突击舱跟随影族战舰穿过暗物质漩涡，抵达“影族圣地”——圣地是一座漂浮在暗物质星云核心的“暗物质浮空岛”，岛身由高密度暗物质晶体构建，表面覆盖着闪烁的影纹，岛的中央矗立着一座“影族圣殿”，圣殿顶端的“影族本源晶”释放出淡紫色的暗物质能量，笼罩整个浮空岛。影族族长“影渊”已在圣殿前等候，他身着绣有星轨纹路的影纹长袍（显然研究过星轨文明的痕迹），眉心的影族晶核泛着稳定的紫色光芒。“平衡守护者陈默，我是影族族长影渊。”影渊的精神共鸣带着沧桑，“我们影族能操控暗物质，是暗物质星云的守护者，却在百年前遭遇虚空余孽的袭击，影族本源晶被污染，圣地外围出现大量‘暗物质傀儡’，我们的族人被不断寄生。星轨文明的远古星图记载，当虚空意识种子出现时，万宇联盟的守护者会前来相助。”
影渊带领众人走进影族圣殿的“影纹古籍库”，古籍由暗物质晶体板制成，上面刻着影纹和星轨纹路的混合文字。星玄的星轨杖释放银色能量，激活古籍的投影功能，呈现出影族的遭遇：百年前，一枚黑色晶体（第二枚虚空意识种子）坠入影族圣地，污染了影族本源晶，导致暗物质能量失控，产生暗物质傀儡；虚空余孽的“暗物质侵蚀者”驻守在本源晶的污染核心，不断制造傀儡，影族多次反击均失败，只能退守圣殿。“那枚黑色晶体就是我们要找的第二枚虚空意识种子。”陈默的起源平衡印靠近古籍，印体的金色光芒与古籍的影纹产生共振，“种子的能量污染了本源晶，我们需要净化本源晶，取出种子并彻底净化。影渊族长，影族的暗物质能量能否与联盟的三核能量融合？”
影渊的暗物质杖释放淡紫色能量，与陈默的三核能量碰撞，两种能量不仅没有冲突，反而融合成“暗物质三核能量”，紫金银三色光芒更加璀璨。“可以融合！暗物质能量能增强三核能量的隐匿性和穿透力！”影渊激动地说，“我们掌握着‘暗物质影纹阵’的建造方法，能隐匿能量波动，靠近污染核心而不被暗物质侵蚀者发现。但需要你们的三核能量激活阵眼，同时用星轨能量稳定暗物质的流动。”根据影渊的指引，联盟与影族制定了“净化本源·取出种子计划”：第一步，由联盟的八核支援阵与影族护卫队联手，清剿圣地外围的暗物质傀儡；第二步，机械族与影族工匠合作，建造“暗物质影纹阵”，开辟通往污染核心的隐匿通道；第三步，陈默带领攻坚组与影族精英突袭污染核心，净化本源晶并取出种子；第四步，石灵族与星轨族构建“暗物质星轨锚定阵”，稳定影族本源晶的能量。
第一天清晨，清剿外围傀儡的工作正式开始。圣地外围的暗物质傀儡数量超过五万，这些傀儡由被污染的影族族人和暗物质融合而成，体表覆盖着灰黑色的影纹，手中握着“暗物质蚀骨刃”，能释放暗物质侵蚀能量。“影族护卫队，暗物质隐匿阵！联盟舰队，三核净化炮齐射！”影渊的暗物质杖挥动，两千名影族护卫释放影能量，在傀儡群周围构建“暗物质隐匿阵”，将部分傀儡困住；联盟的三十艘探索级战舰的三核凝序主炮加载暗物质能量，释放出紫金银三色能量弹，精准击中傀儡群的密集区域，数千名傀儡瞬间被净化，暗物质能量转化为阵眼的补给。
但傀儡的数量远超预期，更多傀儡从暗物质絮团中涌现，且体型逐渐增大，融合成“巨型暗物质傀儡”，身高五十米，体表缠绕着暗物质能量流，能释放“暗物质爆炸波”。“寒，冰蚀暗物质融合！冬凌，图腾变异！”寒的冰控能量融入暗物质三核能量，化作“暗物质冰蚀矛”，矛尖刺穿巨型傀儡的核心，暗物质能量被瞬间冻结；冬凌的图腾骨插入地面，召唤出“暗物质三核图腾狮”，狮身缠绕紫金银三色能量，一口咬碎巨型傀儡的躯体；林羽的生命能量融入暗物质能量，化作“暗物质生命液”，注入被寄生的影族族人躯体，族人眉心的影族晶核逐渐恢复紫色，意识开始苏醒；阿混沌的机械臂变形为“暗物质裂解锯”，锯断傀儡的能量传导管道；莉娅和凯伦的精神能量干扰着傀儡的意识，使其动作出现偏差。
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经过六个小时的激战，圣地外围的五万傀儡被彻底清剿，被寄生的三千名影族族人全部苏醒。影族族人对联盟的敌意彻底消散，影渊将一枚“影纹共振晶”交给陈默：“这枚晶体能与影族本源晶产生最强共振，激活暗物质影纹阵的关键，还能屏蔽虚空意识种子的精神探测。”当天下午，机械族与影族工匠合作建造的暗物质影纹阵完成，阵法呈圆形，直径五百米，阵眼是八根“暗物质