三月，何熙带兵到五原曼柏时突然重病，没法前进，就派庞雄、梁慬、耿种带着一万六千骑兵、步兵进攻虎泽。南匈奴单于看到汉军大兵压境，吓得直骂韩琮：“你说汉人都死绝了，这些人是从哪冒出来的？”赶紧派使者投降，朝廷答应了。单于脱了帽子、光着脚，给庞雄等人磕头认罪。朝廷赦免了他，还让他恢复原来的待遇，单于也放回了抢来的一万多汉朝百姓，还有被羌人抓走卖到匈奴的人。可惜何熙没多久就去世了，朝廷任命梁慬为度辽将军，庞雄回朝当了大鸿胪。
这边先零羌又来攻打褒中，汉中太守郑勤要带兵迎战。主簿段崇赶紧劝：“敌人正打胜仗，士气正旺，咱们守着等援军才是上策！”郑勤不听，带兵出击，结果惨败，三千多人战死，段崇和手下王宗、原展拼命护主，最后都牺牲了。朝廷只好把金城郡搬到襄武。
这之后，麻烦事一桩接一桩：戊子日，杜陵的皇陵着火；癸巳日，九个郡国发生地震；四月，六个州闹蝗灾。朝廷只好宣布大赦天下。
王宗、法雄跟张伯路的海贼打了好几仗，把他们打得四处逃窜。这时朝廷大赦令到了，但海贼们看官兵还穿着战甲，不敢投降。王宗召集刺史、太守商量，大家都主张继续打，法雄却反对：“打仗可不是闹着玩的，谁能保证一定赢？要是海贼坐船逃到海岛上，咱们根本没法追。不如借着大赦先停战，稳住他们，等他们放松警惕，不用打就能解决问题。”王宗觉得有理，就下令收兵。海贼们听说后很高兴，放回了抢来的人。可东莱郡的官兵忘了解甲，海贼们又被吓跑，逃到辽东海岛上躲了起来。
秋天七月乙酉日，有三个郡发生严重水灾。骑都尉任仁多次与羌人作战失败，手下士兵还肆意妄为。朝廷用囚车把他押送到廷尉府治罪，任仁最终死在狱中。护羌校尉段禧去世后，朝廷再次启用前校尉侯霸接任，将治所迁移到张掖。
九月甲申日，益州郡发生地震。皇太后的母亲新野君生病，太后亲自到她府上，连续几天住在那里照料。三公联名上书，极力劝阻，太后这才返回皇宫。冬天十月甲戌日，新野君病逝，朝廷派司空主持丧事，葬礼规格比照东海恭王。
邓骘兄弟请求辞官，为母亲守丧。太后一开始不想答应，便询问班昭（曹大家）的意见。班昭上疏说：“我听说，谦让的品德最为高尚。如今四位国舅坚守忠孝，主动退隐。如果因为边疆未安就拒绝他们的请求，日后若再有变故，恐怕就难有这样主动让贤的美名了。”太后这才同意。守丧期满后，太后下诏让邓骘回来处理朝政，重新赐予他之前的封爵。邓骘兄弟连连叩头，坚决推辞，太后这才作罢。此后，他们虽保留“奉朝请”的待遇，朝会时的位次在三公之下、特进和列侯之上，只有遇到重大议题时，才会到朝堂与公卿大臣们商议国事 。
太后还下诏，允许阴皇后的家属回到原籍郡，并发还他们价值五百多万的财产。
永初五年（公元111年）
春天正月初一（庚辰日），发生日食。丙戌日，全国有十个郡国发生地震。己丑日，太尉张禹被免职。甲申日，朝廷任命光禄勋、颍川人李修为太尉。
先零羌进犯河东郡，一路打到河内郡。百姓惊恐万分，大多向南逃到黄河对岸。朝廷派北军中候朱宠率领五营将士，驻守在孟津渡口防御；又下令魏郡、赵国、常山、中山等地，修筑了六百一十六座防御坞堡。羌人的势力越来越大，而边疆地区的太守、县令大多来自内地，根本没有坚守城池的决心，都争相上书，请求将郡县内迁以躲避战乱。三月，朝廷下诏，将陇西郡治所迁到襄武，安定郡迁到美阳，北地郡迁到池阳，上郡迁到衙县。
当地百姓舍不得故土，不愿离开家园。官府竟强行割掉他们的庄稼，拆毁房屋，铲平军营堡垒，破坏粮食储备。当时本就接连遭遇旱灾、蝗灾，饥荒肆虐，百姓又被驱赶劫掠，四处流亡，很多人倒毙在路上。有的被迫抛弃老人和孩子，有的沦为奴仆、小妾，人口损失超过一半。朝廷重新任命任尚为侍御史，让他在上党郡的羊头山攻打羌人，取得胜利后，才撤掉孟津的驻军。
此外，夫馀国国王率军进犯乐浪郡；高句丽王宫与濊貊部落，一同侵犯玄菟郡，边疆局势愈发紧张。
夏天闰四月丁酉日，朝廷大赦凉州和河西四郡的犯人 。海贼张伯路又跑到东莱捣乱，青州刺史法雄带兵把他打得落花流水。张伯路逃回辽东，被当地人李久等人杀掉，青州这才恢复太平。
秋天九月，汉阳人杜琦和弟弟杜季贡、同乡王信，竟然和羌人勾结，带人占领了上邽城。到了冬天十二月，汉阳太守赵博派门客杜习潜入城中，刺杀了杜琦。朝廷封杜习为讨奸侯。杜季贡和王信则带着残部，跑到樗泉安营扎寨。这一年，全国有九个州闹蝗灾，八个郡国遭遇水灾。
永初六年（公元112年）
春天正月甲寅日，皇帝下诏书说：“现在进献的时令新鲜食物，很多都不是当季的