朱修之切断了马鞍山的道路，占据险要地形坚守。鲁秀攻打不下，还多次被朱修之打败，于是返回江陵，朱修之率领军队追击。有人劝朱修之赶快追击，朱修之说：“鲁秀是勇猛的将领；野兽被逼到绝境就会反扑，不能逼迫太急。”
王玄谟派垣护之向柳元景告急说：“西城已经失守，只剩下东城的一万人。叛军兵力是我们的好几倍，兵力强弱悬殊，无法对抗。我想退回姑孰，到您身边和您合力抵挡叛军，再商议进攻的办法。”柳元景不答应，说：“叛军气势正盛，不能先后退，我会轻装前进赶去支援。”垣护之说：“叛军以为南州有三万人，而将军您部下只有十分之一，如果直接去叛军军营，我们的兵力虚实就暴露了。王玄谟一定不能前来，不如分兵支援他。”柳元景说：“好！”于是留下老弱士兵防守，把全部精锐兵力都派去援助王玄谟，还多插旗帜虚张声势。梁山的守军远远望见援军，以为有几万人，都认为建康的大军全到了，军心才安定下来。
臧质请求亲自攻打东城。咨议参军颜乐之劝刘义宣说：“臧质如果再攻克东城，大功就全归他了；应该派您自己的部下前去。”刘义宣于是派刘谌之和臧质一起进军。五月十八日（甲寅日），刘义宣到达梁山，把军队驻扎在西岸，臧质和刘谌之进攻东城。王玄谟率领各军全力作战，薛安都率领突击骑兵率先冲向叛军阵地的东南方，攻破阵地，斩杀了刘谌之；刘季之、宗越又攻破叛军阵地的西北方，臧质等人的军队大败。垣护之烧毁长江中的叛军战船，烟火覆盖水面，蔓延到西岸，叛军的营垒几乎全被烧毁；各军趁势进攻，刘义宣的军队也溃败了。刘义宣独自乘小船逃走，关起门来哭泣，荆州地区跟随他的人还有一百多艘船。臧质想会见刘义宣商议战事，而刘义宣已经逃走。臧质不知该怎么办，也逃走了，他的部众全都投降或逃散。五月二十三日（己未日），朝廷解除戒严。
五月二十七日（癸亥日），孝武帝任命吴兴太守刘延孙为尚书右仆射。
六月初一（丙寅日），北魏文成帝前往阴山。
臧质到达寻阳，烧毁州府官舍，装载着歌妓侍妾向西逃走；派亲信何文敬率领残余士兵在前面开路，到达西阳。西阳太守鲁方平欺骗何文敬说：“诏书只追捕首恶，其余的人都不追究。你不如逃走。”何文敬丢下部众逃走了。臧质先前让妹夫羊冲担任武昌太守，他前去投奔羊冲。但羊冲已经被郡丞胡庇之杀死，臧质无处可去，就逃到南湖。他采摘莲子充饥，追兵赶到后，就用荷叶盖住头，自己沉入水中，只露出鼻子。六月初三（戊辰日），军主郑俱儿望见他，用箭射他，射中胸膛，士兵们的刀枪纷纷刺来，臧质的肠胃缠绕着水草，头颅被砍下送往建康，他的子孙全被处死，同党豫章太守乐安人任薱之、临川内史刘怀之、鄱阳太守杜仲儒也都被诛杀。杜仲儒是杜骥哥哥的儿子。功臣柳元景等人各自得到不同的封赏。
丞相刘义宣逃到江夏，听说巴陵有朝廷军队，就掉头返回江陵，部众几乎逃光了，只剩下十几个随从跟着他步行，他脚痛得走不动，就租了百姓的敞篷车自己乘坐，沿途乞讨食物。到达江陵城外，派人通报竺超民，竺超民准备了仪仗和士兵迎接他。当时荆州还有一万多披甲士兵，随从翟灵宝告诫刘义宣，让他安抚将领僚属，说“臧质违背我的指挥调度，才导致战败。现在我们整顿军队、修缮武器，再作以后的打算。从前汉高祖多次失败，最终成就大业！”但刘义宣忘了翟灵宝的话，误说成“项羽千败”，众人都捂着嘴偷笑。鲁秀、竺超民等人还想收集残余兵力再决一死战；但刘义宣昏沉沮丧，精神恍惚，进入内室后就不再出来，身边的心腹渐渐叛离。鲁秀向北逃走，刘义宣无法独自立足，想跟随鲁秀逃走，就带着儿子刘慆和五个宠妾，穿上男子的衣服跟着逃跑。江陵城内混乱不堪，刀光剑影交错，刘义宣害怕，从马上摔下来，只好步行；竺超民把他送到城外，又给他一匹马，然后返回城中坚守。刘义宣没找到鲁秀，随从们也都抛弃了他，夜里，他又回到南郡的空衙门里；第二天，竺超民把他抓起来，送到刺奸（负责监察的官员）那里。刘义宣被关在监狱门口，坐在地上叹息说：“臧质这个老奴才害了我！”五个宠妾不久就被送走，刘义宣号啕大哭，对狱吏说：“平时不觉得苦，今天和她们分别才是真的苦。”鲁秀的部众逃散，无法离开，就返回江陵，城上的人用箭射他，鲁秀投水而死，士兵们捞起他的尸体，砍下头颅。
孝武帝下诏让右仆射刘延孙前往荆州、江州，辨别是非善恶，就地执行奖惩；并且分割这两个州的土地，商议设置新的州。
起初，晋朝迁都江南后，把扬州作为京城地区，粮食布帛等物资都从这里出产；把荆州、江州作为军事重镇，兵器铠甲等军备都聚集在这里，常常派大将驻守。这三个州的人口，占江南地区的一半，孝武帝嫌它