全纪回去转告父亲，没想到全尚是个糊涂蛋，转头就告诉了妻子。全纪母亲立刻派人通风报信。九月戊午日，孙綝连夜带兵突袭全尚，将他抓获，又派弟弟孙恩在苍龙门外杀掉刘丞。天亮后，直接包围皇宫。吴主气得上马佩剑，要冲出去拼命：“我是孙权的亲儿子，已经当了五年皇帝，谁敢造反！”身边的大臣、乳母们连拉带拽，才把他拦住。吴主又气又急，饭都不吃，大骂全皇后：“你爹老糊涂，坏了我的大事！”派人去叫全纪，全纪羞愧难当：“我父亲辜负了陛下，我也没脸再见您！”说完就自杀了。
孙綝让光禄勋孟宗到太庙宣布，废黜吴主为会稽王，还召集大臣开会：“少帝昏庸无能，不配当皇帝，我已经禀告先帝把他废了。谁有意见，现在就说！”大臣们吓得腿软，连忙说：“一切听将军吩咐！”孙綝派中书郎李崇夺走吴主的玉玺，把吴主的“罪状”通报全国。尚书桓彝不肯在文书上签字，当场被孙綝杀害。典国施正劝孙綝迎立琅邪王孙休，孙綝答应了。第二天，他派宗正孙楷和中书郎董朝去会稽接琅邪王，还让将军孙耽把会稽王孙亮送去封地。当时孙亮才十六岁。全尚被流放到零陵，不久后被追杀，全公主也被赶到豫章。
十月戊午日，琅邪王走到曲阿，有个老人拦住他磕头：“夜长梦多，天下百姓都盼着您，赶紧出发吧！”琅邪王觉得有理，当天就赶到布塞亭。孙綝听说琅邪王还没到，想先搬进皇宫住，召集百官商量。大臣们吓得脸色发白，只会点头称是。选曹郎虞汜壮着胆子说：“您现在是国家的伊尹、周公，掌握着废立大权，大家都盼着您安定宗庙、造福百姓。要是琅邪王还没到您就住进皇宫，肯定会人心惶惶，这可不是名垂青史的做法！”孙綝虽然不高兴，但也只好作罢。虞汜是虞翻的儿子。
孙綝让弟弟孙恩代理丞相事务，带着百官用皇帝仪仗到永昌亭迎接琅邪王孙休。临时搭建宫殿，用武帐当便殿，设好御座。己卯日，孙休到便殿后暂居东厢，孙恩奉上玉玺符节，他推让三次才接受。群臣按次序导引，孙休坐上御车，百官陪列。孙綝带千名士兵到半野迎接，在路边下拜，孙休下车回拜。当天孙休登正殿，大赦天下，改年号为永安。
孙綝自称“草莽臣”，到宫门前上交印绶、节钺，假意要让位。孙休召见安抚，下诏封他为丞相、荆州牧，增加五县食邑；封孙恩为御史大夫、卫将军、中军督，赐县侯爵位；孙据、孙干、孙闿都封为将军并封侯，又任长水校尉张布为辅义将军，封永康侯。
此前丹杨太守李衡多次冒犯当王爷时的孙休，妻子习氏劝他不听，孙休曾上书请求调往其他郡，被迁到会稽。孙休即位后，李衡害怕地对妻子说：“早听你的就好了，现在逃去魏国如何？”妻子说：“你本是平民，先帝破格提拔，如今多次无礼，又猜疑心重去投敌，有什么脸面见中原人？”她献策：“琅邪王向来好善慕名，不会因私怨杀你，你不如自绑入狱，上表承认过错，反而会被优待。”李衡照做，孙休果然下诏：“李衡因旧怨自拘，如管仲射钩、勃鞮斩祛（指春秋时名臣曾冒犯君主却被宽恕），让他官复原职，不必疑虑。”还加授威远将军，赐给他棨戟仪仗。
己丑日，孙休封原南阳王孙和的儿子孙皓为乌程侯。群臣奏请立皇后太子，孙休说：“我德行浅薄，登基时间短，恩泽未及，后妃太子之位不急。”官员坚持请求，他仍不答应。
孙綝带着牛酒去见孙休，被拒绝后转送给左将军张布。喝酒时他抱怨：“当初废少帝时很多人劝我自立，我看陛下贤明才迎立，如今却受冷落，和普通臣子没区别，该另作打算了。”张布向孙休告密，孙休记在心里，怕他兵变，反而多次赏赐。戊戌日，孙休下诏：“大将军事务繁杂，加卫将军孙恩为侍中，与他分掌诸事。”有人告发孙綝怨恨谋反，孙休竟把人交给孙綝处置，孙綝杀了告密者后更恐惧，通过孟宗请求出镇武昌，孙休答应了。他要求带走中营万余精兵，装载武库兵器，甚至调走中书省两名郎官管理荆州军务，孙休都一一应允。
将军魏邈进言：“孙綝在外必反。”武卫士施朔也告他谋反。孙休想讨伐，密问张布，张布推荐：“左将军丁奉虽不懂文书，但谋略过人，能断大事。”孙休召见丁奉，丁奉说：“孙綝兄弟党羽众多，不能仓促动手，可趁腊会（年终祭祀宴会）用宫中卫兵诛杀。”
十二月丁卯日，建业传言腊会有变故，孙綝不安，当夜大风毁屋扬沙，他更恐惧。戊辰日腊会，他称病不去，孙休派十多批使者强请，他不得已要去，对部下说：“你们在府内放火，我借故返回。”入宫后不久府中起火，他请求离开，孙休说：“外面士兵多，不劳丞相。”他刚离席，丁奉、张布示意左右将他捆绑。孙綝叩头求饶：“愿流放交州。”孙休反问：“你为何不流放滕胤、吕据？”他又求为奴，孙休说：“你为何不让他们为奴？”于是斩杀孙綝，提着他