桓温审理卢悚闯入宫廷的事，拘捕了尚书陆始交给廷尉，罢免了桓秘的官职，受牵连的人很多；升任毛安之为右卫将军，桓秘因此怨恨桓温。三月，桓温生病，在健康停留了十四天，甲午日，返回姑孰。
夏天，代王拓跋什翼犍派燕凤到秦国进贡。
秋天七月己亥日，南郡宣武公桓温去世。起初，桓温病重，暗示朝廷给他加九锡，多次派人催促。谢安、王坦之故意拖延这件事，让袁宏起草文书。袁宏把草稿给王彪之看，王彪之赞叹文采优美，接着说：“你固然有大才，怎能把这个给人看呢！”谢安见到草稿，就修改它，因此过了十多天也没定稿。袁宏私下向王彪之请教，王彪之说：“听说他的病情一天天加重，估计也支撑不了多久了，自然可以再稍微拖延些时间。”袁宏听从了他的建议。桓温的弟弟江州刺史桓冲，问桓温谢安、王坦之应该担任什么职务，桓温说：“他们不是你能安排的。”他的意思是，自己活着，他们一定不敢有不同意见，自己死了就不是桓冲能控制的了；如果加害他们，对桓冲没好处，还会失去当时的声望。桓温因为世子桓熙才能平庸，让桓冲统领他的部众。于是桓秘和桓熙的弟弟桓济谋划一起杀掉桓冲，桓冲暗中得知了这件事，不敢进入府中。不久，桓温去世，桓冲先派身强力壮的士兵拘捕了桓熙、桓济，然后才去办理丧事。桓秘于是被弃用，桓熙、桓济都被迁到长沙。诏令按照汉代霍光和安平献王的旧例安葬桓温。桓冲声称桓温有遗命，让小儿子桓玄作为继承人，当时桓玄才五岁，承袭封爵为南郡公。
庚戌日，加授右将军、荆州刺史桓豁为征西将军，都督荆、扬、雍、交、广五州诸军事。任命江州刺史桓冲为中军将军、都督扬、豫、江三州诸军事、扬、豫二州刺史，镇守姑孰；竟陵太守桓石秀为宁远将军、江州刺史，镇守寻阳。桓石秀是桓豁的儿子。桓冲取代桓温担任职务后，竭尽忠诚于王室，有人劝桓冲铲除当时有名望的人，独揽大权，桓冲没有听从。起初，桓温在镇所时，犯死罪的人都由他自行决定诛杀而不请示朝廷。桓冲认为生杀这样的大事，应该归属朝廷，凡是死刑都先上报，等朝廷批复后再执行。
谢安因为天子年幼，刚失去辅政大臣，想请崇德太后临朝听政。王彪之说：“前代君主年幼还在襁褓中，母子一体，所以可以临朝听政；太后也不能决断事务，还需要咨询大臣。现在皇上已经十岁，快到加冠结婚的年龄了，反而让堂嫂临朝听政，让人觉得君主年幼软弱，这难道是用来光大彰显圣德的做法吗！各位如果一定要这么做，不是我能制止的，只是可惜这关乎国家大体啊。”谢安不想把大权交给桓冲，所以让太后临朝听政，自己能够专门负责对政事提出建议和裁决，于是没有听从王彪之的话。八月壬子日，太后再次临朝摄政。
梁州刺史杨亮派他的儿子杨广袭击仇池，和秦国梁州刺史杨安交战，杨广的军队战败，沮水各个戍守的据点都弃城溃逃。杨亮害怕了，退守磬险。九月，杨安进军攻打汉川。
丙申日，任命王彪之为尚书令，谢安为仆射，兼任吏部，共同掌管朝政。谢安常常感叹说：“朝廷大事，大家不能决断的，去咨询王公，没有不马上决断的。”
任命吴国内史刁彝为徐、兖二州刺史，镇守广陵。
冬天，秦王苻坚派益州刺史王统、秘书监朱肜率领二万士兵从汉川出发，前禁将军毛当、鹰扬将军徐成率领三万士兵从剑门出发，入侵梁州、益州；梁州刺史杨亮率领一万多巴獠人抵抗，在青谷交战。杨亮的军队战败，逃到西城固守。朱肜于是攻下汉中。徐成攻打剑门，攻克了它。杨安进军攻打梓潼，梓潼太守周飏固守涪城，派几千步兵骑兵护送母亲、妻子从汉水赶往江陵，朱肜半路拦截俘获了她们，周飏于是向杨安投降。十一月，杨安攻克梓潼。荆州刺史桓豁派江夏相竺瑶救援梁州、益州；竺瑶听说广汉太守赵长战死，就带兵撤退了。益州刺史周仲孙率兵在绵竹抵抗朱肜，听说毛当将要到成都，周仲孙率领五千骑兵逃到南中。秦国于是夺取了梁、益二州，邛、莋、夜郎都归附了秦国。秦王苻坚任命杨安为益州牧，镇守成都；毛当为梁州刺史，镇守汉中；姚苌为宁州刺史，驻守垫江；王统为南秦州刺史，镇守仇池。
秦王苻坚想任命周飏为尚书郎。周飏说：“我蒙受晋朝深厚的恩德，只是老母亲被俘，才在这里失节，母子能得以保全，是秦国的恩惠。即使有公侯那样的尊贵地位，我也不觉得光荣，何况是郎官呢！”于是不做官。每次见到苻坚，有时伸开两腿像簸箕一样坐着，喊苻坚为氐贼。曾经正逢元旦朝会，仪仗侍卫非常盛大，苻坚问他说：“晋朝的元旦朝会，和这个相比怎么样？”周飏挥起袖子厉声说：“犬羊聚集在一起，怎敢和天朝相比！”秦国人因为周飏不恭敬，多次请求杀了他，苻坚却更加优待他。
周仲孙因失守领土被免官。桓冲任命冠军将军毛虎生为益州刺史，兼任建平太守，让毛虎生的儿子毛球担任梓潼太守。毛虎生和毛球去讨伐秦国，到了巴西，因为粮草缺乏，退守巴东。