到了夏天四月辛亥初一，出现了日食现象。秋天七月乙巳日，易阳发生地裂。九月癸卯日，京城发生地震。乐成王刘党因为犯了杀人罪，他的封国被削去东光、鄡两个县。
永元八年（公元96年）
春天二月，贵人阴氏被立为皇后。阴皇后是阴识的曾孙女。
夏天四月癸亥日，乐成靖王刘党去世。他的儿子哀王刘崇继位，但很快也离世了，而且没有子嗣，于是乐成国被撤销。
五月，河内和陈留地区闹起了蝗灾。南匈奴右温禺犊王乌居战反叛，逃出边塞。秋天七月，度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱带兵追击，打败了叛军，将剩余的部众以及其他投降的胡人两万多人，迁移到安定和北地安置。
西域这边也不太平，东师后部王涿鞮反叛，攻打前部王尉毕大，还抓走了尉毕大的妻子儿女。九月，京城也遭遇了蝗灾。
冬天十月乙丑日，北海王刘威，因为被查出不是齐敬王的亲生儿子，还犯了诽谤罪，最终自杀。十二月辛亥日，陈敬王刘羡去世。丁巳日，南宫的宣室殿发生火灾。
护羌校尉贯友去世后，汉阳太守史充接替他的职位。史充到任后，就征调湟中的羌人和胡人，出兵塞外攻打迷唐。没想到迷唐迎战，打败了史充的军队，斩杀数百人。史充因此被召回治罪，代郡太守吴祉又接替了护羌校尉一职。
永元九年（公元97年）
春天三月庚辰日，陇西发生地震。癸巳日，济南安王刘康去世。西域长史王林攻打车师后王，并将其斩杀。
夏天四月丁卯日，朝廷封乐成王刘党的儿子刘巡为乐成王。五月，皇后的父亲、屯骑校尉阴纲被封为吴防侯，以特进的身份回家休养。
六月，出现了干旱和蝗灾。
秋天八月，鲜卑侵犯肥如，辽东太守祭参因为作战失利，被关进监狱处死。
闰月辛巳日，皇太后窦氏去世。当初梁贵人死后，宫廷里的事情一直保密，没人知道皇帝是梁贵人所生。舞阴公主的儿子梁扈，派堂兄梁襃给太尉、司徒、司空三府上奏，说按照汉朝旧例，应该尊崇皇帝生母，可梁贵人亲自养育了皇帝，却没得到尊号，希望能重新商议这件事。太尉张酺向皇帝汇报后，皇帝感动哀伤了很久，问张酺该怎么办。张酺建议追封尊号，并重用梁贵人的兄弟们。皇帝采纳了这个建议。这时，梁贵人的姐姐、南阳樊调的妻子梁嫕也上书为自己鸣冤，说父亲梁竦冤死狱中，尸骨未葬，母亲年过七十，弟弟梁棠等人远在他乡，生死未卜，希望能让父亲尸骨还乡，让母亲和弟弟回到家乡。皇帝召见梁嫕后，才知道梁贵人含冤而死的详情。三公上奏，建议按照光武帝废除吕太后尊号的旧例，贬去窦太后的尊号，而且不应让她与先帝合葬，很多官员也纷纷上书支持。但皇帝亲自下诏说：“窦氏虽然不遵守法度，但太后生前常常自我约束。我侍奉太后十年，深思大义，按照礼法，臣子不能有贬低尊长的行为，从恩情上我不忍心与太后分离，从道义上也不忍心损害她的名誉。参考前朝，上官太后也没有被降黜，这件事就不要再讨论了。”丙申日，窦太后被安葬，谥号为章德皇后。
烧当羌的迷唐率领八千部众侵犯陇西，胁迫塞内各个羌人部落，集结了三万步兵和骑兵，打败了陇西的汉军，还杀了大夏县长。皇帝下诏，派代理征西将军刘尚、越骑校尉赵世为副将，带领汉军、羌人、胡人共三万人前去讨伐。刘尚驻扎在狄道，赵世驻扎在枹罕，刘尚派司马寇盱监督各郡军队，从四面会合。迷唐害怕了，带着老弱病残逃到临洮南。刘尚等人追到高山，大破迷唐军队，斩杀俘虏一千多人，但汉军死伤也不少，无法继续追击，只能撤回。
九月庚申日，司徒刘方被皇帝下诏书免职，他随后自杀。甲子日，皇帝追尊梁贵人为皇太后，谥号恭怀，并按丧制为她服丧。冬天十月乙酉日，将梁太后和她的姐姐大贵人改葬在西陵。樊调被提升为羽林左监。皇帝追封并谥号皇太后的父亲梁竦为褒亲愍侯，派使者迎回他的灵柩，安葬在恭怀皇后陵墓旁，还把梁竦的妻子儿女接回京城。梁竦的儿子梁棠被封为乐平侯，梁棠的弟弟梁雍被封为乘氏侯，梁雍的弟弟梁翟被封为单父侯，他们都被授予特进的职位，得到的赏赐数以万计，一时之间无比荣耀，梁氏家族从此兴盛起来。
清河王刘庆这才敢请求去祭扫生母宋贵人的坟墓，皇帝答应了他的请求，还下诏让太官一年四季提供祭祀用品。刘庆流着泪说：“我活着的时候没能侍奉母亲，如今死后能奉祭她，心愿已足！”他本想修建祠堂，但又担心会有和恭怀梁太后攀比的嫌疑，所以不敢说出口，常常对着身边的人哭泣，把这件事当作终身遗憾。后来他上书说外祖母王氏年事已高，希望能到洛阳治病。皇帝于是下诏让宋氏一家都回到京城，还任命刘庆的舅舅宋衍、宋俊、宋