“奉上谕及吏部、督察司、肃纪卫联合行文，即日起，特别京察于吏部文选司先行开始。下官等奉命，调阅文选司自永历二十三年至今，所有官员考功、升调、丁忧、起复、及各类保举、题本、揭帖存档，并请周大人及司内所有属官、书吏，暂留本司，配合问询。司内一应文书往来，暂由督察司接管。周大人，请。” 为首的督察司官员声音平淡，却带着不容置疑的权威。永历二十三年，正是今上登基之年，调阅自此年始，其意不言自明——清算的，正是本朝积弊！
周延儒只觉得一股寒气从脚底直冲天灵盖，手脚都僵了。他张了张嘴，想说什么，喉咙里却只发出“嗬嗬”的声响。最终，他艰难地站起身，勉强挤出一丝比哭还难看的笑容：“下官……遵命。一切……但凭上官吩咐。”
他迈着僵硬的步子，被“请”到了隔壁一间早已收拾出来的空房。门外，肃纪卫缇骑按刀而立。窗户外，可以看到那些督察司的官员和书吏，如同工蚁般涌入文选司的档案库房，开始一箱一箱、一摞一摞地搬运、核查那些堆积如山的卷宗。往日那些熟悉的面孔——主事、员外郎、笔帖式、书吏——也一个个被“请”到了不同的房间。整个文选司，如同被施了法术，瞬间从帝国的神经中枢之一，变成了一座与世隔绝的、冰冷肃杀的审讯场和证据库。
类似的情形，在六月初五圣旨明发之后，便如同瘟疫般，在京师的各个要害衙门迅速蔓延。
户部，浙江清吏司。
几名督察司官员和户部侍郎亲自坐镇，正对着厚厚的黄册和历年报销册簿，一笔一笔核对浙直漕粮、盐课、关税的征收、起运、存留数目。旁边，肃纪卫的人则拿着从靖海侯府、“福泰昌”抄没的账册副本，仔细比对。一名主事满头大汗，指着册上一笔“损耗”结结巴巴地解释，随即被客气地“请”到后面详谈。不久，该主事面色如土地被带出，官帽已除。
工部，营缮清吏司、都水清吏司及新设的“船政稽核处”。
所有与津门铁路、西陲“天路”、乃至各地河工、城防工程相关的预算、报销、物料采买、匠役工食记录，被全部封存调阅。督察司的匠作出身官员，带着格物院的学徒，开始实地复核物料规格、用工记录是否属实。而“船政稽核处”内，气氛尤为紧张。这里存放着近期刚刚启动的“内海舰队”筹建相关的最初预算、船厂选址、物料清单。尽管舰队尚在极秘密的筹划初期，但相关款项流动、人员抽调已开始记录在案。任何与旧有水师、沿海船厂有非常规往来的账目，都被格外关注。几个平日与东南沿海船厂关系密切的员外郎，被反复盘问。有传言说，陛下对此事极为重视，要求从源头杜绝贪腐，确保新舰队“血统纯正”。
兵部，武选司及职方司。
这里是重灾区。与蓟镇“鹰愁涧”军械流失案、与东南“福泰昌”火器走私案、与各地卫所兵额、粮饷相关的所有文书，被翻了个底朝天。郎中孙继宗早已下狱，其同僚、下属人人自危。督察司官员甚至调来了五军都督府的存档进行交叉比对。不断有武选司、职方司的官吏被面色冷峻的肃纪卫缇骑带走，留下空荡荡的座位和同僚们惊恐的眼神。值得注意的是，兵部库部司一些与历年战船维修、武备更新相关的旧档也被调阅，显然与筹建中的“内海舰队”需厘清旧账、划拨资源有关。
都察院，河南道监察御史值房。
往日里最是清贵、也最是敢于风闻奏事、弹劾百官的都察院，此刻也未能置身事外。几名以“敢言”着称、但屡次上书激烈反对铁路工程、抨击陈永邦、顾清风等人，甚至隐隐质疑“内海舰队”靡费钱的御史，被督察司请去“协助了解”其所奏之事的信息来源及证据。其中一位御史拍案而起，痛斥“厂卫干政，国将不国”，随即因“咆哮公堂、沮坏京察”被暂时停职，交由都察院内部“严加管束”。
风暴不仅限于京师。随着八百里加急的文书和手持王命旗牌的督察司、肃纪卫联合办案组奔赴各地，这场吏治清洗迅速向帝国四方蔓延。
天津，漕、盐、关三使司衙门及新划定的“北洋水师筹备司”。
作为津门铁路的起点和未来枢纽，以及“内海舰队”预定的母港之一，这里的审查严格到苛刻。任何与工程物料采买、土地征用、民夫调配相关的环节，都被反复核查。两名试图在铁轨铸造中以次充好、并贿赂工部驻场官员的商人被下狱，涉事官吏立即锁拿。陈永邦亲自坐镇，宣布“铁路银钱，分文须清，有敢染指者，本官之尚方剑，不斩无名之鬼！” 而新挂牌的“北洋水师筹备司”内，来自五军都督府和工部船政司的干员，正与肃纪卫的人一起，秘密审核从登莱、辽东海防体系中抽调的人员名单，并清点当地船坞、仓储，为舰队筹建做最基础的摸底，任何试图在此时伸手或打探消息的行为，都遭到了最严厉的审视。
南京，户部、工部留守机构及江南各织造、钞关。