议。萧吉退下后，对族人萧平仲说：“皇太子派宇文左率（宇文述）来向我深表感谢，说：‘您之前说我会成为太子，最终应验了，我永远不会忘记。现在为皇后选墓地，务必让我早点继位。我继位后，会用富贵报答您。’我对他说：‘四年后，太子会执掌天下。’如果太子掌权，隋朝大概就要灭亡了！我之前谎称‘占卜得两千年国运’，其实是‘二十’年的意思；‘传二百代’，是指传两代君主。你要记住这件事！”
壬寅日，将文献皇后（独孤后）安葬在太陵。隋文帝下诏说：“杨素办理皇后的葬礼，尽心尽力寻找吉地，看他这份心意，极其忠诚孝顺，这份功劳难道能和平定叛乱相比吗！可另外封他的一个儿子为义康公，食邑一万户。”还赏赐杨素三十顷田地、一万段绢、一万石米，以及数量相当的金珠绫锦。
蜀王杨秀到达长安，隋文帝见到他，不跟他说话；第二天，派使者严厉斥责他。杨秀谢罪，太子杨广和其他王弟在朝堂上流泪为杨秀求情。隋文帝说：“之前秦王杨俊浪费财物，我用父亲的身份教导他。现在杨秀残害百姓，我要以君主的身份制裁他。”于是把杨秀交给执法官员处理。开府仪同三司庆整劝谏说：“庶人杨勇已被废黜，秦王杨俊已去世，陛下的儿子不多了，何必做到这个地步！蜀王性格耿直，现在受到重罚，恐怕他无法保全自己。”隋文帝大怒，想割掉庆整的舌头，接着对群臣说：“应当把杨秀在街市上斩首，来向百姓谢罪。”于是命令杨素等人审理杨秀的案件。
太子杨广暗中制作了一个木偶，绑住木偶的手、钉住心脏，给木偶戴上枷锁镣铐，在木偶上写上隋文帝和汉王杨谅的名字，还写着“请西岳慈父圣母派神兵收走杨坚、杨谅的魂魄，让他们保持这种状态，不要魂魄消散”。杨广秘密把木偶埋在华山下，被杨素挖了出来