武陵王萧纪抵达巴东，才知道侯景已经被平定，后悔了，召来太子萧圆照责备他。萧圆照回答说：“侯景虽然平定了，但江陵（元帝）还没臣服。”萧纪也因为自己已经称帝，不能再做别人的臣下，就想继续东进。将士们日夜盼着回家，他手下的江州刺史王开业认为应该回军救援蜀地（根本之地），再另做打算；将领们都同意。但萧圆照和刘孝胜坚持说不能撤军，萧纪听了他们的话，对众人宣布：“敢劝谏的处死！”己丑日（六月初一），萧纪抵达西陵，军队声势浩大，战船布满江面。护军陆法和在峡口两岸筑了两座城，运来石头填江，用铁锁截断江面（阻拦萧纪的战船）。
元帝把任约从监狱里放出来，任命他为晋安王司马，让他协助陆法和抵抗萧纪，对他说：“你罪该万死，我不杀你，本来就是为了今天！”接着调宫廷卫队给他补充兵力，还答应把庐陵王萧续的女儿嫁给他，派宣猛将军刘棻和他一起出征。
庚辰日（五月二十二，此处日期或为前文错漏），巴州刺史余孝顷率领一万士兵到长沙和王僧辩会合。
豫章太守观宁侯萧永，糊涂又没主见，手下的武蛮奴专权，军主文重很痛恨他。萧永率军讨伐陆纳，抵达宫亭湖时，文重杀了武蛮奴。萧永的军队溃散，他逃到江陵。文重率领部众投奔开建侯萧蕃，萧蕃杀了文重，吞并了他的军队。
六月壬辰日（六月初三），武陵王萧纪修筑互相连接的营垒，攻破了拦江的铁锁，陆法和接连派人告急。元帝又把谢答仁从监狱里放出来，任命他为步兵校尉，派兵给他让他协助陆法和；同时派使者送王琳去长沙，让他劝降陆纳。乙未日（六月初六），王琳抵达长沙，王僧辩派人把他带到城下给陆纳的部众看。陆纳的士兵都下拜哭泣，派人对王僧辩说：“朝廷如果赦免王琳，请求让他进城。”王僧辩不答应，又把王琳送回江陵。陆法和不断求救，元帝想调长沙的军队（去西陵），又怕失去陆纳（的控制），就再派王琳去长沙，答应让他进城。王琳进城后，陆纳就投降了，湘州平定。元帝恢复了王琳的官职爵位，让他率军向西援救峡口。
甲辰日（六月十五），北齐章武景王库狄干去世。
武陵王萧纪派将军侯睿率领七千士兵，筑营垒和陆法和对峙。元帝派使者给萧纪写信，答应让他返回蜀地，全权掌管蜀地；萧纪不接受，回信时只用家族亲人的礼节（不承认元帝的皇帝身份）。陆纳平定后，湘州的各路军队陆续向西进军，元帝又给萧纪写信说：“我年纪比你大一点，又有平定侯景的功劳，被众人推举当皇帝，这是天意。如果你派使者来（归顺），我很期待；如果不这样，那我就只能投笔（准备交战）了。兄弟之间血脉相连，‘兄肥弟瘦’（比喻兄弟友爱）的情分，恐怕再也没机会实现；‘让枣推梨’（比喻兄弟谦让）的欢乐，也永远没了。我心里是爱护你的，信里说不尽所有话。”萧纪的军队停滞不前很久，接连打仗都失利，又听说西魏军队深入蜀地，成都孤立危急，忧愁烦闷不知该怎么办，就派度支尚书乐奉业去江陵求和，请求按元帝之前信里的意思返回蜀地。乐奉业知道萧纪肯定会失败，就对元帝说：“蜀军缺粮，士兵死了很多，很快就要灭亡了。”元帝于是不答应萧纪的求和。
萧纪把黄金熔铸成一斤重的金饼，每百个金饼装成一箱，总共装了一百箱；银子的数量是黄金的五倍，锦缎、毛织品、彩色丝绸的数量也和金银相当。每次打仗，他都把这些财物挂出来给将士们看，却从不拿来当奖赏。宁州刺史陈智祖请求把财物分发给士兵来招募勇士，萧纪不听，陈智祖哭着去世了。有人来请示事务，萧纪就借口生病不见，将士们从此人心涣散。
秋季七月辛未日（七月十一），巴东百姓符升等人杀了峡口守将公孙晃，向王琳投降。谢答仁、任约进攻侯睿，打败了他，攻占了三座营垒。于是峡口两岸的十四座城全部投降。萧纪没法撤退，只好顺江向东逃窜，游击将军（南阳人）樊猛率军追击。萧纪的军队彻底溃败，跳江淹死的有八千多人，樊猛包围了萧纪并守住他。元帝秘密嘱咐樊猛：“要是让萧纪活着回来，你就不算立功。”樊猛带兵冲到萧纪的船边，萧纪在船上绕着床逃跑，把装黄金的袋子扔给樊猛说：“用这些钱雇你，送我去见七官（元帝排行第七，萧纪称其小名表亲近）。”樊猛说：“天子岂是你能见的！杀了你，这些黄金还能跑哪儿去！”于是杀了萧纪和他的小儿子萧圆满。陆法和抓了萧纪的太子萧圆照兄弟三人，押送到江陵。元帝把萧纪从皇族户籍中除名，赐他姓“饕餮”（古代传说中贪吃的恶兽，表贬斥）；把刘孝胜关进监狱，不久又放了他。
元帝派人对江安侯萧圆正说：“你父亲（萧纪）的军队已经败了，他是死是活还不知道。”想让萧圆正自杀。萧圆正听了放声大哭，不停地喊“世子（自己的身份）”。元帝多次派人去观察，见他不肯自杀，就把他转移到廷尉监