当初，桓玄起兵时，侍中王谧奉朝廷诏令去见桓玄，桓玄对他以礼相待。等桓玄辅佐朝政后，就任命王谧为中书令。王谧是王导的孙子。新安太守殷仲文是殷觊的弟弟，桓玄的姐姐是殷仲文的妻子。殷仲文听说桓玄攻下京城，就放弃郡城投奔桓玄，桓玄任命他为咨议参军。刘迈去见桓玄，桓玄说：“你不怕死，还敢来见我？”刘迈说：“管仲射中齐桓公的带钩、寺人披砍断晋文公的衣袖，再加上我，就是第三个（不计前嫌的例子）。”桓玄很高兴，任命他为参军。
癸酉日，有关部门上奏说会稽王司马道子酗酒放纵、不孝顺，应当处死刑，朝廷下诏把他流放到安成郡；在建康的街市上斩杀了司马元显及东海王司马彦璋、谯王司马尚之、庾楷、张法顺、毛泰等人。桓修为王诞极力求情，王诞得以被流放到岭南。
桓玄任命刘牢之为会稽内史。刘牢之说：“才刚开始，就夺走我的兵权，灾祸要来了！”刘敬宣请求回去劝说刘牢之，让他接受任命，桓玄派他去了。刘敬宣劝刘牢之袭击桓玄，刘牢之犹豫不决，把军队转移到班渎驻扎，私下对刘裕说：“现在我要向北到广陵去投靠高雅之，起兵匡扶朝廷，你能跟我一起去吗？”刘裕说：“将军您率领几万精兵，望风投降，桓玄刚得势，威震天下，朝廷内外的人心都已归附他，广陵哪能去得了呢！我还是回京口当老百姓去吧。”何无忌对刘裕说：“我该去哪里呢？”刘裕说：“我看镇北将军（刘牢之）肯定免不了灾祸，你可以跟我回京口。桓玄如果能恪守臣子的本分，我就和你侍奉他；不然，我就和你一起对付他。”
于是刘牢之召集手下僚属，商议占据江北讨伐桓玄。参军刘袭说：“最不能做的事就是反叛。将军往年反叛王兖州（王恭），近日反叛司马郎君（司马元显），现在又要反叛桓公（桓玄）；一个人三次反叛，怎么能立足呢！”说完，起身就走，手下官吏也大多散去。刘牢之害怕了，派刘敬宣去京口接家人；刘敬宣超过约定时间还没回来，刘牢之以为事情已经泄露，自己被桓玄杀了，就率领部下向北逃，到了新洲，上吊自杀了。刘敬宣赶到后，来不及哭，就渡过长江逃到广陵。将领官吏一起收殓了刘牢之的尸体，把灵柩送回丹徒。桓玄下令劈开棺材，砍下他的头，把尸体暴露在街市上。
朝廷大赦天下，改年号为大亨。
桓玄辞去丞相及荆、江、徐三州刺史的职务，改授太尉、都督中外诸军事、扬州牧、兼豫州刺史，总管各种政务；任命琅邪王司马德文为太宰。
司马休之、刘敬宣、高雅之都逃到洛阳，各自把子弟送到后秦当人质，请求救援。后秦王姚兴给了他们符节信物，让他们在关东招募士兵，招到几千人，又回来驻扎在彭城一带。
孙恩侵犯临海，临海太守辛景打败了他，孙恩所掳掠的三吴地区男女，几乎死光了。孙恩怕被官军活捉，就投海自杀，他的党羽和妻妾跟着自杀的有上百人，号称“水仙”。剩下的几千人又推举孙恩的妹夫卢循为首领。卢循是卢谌的曾孙，神态清秀，素有才艺。年轻时，僧人惠远曾对他说：“你虽然外表清雅，但内心却藏着不轨的志向，这可怎么办？”太尉桓玄想安抚东部地区，就任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受了任命，却仍然不停地进行劫掠。甲戌日，后燕大赦天下。
河西王秃发利鹿孤病重，下令把国家大事交给弟弟秃发傉檀。当初，秃发思复鞬喜爱看重秃发傉檀，对儿子们说：“傉檀的才能见识，不是你们能比得上的。”所以哥哥们都不把王位传给儿子，而是传给弟弟。利鹿孤在位时，只是清静无为，军国大事都交给傉檀处理。利鹿孤去世后，傉檀继位，改称凉王，改年号为弘昌，迁都到乐都，给利鹿孤上谥号为康王。
夏季四月，太尉桓玄出兵驻扎在姑孰，辞去录尚书事的职务，朝廷下诏同意，但国家大政都要去姑孰向他咨询，小事则由尚书令桓谦及卞范之决定。
自从隆安年间以来，朝廷内外的人都厌烦了祸乱。桓玄刚到京城时，罢免奸佞小人，提拔贤能之士，京城的人都很高兴，希望能稍微安定一点。可不久后，桓玄就变得奢侈放纵，政令反复无常，朋党纷纷兴起，欺辱朝廷，削减皇帝的车马供奉，皇帝几乎要受饥寒，从此大家都感到失望。三吴地区发生大饥荒，户口减少了一半，会稽郡减少了三四成，临海、永嘉郡几乎死光了，富户人家虽然穿着绫罗绸缎，怀揣金玉财宝，却关着门互相看着饿死。
乞伏炽磐从西平逃回苑川，南凉王秃发傉檀把他的妻子儿女还给他。乞伏乾归派炽磐到后秦去朝见，后秦王姚兴任命炽磐为兴晋太守。
五月，卢循从临海进入东阳，太尉桓玄派抚军中兵参军刘裕率领军队攻打他，卢循战败，逃到永嘉。