十一月，秃发傉檀迁都到姑臧。
乞伏乾归到后秦入朝。
十二月，任命何无忌为都督荆、江、豫三州八郡军事、江州刺史。
这一年，桓石绥和司马国璠、陈袭在胡桃山聚集部众做强盗，刘毅派司马刘怀肃讨伐打败了他们。桓石绥是桓石生的弟弟。
义熙三年（丁未，公元407年）：
春季正月辛丑初一，后燕大赦，改年号为建始。
秦王姚兴因为乞伏乾归逐渐强大难以控制，把他留在朝中任主客尚书，任命他的世子乞伏炽磐行西夷校尉，监管他的部众。
二月己酉日，刘裕到建康，坚决辞让新任命的官职，想前往廷尉自首；朝廷下诏依从他的请求，刘裕才返回丹徒。
北魏主拓跋珪立他的儿子拓跋修为河间王，拓跋处文为长乐王，拓跋连为广平王，拓跋黎为京兆王。
殷仲文一向有才华声望，自认为应当执掌朝政，因不得志而闷闷不乐；出京任东阳太守，更加不高兴。何无忌一向仰慕他的名声，东阳是何无忌统辖的地方，殷仲文答应顺路去拜访，何无忌很高兴，殷切期待。但殷仲文因失意而精神恍惚，最终没去府衙拜访；何无忌认为他轻视自己，大怒。恰逢南燕入侵，何无忌对刘裕说：“桓胤、殷仲文是心腹之患，北方的敌人不值得担忧。”闰月，刘裕府中的将领骆冰谋划作乱，事情败露，刘裕杀了他。趁机说骆冰和殷仲文、桓石松、曹靖之、卞承之、刘延祖暗中勾结，谋划立桓胤为主，把他们都灭族。
后燕王熙为他的皇后苻氏建造承华殿，从北门运土，土的价格和粮食一样。宿军典军杜静载着棺材到朝堂极力劝谏，王熙杀了他。
苻氏曾在季夏想吃冻鱼，仲冬想要生地黄，王熙下令有关部门严厉责罚没能办到的人，并把他们杀了。
夏季四月癸丑日，苻氏去世，王熙哭得昏死过去，很久才苏醒；为她服丧如同父母，穿斩衰丧服，吃稀粥，命令百官在宫内设灵位哭祭，派人检查哭的人，没有眼泪就治罪，群臣都含着辛辣的东西来催出眼泪。高阳王妃张氏是王熙的嫂子，美丽且有巧思，王熙想让她殉葬，就毁掉她的靴子，在里面找到破旧的毡子，于是赐她死。右仆射韦璯等人都害怕被殉葬，沐浴后等待命令。公卿以下到士兵百姓，每户都要参与营建陵墓，耗费的财物用尽了府库储备。陵墓周围有几里地，王熙对监工的人说：“好好建造，我将要跟着去。”
丁酉日，后燕太后段氏被除去尊号，和熙一起住在外宫。
氐王杨盛任命平北将军苻宣为梁州督护，领兵进入汉中，后秦梁州别驾吕莹等人起兵响应他。刺史王敏攻打他们，吕莹等人向杨盛求援，杨盛派军队进逼浕口，王敏退守武兴。杨盛又和晋朝通好，晋朝任命杨盛为都督陇右诸军事、征西大将军、开府仪同三司，杨盛于是任命苻宣代理梁州刺史。
五月壬戌日，后燕尚书郎苻进谋反，被诛杀。苻进是苻定的儿子。
北魏主拓跋珪向北巡视，到达濡源。
北魏常山王拓跋遵因罪被赐死。
当初，北魏主拓跋珪消灭刘卫辰，刘卫辰的儿子刘勃勃逃奔后秦，后秦高平公没弈干把女儿嫁给了他。刘勃勃身材高大，风度仪表俊美，生性善辩聪慧，秦王姚兴见了觉得他不一般，和他谈论军国大事，对他的宠信礼遇超过了功臣旧属。姚兴的弟弟姚邕劝谏说：“不能亲近刘勃勃。”姚兴说：“刘勃勃有济世的才能，我正要和他一起平定天下，怎么能猜忌他呢！”于是任命他为安远将军，让他协助没弈干镇守高平，把三城、朔方的各族夷人以及刘卫辰的部众三万人配给他，让他伺机窥察北魏的间隙。姚邕坚决争辩认为不可以，姚兴说：“你怎么知道他的为人？”姚邕说：“刘勃勃侍奉上级傲慢，统治部众残暴，贪婪狡猾不仁义，轻易就会背叛离开。过分宠信他，恐怕最终会成为边境的祸患。”姚兴才作罢。过了很久，最终还是任命刘勃勃为安北将军、五原公，配给他三交五部鲜卑以及其他各族二万多村落，镇守朔方。
北魏主拓跋珪把所俘虏的后秦将领唐小方归还给后秦。秦王姚兴请求归还贺狄干，并送一千匹好马赎回狄伯支；拓跋珪答应了。
刘勃勃听说后秦又和北魏通好，非常愤怒，于是谋划背叛后秦。柔然可汗社仑向后秦进献八千匹马，到了大城，刘勃勃抢走了这些马，把他的部众三万多人全部聚集起来，假装在高平川打猎，趁机袭击并杀死没弈干，吞并了他的部众。
刘勃勃自称是夏后氏的后代，六月，自称大夏天王、大单于，大赦天下，改年号为龙升，设置百官。任命他的哥哥右地代为丞相，封代公；力俟提为大将军，封魏公；叱干阿利为御史大夫，封梁公；弟弟阿利罗引为司隶校尉，若门为尚书令，叱以韐为左仆射，乙斗为右仆射。
贺狄干长期在长安，常常被幽禁，于是学习阅读经史，举止如同儒生。到他返回北魏，北魏主拓跋珪见他的言语衣服都像秦国人，认为他仰慕并效仿秦国人，发怒，把他和他的弟弟贺狄归一起杀