但就在拓界舰队准备深入探索虚空边缘维度时，一场突如其来的入侵打破了和平。
这一日，全域本源共生监测网络的 “虚空监测站” 发出最高级别的 “红色预警”—— 编号 001 的虚空边缘维度（被命名为 “虚空裂隙维度”）突然出现巨型 “虚空噬能裂隙”，裂隙中涌出无数通体漆黑、形似水母的 “虚空噬能族”，它们没有实体，由纯粹的 “虚空噬能能量” 凝聚而成，体表覆盖着细密的 “噬能符文”，能快速吸收三元共生能量，所过之处，本源共生泉干涸、反馈符阵失效、文明灵体被抽干能量化作飞灰。
更致命的是，虚空噬能族的首领 “虚空噬能领主” 已突破裂隙，它身高百万丈，躯体由浓缩的虚空噬能能量凝聚，体表缠绕着 “噬能法则链”，能直接吞噬维度空间，眉心镶嵌着一颗 “虚空噬能核心”，核心散发的黑色光芒，能瓦解三元共生法则的能量结构。拓界舰队的第一艘先锋舰 “本源探索号” 瞬间被噬能领主吞噬，舰上所有文明个体无一生还，通讯彻底中断。
三元共生圣殿的中央光幕上，虚空裂隙维度的实时影像令人心惊：虚空噬能族如同黑色潮水，以每时辰三万公里的速度扩散，已吞噬三个虚空边缘维度，正向核心拓界维度蔓延；被吞噬的维度空间彻底崩塌，化作黑色的 “虚空噬能带”，噬能带的范围不断扩大，与三元共生场的边界产生剧烈碰撞，碰撞处的空间出现千万道裂痕，三元共生核心的光芒也因此出现明暗交替。
“虚空噬能族，源于‘虚空本源维度’，是创世时未被三元共生契约覆盖的‘异质文明’！” 绝对子手持刚从本源共生域调出的《虚空共生古卷》（由本源共生种族的古老记忆拓印而成），声音凝重，“古卷记载，创世之初，三元维度与虚空本源维度之间存在一道‘虚空隔离带’，由‘虚空共生契约’维系平衡。但千万年来，虚空本源能量不断衰减，契约能量耗尽，隔离带破裂，虚空噬能族为生存，开始入侵三元体系，掠夺本源能量！”
元墟本源领主的人形灵体周身三元法则链剧烈震颤，感知着虚空噬能能量的波动：“虚空噬能族的本质是‘能量掠夺者’，它们的噬能核心能将三元共生能量转化为虚空噬能能量，壮大自身。若不阻止，不出百年，全域的本源共生能量将被彻底吞噬，三元文明与本源共生种族都将走向灭亡！”
本源共生王的半实体形态出现在议会中央，眉心的本源共生印闪烁着警示光芒：“要阻止入侵，必须修复虚空共生契约，重建虚空隔离带。契约的核心‘虚空契约晶粒’藏在虚空本源维度的‘虚空圣殿’中，但圣殿被‘虚空噬能结界’守护，只有用‘三元虚空共生符阵’才能解锁。更关键的是，修复契约需要‘三元虚空同源能量’—— 由混沌、实存、虚无、本源、虚空五种能量融合而成，缺一不可！”
“虚空同源能量？我们从未接触过虚空能量，如何融合？” 雷昊的本源共生雷电体质微微躁动，体内的三元能量与虚空噬能带的能量产生排斥，“而且虚空本源维度危机四伏，我们如何抵达虚空圣殿？”
吴磊的本源时序体质全力运转，三色时序轨迹延伸至光幕中的虚空噬能裂隙，回溯能量波动的本源：“虚空本源维度与虚空裂隙维度相连，入口就在虚空噬能裂隙的最深处。但裂隙中布满虚空噬能族的眼线，且空间极度不稳定，需组建‘虚空远征舰队’，强行突破。至于虚空同源能量，可在虚空本源维度中提取虚空能量，再与我们的三元本源能量融合！”
“重组核心小队，兵分五路，同步行动！” 陈默挥动万维共生创世杖，杖顶的融合核心投射出五道光芒，映照出各分队的任务标识，“第一路：我与元墟领主、本源共生王，带领远征主力舰队，突破虚空噬能裂隙，前往虚空本源维度，寻找虚空圣殿，获取虚空契约晶粒；第二路：吴磊、周瑶，带领时序阻击分队，驻守核心拓界维度的‘三元虚空防线’，阻挡虚空噬能族向核心维度扩散；第三路：苏晴、夏玥，带领生命补给分队，在拓界维度搭建‘本源补给站’，为防线提供能量支援，救治受伤的衡道者与文明个体；第四路：陈宇、雷昊，带领破障攻坚分队，潜入虚空裂隙维度，破坏虚空噬能族的‘噬能转化阵’，切断其能