朱祜加紧攻打黎丘，六月，秦丰走投无路，出城投降，朱祜用囚车把他送到洛阳。吴汉弹劾朱祜违抗诏令，接受秦丰投降。刘秀杀了秦丰，但没有怪罪朱祜。
董宪和刘纡、苏茂、佼强离开下邳，回到兰陵，派苏茂、佼强协助庞萌围攻桃城。刘秀当时正在蒙县，得知消息后，留下辎重，亲自率领轻装部队日夜兼程赶往桃城。到亢父县时，有人说百官已经疲惫不堪，应该停下来休息一晚，刘秀没有听从，又坚持走了十里，在任城住下，这里距离桃城还有六十里。第二天，将领们请求进军，庞萌等人也列兵挑战，刘秀却命令将领们不许出战，让士兵们养精蓄锐，挫挫敌军的锐气。当时吴汉等人在东郡，刘秀派人快马加鞭把他们召来。庞萌等人吃惊地说：“刘秀从几百里外日夜赶来，我们以为他一到就会开战，结果他却在任城按兵不动，把我们引到城下，真是让人捉摸不透！”于是他们出动全部兵力攻打桃城。桃城中的守军听说皇帝亲自来了，军心更加稳固；庞萌等人攻打了二十多天，士兵疲惫不堪，还是没能攻下。吴汉、王常、盖延、王梁、马武、王霸等人都赶到后，刘秀才率领大军前去救援桃城，还亲自上阵作战，大败庞萌等人。庞萌、苏茂、佼强连夜逃跑，投奔董宪。
这年秋天七月丁丑日，刘秀前往沛县，又到湖陵。董宪和刘纡率领几万大军驻扎在昌虑；董宪还招引五校军的残部，和他们一起驻守建阳。刘秀到了蕃县，距离董宪的驻地还有一百多里，将领们请求进军，刘秀没有同意，他料定五校军缺粮，一定会撤退，就命令各军坚守营垒，等待敌军疲惫。没过多久，五校军果然撤走了。刘秀这才亲自指挥，从四面攻打董宪，三天后，大败董宪。佼强率领部下投降，苏茂逃去投奔张步，董宪和庞萌逃到郯县坚守。八月己酉日，刘秀到郯县，留下吴汉继续攻城，自己则转而巡视彭城、下邳。吴汉攻克郯县后，董宪、庞萌又逃到朐县坚守。刘纡不知该逃往何处，他的军士高扈杀了他，然后投降。吴汉进军包围朐县。
这年冬天十月，刘秀前往鲁地。
张步听说耿弇率领大军即将杀到，赶紧派大将军费邑在历下驻扎重兵，又安排人马驻守祝阿，还在泰山、钟城一带一口气设置了几十个营垒，摆开阵势，准备迎击耿弇。耿弇率领军队渡过黄河后，二话不说，直接向祝阿发起进攻。从清晨开始攻城，还没到中午，就把祝阿给拿下了。不过，耿弇故意放开包围圈的一个角，让祝阿的残兵败将能逃到钟城。钟城的守军听说祝阿已经失守，顿时吓得魂飞魄散，二话不说，直接弃城逃跑，钟城瞬间变成了一座空城。
费邑又派弟弟费敢驻守巨里。耿弇带兵逼近巨里，一边命令士兵们赶紧准备攻城器械，一边在军中宣布，三天后全军全力攻打巨里城。与此同时，耿弇还故意放松对俘虏的看管，让他们有机会逃走，好把攻城的消息告诉费邑。到了约定的日子，费邑果然亲自率领三万多精兵赶来救援。耿弇见状，大喜过望，对手下将领们说：“我之所以大张旗鼓准备攻城器械，就是为了把费邑引出来。野外的敌军都不打，还打什么城池！”于是，耿弇分出三千人继续围困巨里，自己则亲率精兵抢占高地，居高临下与费邑的军队展开激战，结果大获全胜，还在战场上斩杀了费邑。随后，耿弇让人把费邑的首级拿到巨里城下示众，城中守军吓得肝胆俱裂。费敢见势不妙，带着残部拼命逃回张步那里。耿弇趁机收缴了敌军的粮草辎重，然后挥师攻打其他尚未攻克的营垒，一口气平定了四十多个营寨，顺利拿下济南。
当时，张步把老巢设在剧县，派弟弟张蓝率领两万精兵驻守西安，又让各郡太守集合一万多人马驻守临菑，两座城池相距四十里。耿弇进军到画中，把军队驻扎在西安和临菑两城之间。耿弇观察后发现，西安城虽小，但城防坚固，而且张蓝的军队都是精锐；临菑虽然名气大，但实际上更好攻打。于是，耿弇下令各部队，五天后集中兵力攻打西安。张蓝得知消息后，日夜加强戒备。到了约定的那天半夜，耿弇却突然下令士兵们早早吃饭，天一亮，大军直奔临菑城而去。护军荀梁等人对此表示反对，他们认为：“要是攻打临菑，西安的张蓝肯定会来救援；但攻打西安，临菑的守军未必会救，所以不如先