起源号抵达圣殿舰外围时，众人终于看清这艘巨型战舰的全貌——它长达五万公里，舰身由暗蚀本源晶构建，表面流淌着灰黑色的暗蚀能量流，舰身布满“暗蚀符文阵”，能不断生成暗蚀守卫；舰首的“暗蚀吞噬炮”比主舰的本源炮粗三倍，炮口周围的空间已被侵蚀成黑色空洞；舰尾的能量核心区域，闪烁着纯黑的“暗蚀本源晶”光芒，那是圣殿舰的能量源头。“苏瑶，定位能量核心入口！阿混沌，破解符文阵！”陈默的起源平衡剑注入三核能量，剑刃泛着四色光芒，劈开一艘阻拦的暗蚀主舰。阿混沌的机械臂连接圣殿舰的符文阵接口，三核破解模块快速解析符文规律：“符文需要三核能量逆流破解！莉娜、凯尔，星脉能量；莉娅、凯伦，光韵能量！”四位法师同时释放能量，淡蓝与淡金能量顺着机械臂注入符文阵，符文的灰黑色光芒逐渐被金蓝取代，舰身的暗蚀能量流明显减弱。
起源号的突击舱成功对接圣殿舰的能量核心入口，舱门打开的瞬间，数十名暗蚀守卫冲了出来。这些守卫身高五米，由暗蚀能量与蚀光晶体融合而成，体表缠绕暗蚀电弧，手中握着“暗蚀战刃”，战刃能吸收能量并释放暗蚀毒素。“寒，冰蚀三核矛！冬凌，三核图腾阵！”寒的冰控能量融入三核能量，化作金蓝交织的冰蚀战矛，矛尖刺穿一名守卫的核心，暗蚀能量被瞬间冻结；冬凌的图腾骨插入舱门地面，橙色图腾能量与三核能量融合，召唤出“三核图腾狮”，狮身缠绕金橙蓝三色能量，一口咬碎三名守卫的躯体。林羽的三核生命藤释放出绿色能量丝，缠住守卫的四肢，将其暗蚀能量转化为生命能量；苏瑶的三核探测器标记出守卫的核心弱点，为众人提供精准指引；陈默的起源平衡剑劈出四色能量斩，清理着前方的守卫群，众人沿着通道快速向核心区域推进。
圣殿舰的核心区域是一个直径万米的球形空间，空间中央悬浮着“暗蚀本源晶”，晶核直径约千米，表面缠绕着纯黑的暗蚀能量，周围环绕着十二根“暗蚀能量柱”，能量柱释放的暗蚀能量为晶核提供动力；晶核下方，暗蚀领主身着暗蚀本源铠甲，手持“暗蚀吞噬杖”，铠甲表面的暗蚀纹路与能量柱的符文同步流转，头部的暗红色侵蚀眼正锁定着众人。空间的地面布满“暗蚀陷阱”，触发后会释放暗蚀能量网；四周的墙壁上，嵌着无数被同化的各族晶体，晶体中封印着被俘虏的友好文明成员。“跨宇联盟的蝼蚁，竟敢闯入暗蚀圣殿！”暗蚀领主的吞噬杖挥动，十二根能量柱同时释放“暗蚀射线”，朝着众人袭来。
“六核支援阵，能量注入！”陈默的声音通过精神网络传出，指挥中心的六核支援阵同时启动，光韵精神能量、星律星脉能量、本源平衡能量顺着精神连接涌入众人体内。“光韵塑形·盾阵！星律引流·偏转！”伊洛远程操控光韵能量，在众人前方塑造成巨型三核水晶盾；科伦引导星脉能量，在盾前构建能量引流渠，将暗蚀射线引导至两侧的空地上。射线击中地面的瞬间，触发暗蚀陷阱，暗蚀能量网爆发，但被三核水晶盾挡住。“林羽，解救俘虏！莉娅、凯伦，精神干扰！”林羽的三核生命藤缠绕住墙壁上的晶体，绿色能量注入晶体，被同化的成员意识逐渐苏醒；莉娅和凯伦的精神引导能力全开，淡金色的精神能量干扰着暗蚀领主的意识，领主的动作出现短暂停滞。
“暗蚀吞噬·万宇归寂！”暗蚀领主的身体融入暗蚀本源晶，晶核释放出巨型暗蚀能量场，将整个核心区域包裹，众人的三核铠甲开始被侵蚀，光芒快速暗淡。“陈默，用三核共振晶！”伊洛将一枚融合了三核能量的“三核共振晶”通过精神连接传送至陈默手中。陈默将共振晶按在起源平衡印上，印体爆发出四色强光，与暗蚀本源晶产生强烈对冲：“寒，冰控三核冻结！冬凌，图腾三核束缚！阿混沌，机械三核裂解！”寒的冰蚀三核矛刺入能量场，冻结出一道冰路；冬凌的三核图腾狮扑向能量柱，狮爪的能量缠住能量柱，阻止其为晶核供能；阿混沌的机械臂变形为“三核裂解钻”，钻向暗蚀本源晶的裂痕；苏瑶的三核探测器锁定晶核的能量节点，实时标记给阿混沌；莉娜、凯尔、莉娅、凯伦的能量同时注入陈默体内，形成“六核能量洪流”。
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“三核凝序·光韵星律·本源净化！”陈默的吼声震彻核心区域，起源平衡剑注入六核能量，剑刃化作四色巨型光剑，刺穿暗蚀本源晶的核心。晶核的暗蚀能量开始快速净化，暗蚀领主的痛苦嘶吼从晶核