二月丙戌日，各路军队攻打石头城。建成长史滕含攻击苏逸，大败敌军。苏硕率领几百名骁勇士兵，渡过淮河交战，温峤攻击并斩杀了他。韩晃等人害怕了，率领部众到曲阿投奔张健，因为城门狭窄不能出去，士兵互相踩踏，死了上万人。西边的军队擒获苏逸，杀了他。滕含的部将曹据抱着皇帝投奔温峤的船，大臣们见到皇帝，磕头哭泣请罪。杀了西阳王司马羕，以及他的两个儿子司马播、司马充，孙子司马崧和彭城王司马雄。陶侃和任让有旧交情，为他请求免死。皇帝说：“这是杀了我的侍中、右卫的人，不能赦免。”于是杀了任让。司徒王导进入石头城，让人取出原来的符节，陶侃笑着说：“苏武的符节好像不是这样的。”王导露出惭愧的神色。丁亥日，大赦天下。
张健怀疑弘徽等人对自己有二心，把他们都杀了，率领水军从延陵准备进入吴兴。乙未日，扬烈将军王允之与他交战，大败张健，俘获一万多男女。张健又和韩晃、马雄等人率领轻装军队向西奔向故鄣，郗鉴派参军李闳追击，在平陵山追上他们，把他们都杀了。
当时宫殿化为灰烬，把建平园作为皇宫。温峤想迁都豫章，三吴的豪门请求迁都会稽，两种意见争论不休没有决定。司徒王导说：“孙权、刘备都说‘建康是帝王的居所’。古代的帝王，不一定因为国家贫富而迁都。如果致力于节俭，还担心什么衰败！如果不重视农业生产，再肥沃的土地也会变成废墟。况且北方的敌人像游魂一样，窥伺我们的空隙，一旦显示软弱，逃到蛮越之地，从声望和实际情况来看，恐怕不是好计策。现在只应该用安定来镇抚天下，人心自然会安定。”于是不再迁都。任命褚翜为丹杨尹。当时经过战乱，百姓和财物都很凋敝，褚翜收拢逃亡的人，京城才安定下来。
壬寅日，把湘州并入荆州。
三月壬子日，评定平定苏峻的功劳，任命陶侃为侍中、太尉，封长沙郡公，加授都督交、广、宁州诸军事；郗鉴为侍中、司空、南昌县公；温峤为骠骑将军、开府仪同三司，加授散骑常侍、始安郡公；陆晔晋升爵位为江陵公；其余被赐爵为侯、伯、子、男的人很多。卞壸和他的两个儿子卞眕、卞盱，桓彝、刘超、钟雅、羊曼、陶瞻，都被追赠谥号。路永、匡术、贾宁，都是苏峻的同党；苏峻还没失败时，路永等人离开苏峻归顺朝廷，王导想赏给他们官爵。温峤说：“路永等人都是苏峻的心腹，首先制造祸乱，罪行没有比这更大的了。后来虽然悔悟，但不足以抵消之前的罪行；能保全性命，已经很幸运了，怎么能再褒奖宠信他们呢！”王导才作罢。
陶侃因为江陵偏远，移镇巴陵。朝廷商议想留温峤辅佐朝政，温峤因为王导是先帝任命的人，坚决推辞回到藩镇；又因为京城荒凉残破，物资供应不足，就留下物资储备和器具，然后返回武昌。
皇帝逃出石头城时，庾亮见到皇帝，磕头哽咽，皇帝下诏让庾亮和大臣们一起登上御座。第二天，庾亮又磕头谢罪，请求退休，想全家逃到山海之中。皇帝派尚书、侍中拿着手诏安慰说：“这是国家的灾难，不是舅舅的责任。”庾亮上奏章自己陈述：“祖约、苏峻放纵行凶叛逆，罪过由我引发，就算被碎尸万段，也不足以告慰七庙的神灵，弥补天下人的指责。朝廷又有什么理由把我归在人列，我又有什么脸面活在人世！希望陛下虽然宽恕我，保全我的性命，也应该抛弃我，任凭我自生自灭，那么天下人大概就知道劝善戒恶的纲纪了。”皇帝下优抚诏书不允许。庾亮又想逃到山海，从暨阳向东出发；皇帝下诏有关部门没收他的船只。庾亮于是请求到外镇效力，出任都督豫州、扬州的江西、宣城诸军事、豫州刺史，兼宣城内史，镇守芜湖。
陶侃、温峤讨伐苏峻时，传布檄文给各州郡长官，让他们各自领兵救援朝廷。湘州刺史益阳侯卞敦拥兵不赴援，又不给军粮，只派督护率领几百人跟随大军而已，朝廷内外没有不感到奇怪和感叹的。等到苏峻被平定，陶侃上奏卞敦阻碍军队，观望不赴国难，请求用囚车把他押解到廷尉治罪。王导认为战乱之后，应该加以宽恕，调任卞敦为安南将军、广州刺史；卞敦因病不赴任，征召为光禄大夫、兼少府。卞敦忧郁愧疚而死，追赠本官，加授散骑常侍，谥号为敬。
臣司马光说：“庾亮以皇亲国戚的身份辅佐朝政，首先引发祸端，国家破灭君主危难，自己却苟且逃脱；卞敦位列方镇，兵马粮草都充足，朝廷颠覆，却坐观胜负。作为臣子的罪过，没有比这更大的了！既不能依法严惩，又用宠信和爵位回报他们，晋朝没有法度，由此也可以知道了。承担这个责任的，难道不是王导吗！”
改封高密