此次上书，得到了张居正的支持。张居正早已对嘉靖皇帝时期的一些冤案有所不满，加之他欣赏朱载堉的才华，便在万历皇帝面前极力为朱厚烷说情。他向万历皇帝进言，称朱厚烷忠心耿耿，当年的劝谏实为忠君之举，如今宁王世子已被治罪，相关证据也已查明，应赦免朱厚烷，恢复其王爵。
万历皇帝虽年幼，却也明白张居正的意思，加之他对朱载堉的新法密率仍有好感，便下旨赦免朱厚烷，恢复其郑王爵位，召其回京。
消息传到郑王府，朱载堉激动得热泪盈眶。他盼这一天，盼了整整十五年。林深也为他感到高兴，他知道，这不仅是朱厚烷的胜利，也是朱载堉的胜利。
数月后，朱厚烷回到了郑王府。父子相见，恍如隔世，两人相拥而泣。朱厚烷看着眼前成熟稳重、才华横溢的儿子，又听闻了他多年来的经历与成就，心中既欣慰又愧疚：“载堉，这些年，委屈你了。若不是为了我，你或许能取得更大的成就。”
“父亲，” 朱载堉擦干眼泪，说道，“能为父亲洗刷冤屈，是孩儿最大的心愿。而且，这些年的经历，也让我更加坚定了钻研学术的决心。”
朱厚烷点点头，看向一旁的林深，眼中满是感激：“林先生，多谢你这些年对载堉的帮助。若不是你，载堉恐怕早已被艰难困苦所击垮。”
“王爷客气了，” 林深连忙答道，“世子才华横溢，意志坚定，我只是略尽绵薄之力。能陪伴世子左右，见证他的成长与成就，是我的荣幸。”
朱厚烷回到王府后，朱载堉本应正式成为郑王世子，参与王府的管理事务。然而，朱载堉对王位始终毫无兴趣，他一心只想钻研学术，推广新法密率。
一日，朱载堉向朱厚烷提出了辞让世子之位的请求。“父亲，” 朱载堉跪在朱厚烷面前，恳切地说道，“孩儿自幼便对王位毫无兴趣，一心只想钻研音律、算学、历法之学。如今父亲已平安归来，王府事务有人打理，孩儿恳请父亲允许我辞让世子之位，专心学术，为国家、为百姓做点实事。”
朱厚烷闻言，大惊失色：“载堉，你可知你在说什么？世子之位是你与生俱来的权利，是郑王府的未来，你怎能轻易辞让？”
“父亲，” 朱载堉坚持道，“王位对我而言，只是一个枷锁。只有摆脱这个枷锁，我才能全身心地投入到学术研究中，才能让新法密率真正造福世人。而且，弟弟载玺聪慧能干，颇有治国之才，若让他继承世子之位，定能将郑王府打理得井井有条，不负父亲的期望。”
一旁的林深也连忙劝道：“王爷，世子所言极是。世子的才华不在治国理政，而在学术研究。若强迫他继承王位，不仅会埋没他的才华，还可能让他郁郁寡欢。不如成全世子的心愿，让他专心学术，或许能为大明做出更大的贡献。”
朱厚烷沉默良久，他看着儿子坚定的眼神，心中明白，朱载堉所言非虚。他了解自己的儿子，知道他对学术的执着与热爱，也知道他并非治国之才。最终，他长叹一声，点了点头：“罢了，既然你心意已决，为父便成全你。只是，辞让世子之位，并非小事，需要上书朝廷，得到陛下的批准。”
朱载堉大喜过望，连忙叩谢：“多谢父亲成全！”
随后，朱载堉上书万历皇帝，恳请辞让世子之位，由弟弟朱载玺继承。万历皇帝与张居正得知此事后，都极为惊讶。在封建王朝，宗室子弟无不争权夺利，为了王位不择手段，而朱载堉却主动辞让王位，专心学术，这实在是闻所未闻。
张居正对此极为赞赏，他向万历皇帝进言：“朱载堉主动辞让王位，专心学术，实为宗室之楷模。陛下应予以批准，不仅能彰显陛下的开明，还能鼓励更多宗室子弟潜心向学，为国效力。”
万历皇帝也对朱载堉的行为颇为敬佩，便下旨批准了他的请求，册封朱载玺为郑王世子，同时赏赐朱载堉大量书籍、乐器与钱财，允许他在郑王府内设立书院，招收弟子，推广学术。
辞让王位的消息传开后，朝野上下一片哗然。人们无不敬佩朱载堉的淡泊名利与高尚情操，不少文人墨客纷纷前往郑王府，拜访朱载堉，探讨学术。郑王府的书院，很快便汇聚了一大批志同道合的学者，成为了明代中后期学术交流的重要场所。
朱载堉终于摆脱了王位的束缚，全身心地投入到学术研究中。他在书院中讲学授课，将自己的知识倾囊相授；他继续完善新法密率，撰写了《历学新说》《操缦古乐谱》等一系列着作；他还与林深合作，将西方传教士带来的一些天文、数学知识与中国传统学术相结合，提出了许多新的见解。
林深也在书院中担任讲师，他将现代的科学思维与学习方法传授给学生们，引导他们独立思考、勇于创新。在他的影响下，不少学生开始关注自然科学，对传统学术提出了新的质疑与思考，为明代的学术发展注入了新的活